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第二十八军自9月下旬接受了攻击金门的任务后，就一直在积极进行准备。该军自福州南下时，军长朱绍清、政委陈美藻都留在福州治疗休养，由副军长肖锋和政治部主任李曼村主持军内工作。该军南下时留一个师在福州担任守备任务，在进行攻金准备工作时为了加强该军，第十兵团决定将第二十九军刚刚参加过攻厦战斗锻炼的主力师——第八十五师调归其指挥。第十兵团下达攻金命令，命令要求：
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“为肃清沿海残敌，解放全福建，并建立尔后攻台之基地，决乘厦门胜利余威及金门敌防御部署紊乱之际，以二十八军一个加强师为主附二十九军八十五师全部，发起对金门之攻击。”
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命令中要求乘敌“防御部署紊乱”进攻，事实上厦门解放后国民党金门守军虽大受震撼，其防御部署却不仅未紊乱，反而更加严密。人民解放军进行攻金作战准备的同时，国民党军也在大力加强金门岛上的守备。
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金门岛过去是一个并不很知名的岛屿，主岛大金门面积为124平方公里，小金门为15平方公里，周围还有大担、二担几个小岛。金门县城在大金门西部，大金门距大陆最近处约10公里，该岛状似哑铃，东半部为山地，西半部为丘陵，只有北部岸滩地段便于登陆。
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金门全岛有居民约4万人，多是华侨家属，岛上并无重要的出产，居民大多靠农渔业和侨汇为生。金门之所以被国民党军看重，主要是由于它的地理位置。控制了金门，就可以封锁福建主要港口厦门的出海口。国民党军认为人民解放军如渡海攻台，厦门港将是重要的船只集结地，控制了金门对于屏护台湾能起到重要作用。
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自人民解放军入闽，蒋介石就很清楚在大陆已无法抵御，于是着意于经营福建沿海的几个岛屿。平潭岛最大，距离台湾也最近，但是周围无重要港口，岛上又有共产党领导的游击队活动，因此未被作为设防重点，只放置了几千人的残破部队。马祖位于福州的出海口处，但是岛屿较小，距大陆最近处也在15公里以上，国民党军于8月间从福州撤退时才在岛上放置了一个团部队，再加上一些被收编的海匪武装，以其封锁闽江出海口。厦门、金门两岛则被作为防御重点，各放置了一个兵团。当时厦门岛的经济意义以及它在海内外的影响虽远远超过金门，但是它距离大陆太近并被三面环绕，不容易守住。金门虽然比较荒凉，岛上原无工事，沿海处大多比较平坦，却距大陆较远，登陆困难，更便于台湾的海空军支援。
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从9月末解放军进抵厦金对岸时起，蒋介石、汤恩伯就已经侧重于保卫金门，对防守厦门则信心不足。汤恩伯本人虽然仍坐镇厦门，其总部的后方机关、巡防处都由厦门撤至金门，技术兵团则由厦门撤往台湾。人民解放军在厦门登陆时，金门的国民党军并不增援厦门，听任守军被歼。可是解放军第二十八军于10月10日和13日攻占金门北面的大、小嶝岛，以便为攻击金门夺取出发阵地时，台湾国民党当局马上以刚由汕头调到金门来的主力第十八军中的一个团增援大嶝岛，表现出对金门守备的高度重视。
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国民党军负责守备金门的第二十二兵团当时也是蒋介石残剩的嫡系部队中的主力。厦门战斗开始前夕，第二十二兵团下辖第五军和第二十五军，以及刚从台湾调来的第二零一师，部队番号虽多，但是其中缺额甚大，总数不过2万余人，实际作战兵力仅8个团。第五军原是国民党军的“五大主力”之一，其核心部队是在远征缅甸中战功显著的第二百师。不过在金门的第五军已不是原先的老部队，第五军的老部队已经于淮海战役最后一阶段全部覆没于陈官庄。后经蒋介石的特别安排，依靠零星逃回或被释放归来的官兵为骨干，再征新兵，于福建重新成立第五军。第五军的第一六六师已在厦门基本被歼，剩下第五军军部和第二百师只有3000余人，守卫小金门。在金门的第二十五军原先在淮海战役第一阶段被全歼于碾庄，蒋介石念及该军的老军长黄伯韬是战役中仅有的以自杀为其效忠的高级将领，决定在福建重建该军。第二十五军建立后又在福州基本被歼，残部逃至金门只缩编成一个团（第118团）。随后国民党空军又将机场警卫部队编成两个师（第四十、第四十五师），拨给第二十五军，这些部队的战斗力是比较弱的。
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当时在金门还有一支装甲部队，即国民党军战车第3团第1营。该营于1949年初组建，其成员主要是由从双堆集包围圈和华北战场上逃回的装甲兵人员。该营组建后，在上海接收了21辆美制M5A1坦克（重15吨，有37毫米炮一门），随后在台湾训练了半年之久。该营于9月中旬运抵金门，是一支担负反登陆作战的重要机动力量。
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另外，在金门有一支新军，即第二零一师。该师是原青年军部队，当时只有两个团。青年军是抗日战争末期蒋介石以“十万青年十万军”的口号发动知识青年组织起来的，其番号从二零一师至二零九师共9个师。青年军待遇远比其他军队优厚，装备也好，其成员的出身大多非工农，军中又普遍有三青团组织，接受国民党的“党化教育”，因此被蒋介石、蒋经国父子视为心腹嫡系。不过青年军成军后抗战即已结束，该军未对日军打过一仗，并无战斗经验；学生兵又多半怕苦怕累，不愿野战而专门驻大城市，因而在国民党军中被讥笑为“好看不好用”的部队。国民党在大陆作战期间，青年军只有极少数上过前线，战绩亦甚差，第二零六师被歼于洛阳，第二零七师在沈阳被缴械，其余多数部队被安排在后方担任警备。孙立人于1948年接手台湾的后方训练基地后，又对青年军部队按当年在印度训练美械新军的方法予以装备训练，组建了第六军和第八十军，作为防守台湾的骨干。其中的第二零一师原属第八十军，8月间调一个团去警备福州，撤退时基本被歼。师部和另两个团厦金吃紧后被调到金门，担负起金门西北部的防务。
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金门态势图
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在10月上旬，大金门守军总计不足1.7万人，其中新兵又占多数，只有战车营和孙立人重新训练过的青年军还算是稍有战斗力的部队。金门岛上虽然抢修了一些防御工事，但多半是成一线配置的野战土木工事，在滩头设置了一两道铁丝网。依据以往的作战经验，对付这些部队和这样的工事，解放军即使以数量较之略少的部队登陆，将其全歼确实也是毫无问题的。
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然而解放军第十兵团因船只缺乏，一时难以在大金门登陆。国民党军从大陆沿海撤退时，对渔民的船只大肆破坏和掠夺；解放军到达沿海地区后，许多群众一时对共产党不了解，害怕解放军也同国民党一样拉夫拉船，部分渔民将船只藏匿起来，又不肯为军队撑船，这使第十兵团在沿海征集船只和船工遇到极大困难。第二十八军从福州南下时原有大型木船上百只，大都在平潭岛遇台风损失；入闽后临时征集来的船工又在沿途逃走。结果第二十八军到达同安时只剩下28只船，其中12只船还没有船工。
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为准备渡海作战，第28军安排了很多干部战士到沿海找船，虽然收获还可观，然而开到出发地的却很少，船工更不得力。当年春天进行渡江战役时，长江以北的老解放区动员了上万的翻身农民出身的船工参战，他们与解放军有着血肉相关、利害与共的关系，在战斗中能同生共死，团结一心。可是在新区情况却大不相同，群众对共产党解放军大都缺乏了解，对船只和船工都很难掌握。当时任第二十八军的侦察科长的张宪章回忆军侦察营找船的过程是这样的：
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“在泉州湾找到五条船，亲自带着，要经过深沪湾绕过围头，开进围头湾。在接近围头时，因距金门岛越来越近，船工害怕敌人开火，借口风大浪高，不肯开船前进。郑副营长没法，只好同意在围头停一夜，等风势减弱再走。不料一夜之间，五条船上的船工全部逃走，剩下五条空船，郑副营长他们不会驾驶，只好痛心地下船步行回来，真是无可奈何。”
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“便衣连成绩不小，找到二十多条帆船，六十余名船工。回来以后，为了防止船工逃跑，他们让这些船工住一所大房子内，派干部战士陪着，实际上就是看守着，每天用好酒好菜款待，尽量满足他们的要求。解放前的渔民和船工多数吸毒，不吸毒没精打采，吸了毒精神百倍，驾船游水，离了吸毒不行。当时我军从国民党军队手里缴获了一些毒品，各单位就请求上级批准给船工用。为了渡海作战解放金门，这样做也是没有办法的事。当然，也向船工进行政治动员，给他们讲进攻金门、扫清沿海岛屿的敌人、解放全中国的伟大意义。可惜我们不懂闽南话，他们也听不懂北方话，思想觉悟提高了多少很难说。”12
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另外，由于部队缺乏船只的管理和航运知识，将找到的船只调到出发地的过程中损失之大也是惊人的。第二四四团负责找船的干部对此后来回忆说：
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“我们的船带到目的地，损失了四分之三，主要原因是，指挥机关按陆地行军的要求，对待海上航行，甚至每天从甲地到乙地的行程，都规定得死死的。这样一来，不管潮汐涨落、风浪大小，都要硬着头皮开船，结果我们一个多月辛苦劳动的成果，大部分被礁石撞碎，大海吞没。”13
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在如此缺乏船只的情况下，如果少损失一半，金门登陆战前所拥有的船只数就会大大增加，战斗的结果肯定将大不相同。
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第二十八军经过一个多月的多方寻找，船只数仍然达不到预定最低限度的一半。只好要求第十兵团的其他部队支援。可是第三十一军和第二十九军攻击厦门的船只大部被敌机炸毁或因其他原因损坏，在攻厦中发挥了很大作用的小舢板又不能用于航程较远的攻金战斗。占领厦门市后，兵团司令部又需要用船向市内居民供应粮食，能调来的船只很少。直至10月24日，才仅能集中起一次可航渡三个团（约8000人）的船只。
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鉴于船只不足，第十兵团司令部连续三次推迟了攻击金门的时间，最后决定取消第三十一军原定攻击小金门的计划，将船只集中供第二十八军使用。根据当时的船只情况，第十兵团的预想是，第一梯队登陆3个团，纵使有部分损失，船只返回时第二梯队、第三梯队还可以再航渡4个团，这样总共可有7个团（1.7万人以上）在大金门登陆。当时估计大金门守敌中战斗兵总数只有1.2万人左右，解放军有7个团部队上岸，即可确保歼灭大金门之敌。
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这个预想的计划虽然从表面看来可行，但是仔细深究起来，实际上是一个对海情敌情变化缺乏了解，主观拟定的一相情愿的计划。
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从地理条件、敌情条件和敌军守备决心来看，攻金都难于攻厦。厦门战斗前金门守敌虽不足2万人，可是敌军有海路运输便利的条件，随时可能增援。厦门战斗结束时，金门守军就已得到胡琏兵团第十八军的增援，岛上总兵力达到3万人以上。此外，岛上国民党军的装甲兵在既设的战场会有较强的突击力，同时国民党军又有绝对的制空权和制海权，解放军纵然利用夜间偷渡，船只也会大量损失，这已被平潭、厦门两仗的教训所证明，因此想用第一梯队的船只回来再运送第二梯队大成问题。
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