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3月18日，铁道部召开全路电视电话会议，改革全面启动，铁路分局运输调度工作开始向铁路局迁移，要求从3月25日18时起，实现铁路局调度直接指挥行车。铁路信息系统进行全路性的调度信息切换，涉及1322个调度台、3585个车站，要新建并调通2M专用网络228条。
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3月22日13时18分，上海铁路局调度指挥系统一次性切割成功；3月23日乌鲁木齐铁路局完成迁移、3月24日济南铁路局完成迁移、3月25日18时，全路18个铁路局全部实现直接对车站指挥行车。调度指挥系统实现平稳过渡。
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3月26日，铁道部信息中心大屏幕上显示，全路所有调度信息系统运行一切正常。这次改革的最大难关算是安然渡过。
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除了要进行技术上的转移切换外，本次改革还涉及机构人事改革。人事改革往往是重点中的难点，因为人事改革处理不好，往往就会影响工作，从而影响安全，最终影响改革的成败。本次改革要在11天内，撤销41个铁路分局，新组建3个铁路局，安置2万多名干部，其工作难度之大可想而知。
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毫无疑问，这次改革中最失意的是郑州铁路局与北京铁路局。北京铁路局分出了大同铁路分局、太原铁路分局、临汾铁路分局，新组建了太原铁路局。而郑州铁路局雄踞中原，是京广铁路与陇海铁路的交会城市，原先是中国第一大铁路局，这次改革中分出了西安铁路局与武汉铁路局，转而成了18个铁路局中的小不点。这也是本次改革中非议最大的一点。有人说这是新任铁道部部长公报私仇。
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我们从改革取得的成果来评估，无论如何，这都是一次意义重大、效果显著的改革。为什么这么说？我们来看以下几点：
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第一，管理机构层级减少、数量减少、人员减少。改革前，各路局行政附属机构40～210个不等，改革后调整为30个左右。全路撤销地区办事处共计130个。全路管理人员编制由改革前的14.64万名，减少为10.9万名，减幅达25.55%。
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第二，解决了运输站段规模小、数量多的问题。铁路站段大幅减少，由于铁路分局的撤销，在后续的工作中，全路站段由2003年6月底的1526个减少到2006年3月的627个，减幅高达58.9%。扩大站段跨度从根本上解决了我国铁路长期存在的运力资源高度分散的问题，实际的效果是运输效率和劳动生产率的大幅提升。
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第三，解决了主要干线分割严重、作业区段短的问题。京广铁路、京哈铁路、京沪铁路、陇海铁路等干线交路基本打通。如京沪铁路全长1400多公里，此前分布着5个路网性编组站和南仓一个区域性编组站，路网被人为地分割成若干区段，造成列车多次解编，延缓了车辆移动速度。通过铁路站段改革，调整运输生产力布局，较好地解决了这个问题。
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大国速度：中国高铁崛起之路 [:1700050923]
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■和谐铁路
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很多人以为跨越式发展口号伴随刘志军执掌铁道部的整个过程，其实不然，跨越式发展其实只是一个阶段性口号。从2003年6月28日，跨越式发展路线被正式抛出，到2006年10月和谐铁路口号提出，跨越式发展口号终止，中间不过短短3年多一点的时间。
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大家之所以会有上述误解，是因为从跨越式发展口号到和谐铁路口号中间并没有任何实质性变化，大家感受到的中国铁路还是在按照既有路线快速地跨越式发展。也可以说和谐铁路只不过是跨越式发展换了一个马甲，又重新出现在了世人的面前。心还是那颗心，只是改了一个名字，借用一个时下流行的广告语就叫“还是熟悉的配方，还是熟悉的味道”。
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跨越式发展其实是一个很悲催的口号，尽管它非常符合当时中国铁路发展的实际，也在中国铁路发展过程中留下了不可磨灭的功勋，为中国高铁发展深深打上了自己的烙印。但是，就在铁路跨越式发展口号提出不久，2003年7月28日，胡锦涛总书记《在全国防治非典工作会议上的讲话》中明确提出了“坚持协调发展、全面发展、可持续发展的发展观”。这就是科学发展观的核心内容。8月28日～9月1日，总书记在江西考察期间第一次提出了“科学发展观”这一概念，即牢固树立协调发展、全面发展、可持续发展的科学发展观。
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铁路跨越式发展符不符合科学发展观？至少从字面意思上理解容易产生误会。但当时的铁道部党组从理论上论证，铁路跨越式发展就是科学发展，铁路跨越式发展路线符合科学发展观。因为科学发展是全面、协调、可持续的发展。铁路是中国综合交通发展的短板，是中国国民经济发展的瓶颈，与国外同行相比存在落后的“位差”，只有实现铁路跨越式发展，才能补齐短板，才能实现全面发展、协调发展、可持续发展，所以铁路跨越式发展符合科学发展观。
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此后，在铁道部召开的历次大的会议中，以及铁道部通过的重要报告中，以科学发展观为指导，实现铁路跨越式发展成为必须要强调的内容。但是，随着科学发展观理论体系的不断完善，科学发展观已经成为指导当时中国经济社会发展的最重要理论体系。铁路跨越式发展与科学发展观字面意义上的冲突成了铁道部不能承受之重。
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2006年10月8日～11日，党的十六届六中全会在京召开，会议审议并通过了《中共中央关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》。构建社会主义和谐社会成为党和国家的中心任务。
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“和谐号”CRH1A型动车组。
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在此关键时刻，铁道部党组及时行动，废弃了跨越式发展的口号，开始以和谐铁路建设来概括铁路发展的目标和任务。和谐铁路的口号横空出世。虽然铁道部在大会小会各种场合、各种新闻宣传、各种资料中不厌其烦地强调突出和谐铁路理念，但是和谐铁路的口号一直没能叫得像跨越式发展口号那样响亮。因为它只是一个生硬地造出来的口号，与当时中国铁路发展的实际情况不符，并没有概括出当时铁路发展的本质特征。
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但是，当时的铁道部党组有一个杀手锏。2006年7月31日，中国引进消化吸收的首列国产化高速动车组在青岛下线，被命名为CRH2A；8月30日，由青岛四方庞巴迪公司生产的首列高速动车组也正式出厂，被命名为CRH1A。铁道部党组把这些将成为中国高铁运营主力的高速动车组统一命名为“和谐号”。随着中国高铁的快速发展，并给人们出行带来了革命性的变化，“和谐号”动车组深入人心，成为中国铁路的最知名品牌，也将中国高铁与和谐概念紧紧地捆绑为一个整体。2006年11月16日，铁道部主要负责人在《经济日报》发表署名文章——《推进和谐铁路建设服务经济社会和谐发展》，提出以科学发展观统领铁路工作，深化和谐铁路建设。全文不再出现“跨越式发展”的提法。[125]11月18日，青岛四方庞巴迪公司在铁道部机关报《人民铁道》报上刊登CRH1A的整版宣传广告，“和谐号”的名字已经赫然在列。
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在铁路跨越式发展最鼎盛的时期，2004年1月1日，《人民铁道》报正式推出《跨越周刊》，到2006年10月，和谐铁路口号提出后，《跨越周刊》只好紧急停刊。
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此后，在铁道部的正式文件及资料中，跨越式发展路线就再也没有出现过。
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