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他的航海日记《“小猎犬”号航海记》记叙了5年里的航程，是一部经典的19世纪航海文学。在航程之中，达尔文有几项重大的发现，如解释了环状珊瑚岛为什么是圆形的（为火山收缩形成）、塔希提人极有魅力等。但最重要的，无疑是他洞察到了自然选择法和它在物种起源、进化中的作用―这一点已经被无数次地论述过，在此已没有必要再做重复，简单说来，如果达尔文没有认识到自然选择是物种进化的动力，赫胥黎和威尔伯福斯就不可能在1860年面对面地辩论，你也永远不会读到这本书。
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也就在思考进化问题的同时，达尔文也在思索另一个重大的问题，这是一个更加敏感的问题，他在反复思索、研究了近30年之后，才写成了《物种起源》。这是一个关于人的问题，一个维多利亚时代的科学家目睹了人类的多样性之后，他要对他的所见做出一个解释：为什么世界各地的人们彼此之间是如此不同？
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“小猎犬”号是1831年12月27日从朴茨茅斯的德文郡港起航的，途经佛得角群岛、巴西、阿根廷、火地岛、智利、厄瓜多尔、加拉帕哥斯群岛、塔希提、新西兰、澳大利亚、毛里求斯、巴西（再次），于1836年10月2日返回。在航行过程中，达尔文有机会遇到各种各样的人，在巴西，他遇到了生活在彭巴斯草原上的高乔人，他还在智利向导的带领下坐着牛车跋涉在安第斯山。在他所遇到的人当中，给他留下最深印象的，恐怕是火地岛上的土著。
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达尔文这样描述他们：“……他们发育不良，可怕的脸上涂画着白灰，油污的皮肤散发出臭味，乱七八糟的头发，声音刺耳，举止粗暴。看着这些人，你很难相信他们是神的创造……”很显然，他无法把他们和探险家笔下“高贵的野蛮人”联系起来。但是，在“小猎犬”号上有3个火地岛人，他们是5年前费兹罗伊船长带回伦敦的。抓捕他们的人给他们起名为火地篮子、吉米扣子和约克教堂，但他们的真实姓名分别是约克库史鲁、奥瑞得里克、艾力帕努。在一次航海中，有一只小船被偷了，他们是作为赎金被水手带回来的。很显然，他们不习惯维多利亚时期的英国生活，但是，他们学会了基本的会话，甚至开始变得像一些英国的中产阶级一样做作。比如当达尔文晕船的时候，吉米不停地惊叫：“可怜、可怜的人。”尽管他们有着明显的火地岛土著人的特性，达尔文仍然视他们为人类的成员，当然他的观念带着维多利亚时期等级观念的烙印。当论及有关迷信的问题时，他甚至自然地将他们和“小猎犬”号上的水手们相比较，他把他们总体上低下的物质文明归结于平等主义的政治体系。虽然在政治方面很天真，但达尔文在他的时代具有科学的超前性。
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在“自然的教化”对“教化”的论争中，达尔文站在前者的一边。看上去极其可怕的火地岛土著，和“小猎犬”号的水手一样，同是人类的一部分。在航海日记的最后一章，他抨击了遍及美洲的野蛮奴隶贸易，他著名的尖锐言辞表达了他的人类平等的思想“为了掩饰使用奴隶的罪恶，他们常常将奴隶的生存状况与贫苦的农民相比较。如果悲剧的制造者不是自然法则，而是我们的制度，那么我们的罪恶是巨大的……”
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但是，如果所有的人均属于同一物种，那该如何解释人与人之间在肤色、体形和文化上的差异呢？人类从哪里来？我们的先祖究竟是如何到达像开普敦、西伯利亚、火地岛这样极其偏远的地方的？150年后，通过骨检测、血液和DNA分析，这些问题才有了初步的答案。
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多个物种
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如何定义一个物种？20世纪中期被普遍接受的定义，是一群能进行杂交繁殖的生物体（或有可能杂交繁殖）。换句话，如果为同一物种，便有可能共同繁殖后代。达尔文写《物种起源》时，离这一定义成为公理还有100多年的时间，那时他已经毫不怀疑人类具有共性。随着奴隶制在英国被废除，在美国和其他一些国家，这一制度也处于激烈的论争之中，在航海结束时，他发自肺腑地呼吁废除奴隶制。但是许多人对奴隶制有截然不同的观点，他们强烈认为人类很显然有种和亚种的区分。这一概念，最早是18世纪由瑞典植物学家卡尔•冯•列纳沃斯提出来的，他在对地球上生活的有机体进行分类时提出了这一概念。这是一项极为棘手的工作，但是列纳沃斯完成得极为出色，今天生物学依然在应用他发明的二项式命名法（二名法）―比如，我们在学校学过的拉丁语“种类”、“智人”，便是由他命名的。
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列纳沃斯认为所有的人种同属一类，但是他增加了亚纲人或亚种人的分类。他的分类中包括非洲人种、美洲人种、亚洲人种和欧洲人种，除此之外还有一种种族主义色彩的类别―野蛮人种，如达尔文笔下的火地岛人。对列纳沃斯来说，由于人种与人种之间所存在的巨大差异，增加这个种类是完全合理的。
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达尔文对这种分类始终持反对态度。他指出列纳沃斯在对人种进行分类时，过分地强调了外在的相貌。在他的晚年，他在《人类的血统》一书中这样写道：“涉及种族之间的大量差异，我们必须切实应用我们从观察自身的长期习惯中获得的良好辨别能力。”这是一个重要的观点，它有助于帮助解释随后诸多的关于人类起源的争论。
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19世纪，美国奴隶制的拥护者信奉列纳沃斯的偏激观点。他们认为人种之间由生物性所决定的不平等，可以证明对奴隶的残暴压迫是合理的。认为人种与人种之间生来不同的理论被称为“多元发生学”，即希腊文“多个物种”之意。这一学说很显然和圣经中关于伊甸园的故事是矛盾的，因为在伊甸园中生活的只有亚当和夏娃，而且大多数生物学家也注意到了人种与人种之间的相同性而反对多元发生学的观点。对多元发生论者来说，这一反对是可以轻易打败的，瑞士植物学家路易斯•阿格赛兹正是那样做的。和斯蒂芬•杰•古德尔一样，他认为古代《圣经》的作者不知道有多个人种的存在，因此他们只写了一个地中海人亚当。阿格赛兹推测黑人亚当、蒙古人亚当和美洲人亚当是同样存在的。
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尽管大多数生物学家不接受这一观点，它依然存在于今天人类学的一些文献中。如何解释人类外观的多样性，包括如何确定化石的种类，是一个极其艰难的过程。近代，最著名的多元发生论拥护者是美国的人类学家卡尔顿•库恩，他在20世纪60年代出版了两本影响巨大的书：《种族起源》和《人类现存的种族》。在这两本书中，库恩发展了人类5个人种（澳大利亚土著人、开普人、高加索人、刚果人和蒙古人）的理论，认为这5个人种是由不同的原始人类进化而来的。库恩推测不同的人种是在不同的时期进化的，非洲的刚果人进化得较早，之后便在进化的道路上陷入了困境。他声称欧洲人的优越是他们优良基因进化的自然结果，他甚至这样安慰那些因为种族融合而忧虑难眠的人们：
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种族混合会搅乱墓因，也会使社会失去平衡，因此，一些新加入的基因，除非它们与当地的墓因相比具有选择性的优势，否则它们会逐渐消失或趋向最小化。我这样说没有任何政治或社会目的，仅仅是要说明，如果不是因为这一原因，人类就不会分成黑人、白人、黄种人和棕色人种了。由于作者是美国自然人类学会（全世界最大、最有影响力的人类学机构）主席、宾夕法尼亚大学教授、该大学人类文化博物馆馆长和美国深受欢迎的电视节目中经常出现的嘉宾，这些话的影响力是不可低估的。
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有趣的是，库恩极力否认他具有政治的动机。他这样自我辩解，是因为自然人类学经历了第二次世界大战之后刚刚从一个黑暗的时期浮现出来，事实上，在那个时期它具有自觉的政治色彩。阿勒斯•霍德林柯是多元论的主要支持者之一，1917年他在《美国自然人类学杂志》发刊号的纲领上这样写道：人类自然学要研究人类，同时要服务于人类，它不是一门简单的“纯科学”。霍德林柯注意到了，这个学科在决定移民政策时和在阐述优生学时同样有用。当他试图将看似深奥的科学的现实适用性传达给投资机构时，很显然有些人被说服了，并且很快采纳这些做国事咨询、富有政治头脑的人类学家的建议。
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象牙塔之外
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19世纪，人类学形成了这样一个概念：它是一门这样的科学，即它的研究对象是作为一个整体的人类，以及人类与自然界的关系。
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最早阐述这一概念的是法国人保罗•布罗卡，他是现代自然人类学原则当之无愧的创立者。他是头盖测量学的专家，对头骨形态学上最细微的差别进行过测量，当时被认为是发现人种与人种差异的有效方法。基于这些极其细微的异同，他创建了新的人种分类方法。这个在有影响的教科书中随处可见的分类方法，极大地影响人类学的研究。很快，人人都想测量头骨。在英国，一个叫弗朗西斯•盖尔顿的科学爱好者是布罗卡最早的追随者，他用继承的一笔遗产资助不同的研究项目，包括统计学和生物学领域的。不久，他也开始测量人身体上的一切，尽一切努力科学地区分人的多样性，他周围的人都认为他行为古怪，不可理喻。在对人类的分类方面，他形成了个人的迷人的观点，而且他的观点与达尔文的自然选择论不矛盾。
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我们在前面已经谈到，达尔文绝非顽固的种族主义者，他倾向于减少偏见。从他的一些论述中，我们可以推测出，他相信在很大程度上人类由于生物的类属，是彼此平等的。但他的许多追随者不承认这一点，例如坚信“适者生存”的哲学家赫伯特•斯宾塞，他在19世纪后期一系列流传极广的读物和随笔中，证明社会等级是正当合理的。如果可以用科学来说明社会等级，那么它对文化差异也同样有效。维多利亚时代是一个迷恋社会等级的时代，先是“强权就是公理”，然后，这些“强权者”认识到应当“科学地”定义文化之间的差异，因此优生学运动悄然兴起。
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这个运动一开始极其幼稚。所谓的优生事实上指的是“好出身”（谁能对此持反对意见？），这个观点事实上古亦有之。例如，古犹太法《犹太法典》对男子有这样的规定：要求他们不惜卖掉所有的财产以娶学者的女儿为妻，这样会使他们的孩子聪明（学者女儿的聘金很高）。当时已是19世纪的后期，但优生学大受欢迎，其原因很复杂，而且明显带有维多利亚时代的特有痕迹。能从遗传学这样的新兴学科以及自然人类学中找到与财富、身份有关的“科学证据”,无数人会着迷的。因此它一经兴起，便很快大为流行。
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1907年，“遗传教育团体”在英国成立，这是盖尔顿引以为荣的一件事。它正式的目标是通过有选择地生育“适者”,迅速扩展到了美国，因为美国的文化特别倾心于那些通过应用以改善人类的基因库。它的影响使自我完善的理论。很决，“适者家庭”的竟赛遍及美国社会，科学知识以促谁的家庭拥有更多的声望和勋章，谁就是“最适者”。优生学的影响也波及欧洲，成为德国种族清洗的罪恶发端。
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优生学运动的初衷是哪会教化，但它的作用很快被歪曲了，在1910年后的20多年里，它为美国强迫智力低下的人接受绝育手术做科学辩护。他也被用来解释不人道的种族歧视性的移民考试和名额限制（20世纪20年代大多数极端贫困的东欧移民是文盲）。20世纪40年代，纳粹迫害犹太人，吉普赛人、同性恋者及其他“低等团体”时，也是利用优生学的从科学的角度证明其“合理性”的。人类学在“实用性”方面似乎比任何学科都有优势。
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因此不难理解，在纳粹的可怕暴行之后，为什么库恩极力表明自己的观点没有任何政治目的。20世纪60年代初美国依然存着种族隔离的思潮，如果他在自然人类学的研究中加入丝毫的政治色彩，那已经开始愈合的伤痕会重新疼痛起来。与此相反，他认为自己提出的种族与种族之间的区别是客观的科学的事实。“不论消息好坏，不能责怪信使”，这便是他的初衷所在。但是他自认为客观的结论是经不起推敲的，因为没有实验来证明他提出的基因假说。究竟人类的基因是如何描述人与人的差别的？
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