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④ 英国奇幻小说《哈利·波特》系列中吸取人类灵魂和快乐的怪物。——译者注
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⑤ 蛋白侵染子是羊瘙痒症、疯牛病、人类克－雅氏病等神经系统疾病的病原体。它并非外界的某种生物，而是折叠异常的蛋白质，被机体摄入，然后机体自身神经系统的某些蛋白质以其为模板发生异常的重新折叠，影响逐渐扩散，最终导致疾病。“朊病毒”是误导性的译名，因为蛋白侵染子就是蛋白质而已，根本不是病毒。——译者注
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⑥ 一个更加贴近人类的例子是“瓦萨”号（Vasa），17世纪强大的瑞典战舰。它于1628年的处女航中，在斯德哥尔摩港口外的海域沉没，1961年被打捞上岸。它保存完好，因为多年以来，斯德哥尔摩大量的生活污水直接排放到它沉没的海底盆地，所以船体完全浸泡在屎尿之中。这些污水产生的硫化氢把战舰紧密包围，防止氧气腐蚀其精美的木雕装饰。自从重见天日之后，为了继续把它保存完好，倒是费尽了力气。
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⑦ 这个原理与生物内温性（即温血）演化之间的关系，十分耐人寻味。温血动物散发的热量更多，也更加复杂。这两方面虽然没有必然的联系，但从原理上来说，更高的复杂度最终总要以散失更多的热量为代价。所以，温血动物理论上能比冷血动物达到更高的复杂度，即使实际上没有发生。哺乳动物和某些鸟类发达的大脑可以作为例证。
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⑧ 1 埃（Å）是10–10米，或者说1米的一百亿分之一。严格来说这是一个过时的单位，现在一般使用纳米（nm）来代替它，1纳米是10–9米。然而在考虑蛋白质之间的距离问题时，埃仍然是一个很有用的单位。14埃等于1.4纳米。呼吸链中绝大部分氧化还原中心之间的距离在7～14埃，有一些可以达到18埃。如果用0.7～1.4纳米来表达，其实是一样的，但数值太小，有点压缩了距离感。线粒体内膜的厚度是60埃，看上去感觉是一片深深的脂质分子海洋；如果写成6纳米，就感觉非常薄了。不同的单位确实会影响我们对距离的感受。
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⑨ 不仅仅是制造ATP。质子梯度实际上是一种通用能量场，可以用来驱动细菌（不包括古菌）鞭毛的旋转，细胞向内和向外的物质主动运输，也可以驱动主动耗散来产生热量。它还是细胞程序死亡（细胞凋亡）机制的关键所在。我们后面会讨论这一点。
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⑩ 我很荣幸自己的办公室和彼得·里奇的在同一条走廊。米切尔退休之后，里奇继任格林研究所主任，后来把这个传奇机构并入伦敦大学学院，成为伦敦大学学院格林生物能量学实验室。他和他的团队目前正在积极研究复合体IV（细胞色素氧化酶），呼吸链上最后一个蛋白质复合体。他们的研究课题是氧气被还原为水的过程中，通过复合体IV传递质子的动态水通道。
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⑪ “兴登堡”号飞艇是德国齐柏林公司制造的大型客运飞艇，于1937年进行首次横跨大西洋航行，在美国着陆时坠毁。“兴登堡”号使用氢气作为浮力气体，着陆下降阶段发生剧烈燃烧，半分钟内即告坠毁。着火原因至今未能确定，一个广为接受的推测是氢气发生泄漏，与大气中的氧气混合到一定比例后被静电火花点燃爆炸，撕裂气囊外壳；大量氢气接触氧气，进一步发生剧烈燃烧。此次事故导致36人死亡，是20世纪上半叶最后一次飞艇重大事故，终结了当时飞艇应用的热潮。吸取“兴登堡”号事故的惨痛教训，此后设计的大型飞艇和气球都不再使用氢气作为浮力气体，代之以惰性气体氦气。虽然氦气的比重大于氢气，效率更低，制备也更昂贵，但更安全。——译者注
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⑫ 英国的健康安全局（Health and Safety），主管公共卫生安全和工作环境安全的审批和监察，以要求苛刻闻名。——译者注
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⑬ 这是不产氧光合作用的缺点之一：细胞最终会被自己的废物包住。部分条带状铁矿构造中，有很多细菌大小的微孔，很可能就是这样形成的。而氧气虽然有潜在的毒性，却是非常容易处理的废物形式：因为氧气是气体，会自行散开。
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⑭ 我们怎么能确定光合作用是从呼吸作用演变而来的，而不是反过来呢？因为呼吸作用是所有生命共有的过程，而光合作用在原核生物中，仅有很少几种细菌拥有。假设所有生命的最后共祖也会进行光合作用，那么绝大部分细菌和所有古菌都丢失了这个价值无限的特征。先不论别的，演化不可能这么奢侈浪费。
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⑮ 脂质分子由两部分组成：一个亲水性的头部和2～3条疏水性的“尾巴”（细菌和真核生物的由脂肪酸组成，古菌的是异戊二烯）。这两个部分可以让脂质形成双层膜，而不会形成脂质液滴。细菌和古菌脂质，其组成亲水性头部的分子是一样的，都是甘油，但二者用的是相反的立体异构体。所有生命都使用左旋氨基酸，而DNA分子都使用右旋糖类。一般对于这种手性的解释，是某种非生物因素导致一种异构体比另一种更有生存优势，而不是从生物酶的选择层面去考虑。细菌与古菌使用完全相反的甘油立体异构体，对于重新思考这个问题是很好的切入点。偶然性和生物酶的选择可能才是决定因素。
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