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图16 神奇消失的生命树
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这棵生命树比较了50种细菌和50种古菌的48个共有基因，分析了它们互相之间的分支情况。所有48个基因被串连起来，形成一个单独的序列，以此增加统计效力（这是种系发生学研究中常用的方法）；再用这个“超级基因”序列绘制一棵“超级生命树”，反映100种细菌和古菌之间的亲缘关系。接下来再为每个基因都绘制一棵单独的生命树，每棵树都与超级基因树进行比对。图中分支颜色的深浅，代表了这一分支上有多少单一基因树是与超级基因树重合的。重合得越多，颜色就越深。在树的根部，几乎所有48个基因的分支情况都与“超级基因”相同，这很明确地显示，细菌与古菌很早就已分化。在分支的各个树梢上，大部分基因的分支情况都与超级基因树有类似之处。但是在两个类群各分支的内部，“枝干”消失了，没有任何单独的基因具有与“超级基因”一样的分支顺序和历史。这可能是因为水平基因转移模糊了分支模式，但也可能只是因为在40亿年间，统计意义上再强的信号模式也经不住漫长演化史的磨损。
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这个结果有什么意义呢？简单说就是我们不可能知道哪一种细菌或古菌是最古老的。一棵基因树可能显示产甲烷菌是最古老的古菌，另一棵树显示不同的结果。因此，实际上我们不可能重建最古老的细菌可能拥有的特征。就算能找到某种聪明的办法，证明产甲烷菌确实是最古老的古菌，我们仍然无法确定它们是否与现代的产甲烷菌一样，靠制造甲烷为生。把多个基因组合在一起来增强统计信号的办法也不管用，因为每个基因都可能有不同的历史，组合在一起的信号是虚假的。
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但是，马丁的48个共有基因至少得出了一个共同的结论：生命树上最早出现的分叉介于细菌与古菌之间。这给我们留下了一线希望。如果可以搞清楚哪些特征是所有细菌和古菌共有的，哪些又是各自特有、后来在各自的分支上独立演化的，我们也许就有机会为露卡画出一张近似的“肖像”。但这种思路很快就会遇到另一个麻烦：有些细菌和古菌共有的基因，很可能原先只存在于特定的种群中，后来通过水平基因转移给了其他的种群。某些基因在整个域中扩散，这是我们早就知道的现象。如果这种现象发生在演化早期，比如“神奇消失树”根部与树梢之间的那一段空白期呢？这样的基因看起来像是通过垂直遗传从露卡那里继承而来，但事实并非如此。一个基因越有用，就越有可能在演化早期广泛传播。为了消除这种广泛的水平基因转移带来的混淆，我们还是必须回到真正的共有基因，也就是所有细菌与古菌每一种群的代表菌种都有的基因。至少，这些基因通过早期的水平转移而广泛传播的可能性要小得多。现在的问题是，这样的共有基因非常少，只有不到一百个。基于它们画出的露卡“肖像”，非常奇特。
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在第二章中，我们已经瞻仰过这个共同祖先的奇特肖像。看上去，露卡已经拥有了蛋白质和DNA，已经开始使用通用遗传密码，DNA先转录成RNA，再通过核糖体转译成蛋白质。而性能卓越的分子机器——核糖体，能够通过阅读DNA传递的信息合成蛋白质；它本身由几十种蛋白质和RNA组成，细菌与古菌都使用相同的一套。从它们的结构以及基因序列来看，核糖体应该在演化的很早期就开始分化，而且没有发生多少水平基因转移。还有一点，细菌与古菌都使用化学渗透，都利用跨膜质子梯度合成ATP。ATP合酶也是一种卓越的分子机器，精密程度类似于核糖体，而且与核糖体同样古老，同样在所有生物中普遍存在。细菌和古菌的ATP合酶结构细节有很小的差别，这说明双方的ATP合酶都源自露卡，后来没有被水平基因转移改变太多。所以，ATP合酶应该与核糖体、DNA和RNA一样，也是露卡拥有的特征。另外还有一些零星的核心生化反应，比如氨基酸合成反应、克氏循环（Krebs cycle，即三羧酸循环）的一部分，在细菌和古菌体内有共同的反应路径，说明露卡也应该有。除了以上这些，其他的线索少得可怜。
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那么细菌和古菌有哪些不同呢？多得惊人。二者用于DNA复制的酶，大部分都不一样。还有什么比这更基础呢？可能只有细胞膜了。然而细菌与古菌的细胞膜也完全不同，细胞壁也不一样。也就是说，这两层分隔活细胞与周围环境的屏障，细菌与古菌采用完全不同的构件。这让我们几乎不可能猜到它们的共祖有怎样的细胞膜和细胞壁。还有很多其他差异，但这几处基本区别已足够说明问题。我们在前一章中列出了活细胞的六项基本特征：碳流、能量流、催化作用、DNA复制、区隔化和排泄。细菌与古菌之间只有前三项非常相似，而且相似之处也局限于某些方面，我们后面会谈到。
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对于这些差异有几种可能的解释。一种解释是，露卡可能每种东西都有两套，细菌丢掉了其中一套，古菌丢掉了另一套。这听起来有点蠢，但我们不能轻易否定它。例如，把细菌与古菌的脂质混在一起确实可以形成结构稳定的膜，证明它们可以共存。也许露卡真的同时拥有两种脂质，而它的后代各自特化，丢掉了其中一种。这个解释针对有些特征可能还说得通，但外推到所有特征就不行了，因为它会陷入一个叫作“伊甸园基因组”的悖论。如果露卡原本各种基因都有，她的后代才开始精简，那么露卡一开始就要有一个非常庞大的基因组，比现代任何原核生物的基因组都大得多。在我看来，这种解释是本末倒置：先复杂再变简单？每个问题一开始就有两套解决方案？而且为什么所有的后代，每样东西都恰好丢失了一套？这实在难以令人信服，所以来看看第二种可能。
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第二种解释认为，露卡其实是一个非常标准的细菌，有细菌式的细胞膜、细胞壁和DNA复制机制。后来某个时候，它的一群后代（也就是最早的古菌）为了适应某种极端条件（比如高温热液喷口），把这些特征背后的基因都换掉了。这可能是目前最广为接受的解释，但它同样缺乏说服力。如果是这样，那么为什么细菌与古菌从DNA到蛋白质的转录和转译过程如此相似，而DNA的复制却差异巨大？如果古菌更换细胞膜和细胞壁是为了适应热液环境，那为什么嗜极菌（extremophile bacteria）生活在同一个热液环境，却没有把它们的细胞膜和细胞壁换成古菌型，或至少是类似的装备呢？为什么生活在土壤或者海洋中的古菌，没有把它们的细胞膜和细胞壁换回细菌型呢？地球上的很多种环境中都有古菌与细菌并存；尽管水平基因转移可以跨过两个域传播，二者的基因和生化机制仍然保持着根本的差异。这个解释就是说，古菌为适应一种极端环境而演化出这么多根本差异，之后就一直固定在古菌身上，无论在其他环境中有多不合适，从无例外。还是让人没法相信。
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现在只剩下最后一种可能，其实是明摆着的。或许，这些看起来自相矛盾的现象其实一点也不矛盾。露卡确实用化学渗透操作ATP合酶，但它确实没有现代的细胞膜，也没有现代细胞用来泵出质子的大型呼吸蛋白复合体。它确实有DNA、核糖体，使用通用遗传密码，会转录、转译，但还没有演化出现代的DNA复制机制。这个幽灵一般的细胞，各种特征的奇异组合对开放海洋环境中的生存没有一点意义；但如果考虑前一章讨论过的碱性热液环境，那就有意思了。线索就在于细菌和古菌在这种喷口环境中的生存方式。尤其是其中一些种类，靠一种原始的代谢过程生存，我们称之为“乙酰辅酶A途径（acetyl CoA pathway）”。这种代谢方式的本质，与碱性热液喷口的地球化学环境出奇相似。
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通往“露卡”的崎岖之路
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整个生物世界中，一共只有六条化学反应途径可以固定碳元素：“固定”意味着把二氧化碳等无机物转换成有机分子。其中五条都很复杂，都需要注入能量才能推动反应，例如光合作用就需要太阳能。以光合作用为例还有一个原因：它进行卡尔文循环（Calvin cycle），把二氧化碳转换成糖类等有机物，而卡尔文循环只在光合细菌中进行（当然还有植物，植物细胞中的叶绿体前身为光合细菌）。这意味着卡尔文循环不太可能是共祖特征，因为如果露卡也能进行光合作用，那所有的古菌都彻底丢掉了它——抛弃如此厉害的技能，是不是太傻了？因此，卡尔文循环应该是后来才在细菌那一支随着光合作用独立演化出来的。其他几条固碳反应路径也都有类似的问题，除了一条：只有乙酰辅酶A途径，同时存在于细菌和古菌身上。也就是说，这条代谢路径很可能为它们的共祖所拥有。
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这个说法还不是完全准确。细菌和古菌的乙酰辅酶A途径仍然有一些奇怪的差异，本章的后面部分会再来讨论。现在让我们暂且考虑一下，为什么这条路径有理由被认为是共祖特征（种系发生学的研究结果太不明确，无法支持也无法否定这一点）。使用乙酰辅酶A途径的古菌是产甲烷菌，对应的细菌是产乙酸菌。有些生命树把产甲烷菌放在很早期的分支上，另一些把产乙酸菌放在早期分支上，还有一些则把两类都放在较晚期的分支上，认为它们之所以简单不是因为种系古老，而是反映了后续的特化和精简演化。如果我们完全依赖种系发生学，可能永远搞不明白。幸好还有其他办法。
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乙酰辅酶A途径从氢气和二氧化碳开始。上一章我们详细讨论过，这两种分子在碱性热液喷口环境中都很丰富，而且二者生成有机物的反应是一种放能反应。热力学原理上，这个反应应该自动发生，然而实际上有一道能量障壁，让氢气与二氧化碳分子不能很快反应。产甲烷菌利用质子梯度克服这道能量障壁，我认为这是共祖特征。产甲烷菌和产乙酸菌都完全靠氢气与二氧化碳的反应生活，从中获取生长所需的能量和生物碳。这一点让乙酰辅酶A途径与其他五种固碳反应路径截然不同。地球化学家埃弗雷特·肖克（Everett Shock）总结得很形象：“就像吃免费的午餐，还倒贴钱。”这顿午餐虽然算不上丰盛，但在热液喷口环境中全天无限供应。
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乙酰辅酶A途径的特殊之处还不止于此。这条路径很短，而且是直线进行。从简单无机分子开始，只需很少几步就能生成乙酰辅酶A（细胞中的核心代谢分子个头虽小，反应性却很强）。不要被这些术语吓退，你可以把“辅酶A”理解成一种重要而通用的化学“挂钩”，可以把小分子挂在上面，让各种酶来处理。重要的不是挂钩本身，而是上面挂了什么东西。乙酰辅酶A上挂的是乙酰基。乙酰基和乙酸（即醋酸）同源，是一个简单的二碳分子，在所有细胞的生化反应中都扮演重要角色。乙酰基挂在辅酶A上时处于活化状态（通常被称为“活化醋酸盐”），因此很容易与其他有机分子反应，并驱动生物合成。
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因此，乙酰辅酶A途径可以从氢气和二氧化碳分子出发，只经过几个步骤就形成活化的有机小分子，同时还会释出足够的能量，驱动核苷酸与其他分子合成，并把它们聚合成长链的DNA、RNA、蛋白质等大分子。乙酰辅酶A途径前几步的催化酶中包括含铁、镍和硫的无机金属簇，它们负责把电子传递给二氧化碳分子，形成活化乙酰基。这些无机金属簇本质上就是矿物质——也就是岩石！它们的结构跟沉淀在热液喷口的硫化铁矿物质基本一致（见图11）。发生在碱性热液喷口处的地球化学反应，产甲烷菌以及产乙酸菌体内的生物化学反应，二者的关系用“类似”两字都不足以形容。“类似”只意味着相像，有可能只是表面上的一致。而这两种反应是本质一致，应该视为真正的同源现象，从一种形式直接演变成了另一种。这是从地球化学向生物化学、从无机物到有机物的平滑过渡，完全无缝衔接。化学家戴维·加纳（David Garner）总结得很恰当：“是无机元素将生命赋予了有机化学。”③
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不过，乙酰辅酶A最大的优势，也许是这个分子正好处在碳代谢与能量代谢路径交会的十字路口。乙酰辅酶A与生命起源的相关性，最早由优秀的比利时生化学家德杜维（Christian de Duve）于20世纪90年代初期指出，虽然他当时考虑的是原始汤理论背景，而不是碱性热液喷口。乙酰辅酶A不仅驱动有机合成，还能直接与磷酸盐反应生成乙酰磷酸。作为生物能量货币，乙酰磷酸现在虽然不如ATP重要，但是在生物界仍被广泛使用，功能也与ATP差不多。上一章中我们介绍过，ATP不仅释放能量，还能驱动脱水反应，从两个氨基酸分子或其他的构件小分子中抽出一个水分子，让这两个分子连在一起，一节节形成长链。我们还讲过，在溶液中进行脱水反应就像在水中拧干衣服一样麻烦，但这正是ATP能做到的。而我们已经成功地通过实验证明，乙酰磷酸也能做到，因为它的化学性质与ATP基本相同。这意味着，早期的碳代谢和能量代谢可能由同一种简单的有硫酯键的分子推动：乙酰辅酶A。
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这分子真的简单吗？熟悉有机化学的读者也许会这样问。确实，只有两个碳的乙酰基算得上简单，但另一部分——辅酶A——可是一个复杂的分子，毫无疑问是自然选择的作品，所以只可能是演化的后期产物。那么我们是在循环论证吗？当然不是，因为乙酰辅酶A有简单的、“非生物”的替代物。乙酰辅酶A的反应性来自硫酯键，这个化学键的结构只不过是一个硫原子结合一个碳原子，碳原子上又结合了一个氧原子。它的化学式可以写成：
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R–S–CO–CH3
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这里的“R”代表“其他”分子。在乙酰辅酶A中，R就是“辅酶A”。右边的–CH3是一个甲基。R未必一定是辅酶A之类的复杂分子，也可以简单到就是另一个甲基，这样就形成了一个小分子：硫代乙酸甲酯。
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CH3–S–CO–CH3
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这也是一个反应性很强的硫酯类化合物，化学性质与乙酰辅酶A相同，但是结构简单到可以由氢气和二氧化碳在碱性热液喷口反应合成。克劳迪娅·胡贝尔（Claudia Huber）和瓦赫特绍泽的实验，已经成功使用CO和CH3SH合成了硫代乙酸甲酯。更重要的是，它应该可以和乙酰辅酶A一样，直接与磷酸盐反应生成乙酰磷酸。那么原则上，它可以直接驱动有机合成，同时转化为乙酰磷酸驱动聚合反应，形成蛋白质或RNA等复杂的长链分子。我们正在用实验室的台式反应器验证这个假说，最近刚刚成功生成了乙酰磷酸，虽然浓度不高。
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这种原始的“乙酰辅酶A途径”，基本上已经足以驱动原始细胞在碱性热液喷口的微孔结构中开始演化。我设想最初的演化分为三个阶段。第一阶段，含有催化性的硫化铁矿物质的薄壁两侧形成质子梯度，驱动有机小分子合成（图14）。如我们在第三章中讨论的，这些有机分子在温度更低的微孔中被热泳效应浓缩，转变成更好的催化剂。这就是生物化学的起源，活性前驱物不断产生并浓缩，进一步促进分子间的反应，并形成简单的聚合物。
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第二阶段，在微孔结构中形成简单、有机的原始细胞。这是有机物之间互相作用的自然结果。这种简单的细胞状耗散结构，由物质自组织形成，但还没有发展出遗传基础和真正的复杂性。我认为这些原始细胞同样依靠质子梯度进行有机合成，但现在隔着的不再是微孔结构的无机物薄壁，而是自身生成的有机膜（比如由脂肪酸自动生成的双层脂质膜）。这些过程都不需要蛋白质参与。如前所述，质子梯度本身就能驱动硫代乙酸甲酯与乙酰磷酸的合成，也就是同时驱动碳代谢与能量代谢。这个阶段与前一阶段有一点本质的不同：现在的有机分子是在原始细胞内部合成，由有机膜两侧的天然质子梯度驱动。回读刚刚写下的文字，我发现“驱动”这个词用得太多了。也许是因为我词汇贫乏，但真的找不到更好的词来表达这些含义。我想强调的是，这些不是消极的化学反应，而是被碳、能量和质子的不断流入所强迫，被它们驱使发生，推着向前。这些反应必须发生，因为还原性、富含氢气的碱性热液进入被氧化的、富含金属的酸性海洋，这种互动产生了躁动的化学不平衡状态，只有靠这些反应才能消散。这是通向热力学平衡状态的唯一路径。
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第三阶段，即基因密码的起源。这才是真正的遗传，终于让原始细胞能够制造出与自身差不多的复制品。最早的自然选择形式是基于物质合成与降解的相对速度；这种形式会演变成标准的自然选择：拥有基因和蛋白质的原始细胞种群，开始在碱性热液喷口的微孔环境中竞争求存。这种标准演化机制让早期细胞开始制造复杂的蛋白质，包括核糖体和ATP合酶，这些蛋白质后来一直普遍保留在所有细胞中，直到今天。我认为，鼎鼎大名的露卡，细菌与古菌的共同祖先，就生活在碱性热液喷口的微孔结构中。也就是说，从无机物起源到露卡诞生的三个阶段，全都发生在这些微孔中，全都由质子梯度驱动，无论分隔梯度的是无机薄壁还是有机膜。而ATP合酶等复杂蛋白质的出现，发生在这条崎岖之路的晚期。
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