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① 化用自西方谚语“罗马不是一天建成的”。——译者注
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② 严格来说，实际上还是有可能的。因为一个基因还是有可能由两个背景历史不同的基因片段拼合而成。不过，一般不会发生这种情况，种系发生学用单个基因去追溯演化历史时，通常也不会考虑去重建自相矛盾的历史。
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③ 原文是“jerk”和“creep”。这两个词分别也有“浑蛋”和“变态”的意思，所以是双关语笑话。——译者注
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④ 逆向工程，对目标进行逆向分析与研究，演绎出该目标的形成流程、组织结构等要素。
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⑤ 移除发酵作用终产物最快且最可靠的办法，就是利用呼吸作用消耗它们。这样终产物就成了二氧化碳，很容易消散在空气中或者变成碳酸盐沉淀。所以，发酵作用很大程度上依赖呼吸作用才能运作。
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⑥ 要进行这样的比较，必须知道每种细胞的代谢率、细胞尺寸和基因组大小。或许你会觉得，50种细菌和20种真核生物对于这种比较未免不太够。不过考虑一下，要获取每一种细胞的这些数据是相当困难的工作。有时我们已知生物的代谢率，但不知道它们的基因组大小和细胞尺寸；有时候恰好反过来。即便如此，我们根据文献资料计算出来的数字仍然相当可靠。如果你对详细的计算过程感兴趣，请参见参考文献中列出的论文（Lane and Martin，2010）。
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⑦ 球体的体积与半径的立方成正比，表面积与半径的平方成正比。所以球体的半径增加时，体积增加得比表面积快。对细胞来说，变大的问题就是表面积相对于体积的比值会变小。改变形状可以缓解这个问题，比如很多细菌都呈杆状，这让它们的表面积与体积之比可以比较大。但是当实际尺寸增加好几个数量级时，改变形状也只能有限缓解一下。
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⑧ 因为原核细胞没有吞噬作用，不能吞噬其他细胞，这经常被用来证明内共生作用的宿主必定是某种“原始”的吞噬细胞，而不是原核生物。这个推理有两个问题。首先是反证：我们已经知道一些稀有的例子，内共生体生存于原核生物内部。第二，虽然内共生作用在真核生物中十分常见，但是其内共生体并没有变成线粒体这样的细胞器。尽管机会多不胜数，但目前我们已知唯二的例子，只有线粒体和叶绿体。真核细胞的起源是一次单一事件。在第一章中我们讨论过，一个有力的解释，必须阐明为什么这个事件只发生过一次：它必须有足够的说服力让人相信它可以发生；但又不能太有说服力，让人疑惑为什么这次事件没有多次发生。内共生作用虽然在原核生物之间很罕见，但并没有罕见到单独就可以解释真核生物起源单一性的程度。然而，原核生物之间的内共生，在能量方面带来了巨大的益处，同时，双方生命周期的融合又带来了严重的问题（下一章会讨论这个问题）。二者结合，就可以解释这个演化事件的单一性。
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⑨ 再为这些数字提供一些参照对象：一般来说，动物细胞每分钟可以制造1～15微米的肌动蛋白纤维，而有些有孔虫目生物，可以快到每秒制造12微米。当然，这里的速度是指组装已经生成的肌动蛋白单体，而不是计算从头合成新单体分子的速度。
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⑩ 这个术语是英国前国防大臣约翰·里德（John Reid）教给我的。他读了我写的《生命的跃升》后，邀请我去上议院喝下午茶。他很热情，而且渴求知识。我向他解释了线粒体工作的分权管理策略，结果和他熟悉的军事术语不谋而合。
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⑪ 细菌有一种燃烧ATP的机制很能说明问题，即ATP外溢或者说能量外溢（energy spilling）。这个术语的字面描述已经十分精准：有些细菌会用掉多达总量2/3的ATP分子，在细胞膜内外进行没有任何用处的离子循环，或者进行其他同样毫无意义的行为。为什么呢？一个可能的解释是，这样能维持ATP与ADP健康的比例，保持对膜电位和自由基泄漏的控制。这个例子说明细菌有足够的ATP来挥霍，它们并没有能量紧张的问题。只有放大到真核细胞的尺寸时，每基因平均能量的问题才会暴露出来。
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⑫ 萨特（Jean-Paul Sartre），法国哲学家，存在主义的代表学者。“他人即地狱”是萨特的名句，原为萨特创作的戏剧《间隔》中的台词。这句话的诠释很多，但在原剧中表达的是人与人之间不得不互相依存，但又充满冲突的困境。——译者注
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