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在法军疯狂反击下，越军第102团依托残存工事顽强战斗，顽强打敌反扑。
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与此同时，比雅尔少校认为越军三次进攻均被挫败，法军组织反击的时候到了。根据比雅尔少校的指示，法军的105毫米榴弹炮群先是对F高地和秃山进行炮火急袭，然后用空军轰炸C1高地和D2高地，压制了越军的75毫米山炮和轻重机枪，然后让第1外籍兵团伞兵营全部出动，从08点00分开始，在M24“霞飞”坦克掩护下，从C区和B区冲出来，扑向越军第102团东北方向的防御阵地。在法军的反扑威胁下，越军第18营营长意志动摇了，未经请示就擅自放弃指挥和阵地，逃往突破口周围阵地（他甚至越过了在A1高地纵深指挥战斗的第102团团长阮雄生少校的指挥位置）。负责东北方向组织防御的越军基层指战员看到指挥干部都逃了，军心瞬间动摇，也陆续离开阵地，逃往后方。团长阮雄生下令停止撤退，可第18营营长根本不听命令继续逃跑，过突破口时正巧碰上奉命增援A1高地的越军1个加强班。结果，第18营营长又一次未经请示擅自下令这个加强班撤退。一时间，第102团在A1高地的防御战斗队形陷入混乱，利用这个机会法军转入追击，企图把第102团彻底赶下高地。危难时刻方显英雄本色，阮雄生少校及时指挥剩下的指战员在纵深坚持打击反扑的法军，战斗打得十分激烈。阮雄生少校亲自抄起冲锋枪和手榴弹，一边直接战斗一边指挥部队，甚至还在火线直接教新兵如何有效使用武器打击法军。由于留在纵深的指挥干部的勇敢战斗，特别是团长阮雄生在负伤的情况下仍然不下火线，继续指挥部队调整部队和动员鼓舞战士们的士气，留在纵深的各单位组织部队坚强战斗，最终击退了法军的反扑，守住了阵地。战斗又回到了前一晚的僵持模式，法军的炮火支援十分猛烈，完全压倒了缺炮少弹的越军第102团。
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至11点00分，法军第1外籍兵团伞兵营又进行第二次反扑，打败了第174团2个排和第102团正面防御的兵力，情况急转直下。第102团团长阮雄生少校赶紧使用第174团1个排赶去增援，才挡住了反扑的法军，击溃部分突破越军阵地之敌，基本恢复了原有的防御态势。法军两次反击受挫，自身损失也不小，第1外籍兵团伞兵营战死13人，失踪9人，负伤23人（包括营长吉罗少校），营长也换成了弗朗索瓦·维厄莱斯上尉。双方筋疲力尽都打不动了。虽然反击没有得手，但法军总算是粉碎了越军的第三次进攻，保住了A1高地。
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从A1高地山顶大碉堡钻出来反击的法军士兵。
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三打A1失败的同时，越军在106高地的进攻并没有停手。
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4月1日22点00分，越军第36团84营在炮火掩护下，又一次冲上了106高地。由于双方炮兵先前不间断地对106高地实施猛烈炮击（尤其是前日法军155毫米榴弹炮群的炮火覆盖），使这个高地的防御工事被炸得粉碎，斯波佐中尉的外籍兵和泰族兵组成的混成连没法依托工事挡住踩着弹坑攻上来的越军36团84营。
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相比前一晚的战斗，36团84营也变得聪明多了，他们没有直插高地中央，而是逐一啃下法军阵地，逐步把对方往山顶逼。战至凌晨4点，越军全面突破106高地防线，逼得混成连只得退进一座大碉堡死守。为了救援106高地，克莱蒙梭少校急令比札尔上尉往H1高地出击，支援混成连。比札尔集合了约百名官兵——第5越南伞兵营2连2个排、第2外籍军团步兵团1营4连1个排，和卡雷特坦克排的3辆坦克，他们先是出机场北460米到达105高地，然后再向西走550米赶到106高地。
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与此同时，从4月1日晚11点30分开始，驻守105高地的第13外籍军团步兵团1营1个混成连（由拉斯图伊中尉率领）遭到了越军88团29营1个连的佯攻。比札尔的救援部队先是协助混成连打退了佯攻，然后在坦克火力支援下冲上106高地，把84营赶了下去。当比札尔冲进106高地大碉堡时，发现受伤的斯波佐中尉所部仅剩13人，显然106高地已经没有再守下去的价值。接到报告，朗格莱中校于4月2日08点00分下令永久放弃106高地。
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晚10点30分，运载第1伞降轻步兵团2营首波伞兵的C-47运输机群抵达奠边府，越军37毫米高射炮群立即组织对空射击。在机场南面的预定空投场太小，使每架运输机在一次飞过空投场上空时只能投下几名伞兵，迫使飞行员为了完成空投任务不得不2～3次甚至4次飞过空投场。在半空中徐徐落下的伞兵遭到越军高射机枪火力拦阻，5名伞兵被击中。在运输任务中，空投伞兵和空投物资的飞机混淆一处。本来空投伞兵是优先任务，但106高地激战不断，使空投场看起来很不安全，结果大部分运输机只得载着伞兵返回，当夜仅有第1伞降轻步兵团2营4连2个排、营部连一部，以及1名来自第35伞降轻炮兵团的炮手（补充兵）一共百余人着陆。由于携带着沉重的武器箱和弹药绑腿，伞兵着陆异常困难，有些落进弹坑，有些落进战壕，有的甚至落进铁丝网与飞机残骸内，当然也落进其他障碍物里。克洛德·希比耶下士向辛普森回忆说自己跳进一片铁丝网中，试图逃脱时被一块炮弹碎片打伤。借助爆炸的闪光，他看到附近落下一个红十字包，便朝它爬了过去。与此同时，1名越军伤员也爬了过去，两人共用了这个红十字包。对这点伞兵增援，朗格莱十分不悦。在他看来，奠边府形势危如累卵，所有飞抵这里的飞机应该把伞兵全部投下，而不应顾及什么伞兵安全着陆之说，和奠边府相比，空投中损失1％～5％的伞兵又算得了什么？
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4月2日清晨，航岗守军在坦克排配合下出击，捣毁了逼近的57团堑壕，接着几天法军又重复了几次。在中心区，2辆取淡水的M24坦克被越军炮火击伤。另一方面，法军的维修站继续不眠不休地工作，又将几门损伤的105毫米榴弹炮修复。
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4月2日夜到3日凌晨，利用相对平静的时间，朗格莱中校清点了一下手下的各个伞兵营，吃惊地发现经过3天战斗各营兵力都仅及编制的半数：第1外籍军团伞兵营仅300人堪战，第8殖民地伞兵营还有400人，第5越南伞兵营约350人，第6殖民地伞兵营约300人。当晚，法国空军继续向奠边府空投援军：18点30分，12架运载伞兵的运输机抵达，仅6架投落伞兵，首批着陆的是炮手——第35伞降轻炮兵团的朱托中尉带领的31名炮手。第1伞降轻步兵团2营4连74人在连长叙布勒吉中尉带领下成功伞降，随后接防E3高地，但两批空投箱却落在越军战线，全部丧失。
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当晚，越军第308大团长王承武决定倾尽全力，再对A1高地做最后一搏。他命令第102团团长阮雄生组织第四次攻击。
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当时的情况是，第102团和第174团经过3昼夜连续不断的战斗，已经蒙受了惨重的损失，特别是第174团几乎打光，且没有得到整补。为了恢复战斗力，第174团除了留下1个连在A1高地继续配合第102团战斗外，大部分兵力奉阮雄生少校的命令撤到后方休整。第102团的情况也不乐观，他们只能勉强凑出1个连的兵力。当时，部队疲惫，大部分干部都有些动摇了，失去了必胜的信念。第102团勉强凑出来的这个步兵连大部分战士也都是新兵，没有受过最基本的训练，更遑论技战术。此外，配属第102团作战的75毫米山炮连和120毫米重迫击炮连补充了弹药，可还是无法满足战斗需求。实际上，第102团已经失去了继续进攻的能力。
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尽管现实很严峻，可第102团团长阮雄生少校还是决心集中第102团剩余的全部兵力，并给部队动员打气，下定决心要攻克A1高地。对四打A1高地，阮雄生少校依然照搬第174团旧的作战计划，但为了达成进攻突然性，他取消了炮兵压制射击，命令部队直接越过突破口发起冲击。参加第四次对A1高地进攻的兵力主要是第102团暂编步兵连和仍在A1高地突破口坚守的残部。
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经过一个小时的准备，参战的第102团暂编连利用夜幕的掩护向A1高地纵深摸了上去。他们很快和留守突破口的残部会合，共同前进。接近山腰，团长阮雄生少校下令冲锋，部队很快从东南面冲上山顶，并组织对山顶大碉堡的爆破。虽然连续引爆了80千克爆破筒，可山顶大碉堡还是没有坍塌，法军不仅没有受到丝毫损失，反而从山顶大碉堡的地下室和A1高地西坡冲出来，朝越军猛砸手榴弹，并用冲锋枪扫射。在炮火支援下，法军先是粉碎了越军发展进攻的企图，然后从山顶大碉堡南北两个方向实施反冲锋，双方又一次爆发了激烈残酷的战斗。
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至4月3日凌晨04点00分，第102团进攻兵力几乎消耗殆尽。在根本没法继续组织哪怕一次小规模进攻的情况下，阮雄生少校只得向第308大团长王承武大校请示。在征得王承武大校的同意后，阮雄生少校决定停止进攻，留下1个排组织防御，坚决守住剩下的阵地，剩下大部分幸存兵力带着伤兵和烈士遗体撤离A1高地。虽然有晨雾的掩护，可撤退距离较远，途中遭到法军炮兵追踪射击，又平添了一些伤亡。在主力撤出后，殿后的步兵排也撤离了A1高地。至此，越军在第二阶段总攻击中的重头戏——决战A1高地落下帷幕。
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围绕A1高地的战斗（包括最终于5月7日凌晨攻克），越军宣称一共歼灭法军828人（击毙376人、击伤和俘虏452人），缴获1挺12.7毫米高射机枪、4挺重机枪、27挺轻机枪、162支冲锋枪、201条步枪以及2门57毫米无后坐力炮、6门迫击炮，击毁1辆M24“霞飞”轻型坦克。
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虽有如此战果，但是，在A1高地，越军付出的代价也是难以想象的高昂：计伤亡2516名指战员，其中牺牲1004人，负伤1512人（第174团伤亡1626名干部战士，第102团伤亡890名干部战士）。武器损失：8门迫击炮、22具巴祖卡火箭筒和57毫米无后坐力炮，8挺重机枪、32挺轻机枪、326支冲锋枪和460条步枪。绝大部分兵力和武器装备损失发生在3月30日到4月3日之间。
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尽管越军拼尽全力，对A1高地发起了第四次冲击，可最终还是败下阵来。第二阶段总攻击围绕A1高地的决战，以越军失败而告终。
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A1高地之战是结束了，可越军对奠边府第二阶段的总攻击还没有结束。在奠边府西北面，越军第36团在拿下106高地后，又对105高地展开攻击。为了支援36团冲锋，部署在D1高地的越军57毫米无后坐力炮和82毫米迫击炮火力把105高地防线前沿铁丝网炸成了碎片。尽管如此，越军第36团这次冲锋，还是被拉斯图伊中尉率领的由86名外籍兵组成的混成连粉碎。
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4月3日，天气恶劣，法军大部分运输机都放弃空投任务转向返航。白昼，经历了2夜激战的105高地也赢来了难得的平静。外籍兵们听到越军用德语喊话，让法军派人到106高地山脚下，接回他们的重伤员。外籍兵上士卡茨讷和中士斯特泽林自愿组成担架队到106高地山脚下，发现4具担架就在眼前，其中不仅有伤员甚至还有阵亡者。这是越军的攻心战术，目的是瓦解法军的士气。果不其然，这天晚些时候，12名外籍兵（全是兴兰高地的幸存将士）扔下武器，悄悄遛下105高地，向越军投降。为了补充因逃亡造成的损失，105高地得到1个排（约30人，由弗朗索瓦中尉率领）。