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基因之间的竞争并不仅限于性方面。假设有一种基因会增加说谎的概率（这不是一个很符合现实的命题，但可能有一大组基因间接地影响了人的诚实程度），这样的基因可能会让拥有它的人成为得逞的骗子。再假设也许在另一条染色体上还有另一种（或一组）不同的基因会提高对谎言的识别能力，这种基因能使其拥有者避免上骗子的当。这两种基因可能就会拮抗演化，相互促进，尽管同一个人很可能同时拥有这两种基因。在它们之间存在着赖斯和霍兰所说的“基因位点间的竞争演化”，即ICE。在过去的300万年里，这种竞争过程可能确实推动了人类智力的提高。发达的大脑是为了帮助我们在大草原上制造工具或生火，这种观念早已过时。取而代之的是大多数演化论者都相信的马基雅维利理论（Machiavellian theory）——在操纵和抵抗操纵这场竞赛之中，需要更强的大脑。“人类的基因用语言做武器，不断进行着攻防转换。而我们所谓的智力可能只是基因间冲突的副产品。”赖斯和霍兰写道。[10]
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请原谅我刚刚跑偏到智商这个话题上去了，让我们继续回到性这个话题。1993年，迪恩·哈默（Dean Hamer）宣布他在X染色体上发现了一个基因，这个基因对性取向有很大的影响，媒体旋即称之为“同性恋基因”，这可能是最轰动、最具争议性的遗传发现之一[11]。哈默的研究只是同一时期发表的几篇论文中的一篇，这些论文都指向同一个结论，即同性恋是“由基因决定的”，而不是文化压力或意识选择的结果。这其中的一些工作是由男同性恋者自己完成的，比如索尔克研究所的神经学家西蒙·列维（Simon Levay）。他们中的一些人急于让大众接受一个在他们自己心中十分笃定的信念：同性恋者“生来如此”。他们相信，如果一种生活方式是由与生俱来的倾向所决定的，而非以人的意志为转移，那么所遭受的偏见就会少一些。如果父母知道同性恋是出于遗传方面的原因，那么他们就不至于那么担心，因为除非孩子生来就有同性恋倾向，否则其性取向是不会受身边同性恋所左右的。事实上，保守主义者已经就其遗传方面的证据展开了攻击。1998年7月29日，在《每日电讯报》上，保守派的杨女士这样写道：“我们须谨慎对待‘天生就是同性恋’这种说法。不仅因为这是错的，更是由于它为同性恋维权组织提供了借口。”
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但是，无论某些研究人员多么希望得到他们想要的结果，这些研究都是客观的，经得起推敲。毫无疑问，同性恋具有很强的遗传性。以一项针对双胞胎同性恋的研究为例，在54个异卵双胞胎的男同性恋中，有12个人的双胞胎兄弟也是男同性恋；在56个同卵双胞胎的男同性恋中，有29个人的双胞胎兄弟也是同性恋。由于双胞胎的生活环境相同，可以排除环境因素影响，无论他们是异卵还是同卵，这一结果意味着，基因因素占了男性同性恋倾向的一半左右。还有其他十几项研究也得出了类似的结论[12]。
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出于好奇，迪恩·哈默决定去寻找与同性恋相关的基因。他和他的同事采访了110个男同性恋家庭，并注意到一些不寻常的事情。同性恋似乎是母系遗传的。如果一个男人是同性恋，那么他的上一代人中最有可能是同性恋的，不是他的父亲而是他的舅舅。
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这让哈默立刻意识到该基因可能位于X染色体，这是男性从母亲那里遗传得到的唯一一条染色体。通过比较家族中男同性恋和异性恋之间遗传标记的差异，他很快便锁定了位于X染色体长臂末端的Xq28区域。男同性恋中，75%都有该基因，而在异性恋男性中，该比例只有25%。从统计学角度来看，这种可能性高达99%。随后的研究结果进一步确认了这一结论，并排除了这一区域与女同性恋取向之间的关系。[13]
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对于像罗伯特·特里弗斯（Robert Trivers）这样精明的演化生物学家来说，这样一个基因可能存在于X染色体上的迹象立即让其警觉起来。基因决定性取向这个说法的问题在于，这会导致同性恋基因很快就会灭绝。然而现实情况并非如此，同性恋在现代人中是普遍存在的。约有4%的男性是明确的同性恋，还有更小比例的人是双性恋。一般来说，男同性恋比异性恋男性生育孩子的可能性更小，因此除非这种基因具有某种补偿优势，否则它会越来越少甚至完全消失。特里弗斯辩称，由于X染色体在女性体内的时间是男性的两倍，一种有益于女性生育能力的性别拮抗基因才得以保存下来，即使它对男性生育能力有两倍的损害。例如，假设哈默发现的基因决定了女性青春期年龄，甚至是乳房大小（记住，这只是一个假设），这些特征中的每一个都可能会影响女性的生育能力。在中世纪的时候，丰满的乳房可能意味着更多的乳汁，更受富豪的青睐，于是生下的孩子就不太可能夭折。尽管同样的基因会使得儿子觉得男性才有吸引力，会降低男性生育儿子的概率，但因为给女儿带来了优势所以也就保存了下来。
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在哈默的基因被发现和破译之前，同性恋和两性对抗之间的联系充其量也只是一种胡乱猜想。事实上，Xq28和性之间的关系仍有可能存在错误。迈克尔·贝利（Michael Bailey）最近关于同性恋家系的研究就发现同性恋的母系遗传并不普遍，而其他科学家也未能发现同性恋与Xq28有关。目前看来，这种相关性好像仅限于哈默研究的那些家庭。哈默自己也在提醒大家，除非是真的找到了确切的基因，否则这些假设都是站不住脚的。[14]
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而且现在又有了对同性恋的另一种完全不同的解释，令事情变得更为复杂起来了：性取向与出生顺序的关系变得愈发明显起来。相比没有兄弟、只有弟弟、有一个或多个姐姐的男性，有一个或多个哥哥的男性更有可能会成为同性恋。出生顺序的影响是如此之强，以至于每增加一个哥哥，成为同性恋的可能性就会增加大约1/3。当然，这个可能性仍然不高，毕竟，从3%涨到4%，就已经增加了1/3。这个现象普遍发生在很多研究对象中，并且在英国、荷兰、加拿大和美国都有报道。[15]
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对大多数人来说，首先想到的是类似于弗洛伊德理论的想法：成长在一个有哥哥的家庭中，或许兄弟之间的互动会使一个人有了同性恋倾向。但是，像往常一样，弗洛伊德式的反应几乎肯定是错误的。旧式的弗洛伊德观念认为，同性恋是由母亲的过度保护和父亲的冷漠疏远所造成的，这种观念完全混淆了因果关系：是因为男孩表现出来的柔弱气质导致了父亲的疏远，而作为补偿，母亲则变得过度疼爱。答案可能还是在性别拮抗方面。
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一个重要的线索在于，女同性恋者不存在这样的出生顺序效应，她们在家庭中的分布是随机的。此外，姐姐数量的多少与男性是否发展为同性恋，也是毫不相干的。可能是已经生过男孩的子宫中存在某种特别的东西，它增加了后续生育的其他男性成为同性恋的可能。对此，有种最佳的解释，涉及了Y染色体上的一组被称为H-Y次要组织相容性抗原的三个活性基因。要知道，一个与之类似的基因编码了一种叫作抗苗勒氏管激素的蛋白质，这是一种对身体的男性化至关重要的物质，它引起男性胚胎中苗勒氏管的退化，而苗勒氏管其实是子宫和输卵管的前体。至于这三个H-Y基因的功能是什么，暂还不知。它们对于生殖器官的男性化也并非不可或缺，毕竟，有睾酮和抗苗勒氏管激素就已足够了。然而直到现在，H-Y基因的重要意义才开始显现出来。
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这些基因产物之所以被称为抗原，是因为我们已经知道它们会引发母体免疫系统的反应。因此，连续怀有男胎可能会使母体免疫反应更强（女婴不产生H-Y抗原，所以不会提高免疫反应）。研究出生顺序效应的雷·布兰查德（Ray Blanchard）认为，H-Y抗原的作用是开启某些特定组织，特别是大脑中的其他基因，而且已经有很好的证据表明小鼠中也是如此。如果是这样的话，来自母亲的这些蛋白质引发的强烈免疫反应，将在一定程度上阻止大脑的男性化，而不是生殖器的男性化。这反过来可能会导致它们被其他男性所吸引，或者至少不被女性所吸引。在一项实验中，对实验组幼鼠使用H-Y抗原以诱发免疫反应，与对照组相比，实验组幼鼠长大后基本无法成功交配。令人沮丧的是，该实验者没有报告原因。同样，也可以在发育的关键时刻通过启动一个叫作“转化器”的基因，诱导雄性果蝇只表现出雌性的性行为，并且不可逆转。[16]
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人不是老鼠，也非果蝇，有大量证据表明，人类大脑的性别分化在出生后仍在继续。除极少数情况外，男同性恋显然不是被禁锢在男性肉体里的女性。他们的大脑至少在一定程度上是由于激素的作用而雄性化的。不过，仍然有可能的是，他们在早期的某个关键敏感期缺乏了一些激素，从而永久地影响了一些功能，包括性取向。
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比尔·汉密尔顿是最早提出性别拮抗理论的人，他明白这一观念如何深刻地动摇了我们对基因的认识。他后来写道：“基因组并非人类之前所想象的那样，是一个庞大的数据库加上一个致力于某项目的执行团队（即生存及生育）。相反，它变得更像是一个公司内部的博弈场所，一个利己主义者、各派系之间权力斗争的舞台。”汉密尔顿对于基因的新认识开始影响他对自己头脑的理解：[17]
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我曾认为自己是个有独立意识的人，然而事实并非如此。故此，我也不必为自己优柔寡断的性格而感到羞愧。我只是一个由脆弱的帝国外派出使的代表而已，接受着来自分裂帝国里不安的统治者那前后矛盾的政令……为了写下这段文字，我其实也在假装自己是一个统一体，但我深知这样的统一体是不可能存在的。其实，我是一个混合体，男性和女性、父辈与子辈，而那些争斗不休的染色体片段，早在塞文河上出现霍斯曼诗歌《什罗普郡的少年》中的凯尔特人和撒克逊人之前的数百万年里，就已有了。
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无论是父与子的基因纷争，还是男女之间的基因拮抗，这种基因冲突的概念，除了演化生物学家这个小圈子，就鲜为人知了。可是，它却深刻动摇了整个生物学的哲学基础。
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基因组：生命之书23章 8号染色体 自利
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人是延续生命的机器，是被盲目编程以保护自私基因的机器人载体。这一事实至今仍令人深感震惊。
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——《自私的基因》（理查德·道金斯）
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新款机器所附带的产品使用指南总是无法令人感到满意，说明书里面似乎老是缺少你所需要的那部分信息，还丢三落四的，搞得人晕头转向，陷入困境。不过好在它不会胡乱添加内容，不会在你读到关键部分的时候，突然插入5段席勒的《欢乐颂》，或是1套关于如何骑马的操作指南。通常情况下，指导机器安装的指南不会出现5份，也不会把你要找的安装指南拆分为27段并在各段落之间穿插进大量不相关的文字，如果是这样的话，要想从中翻找出真正的指南内容，可谓是一项艰巨的任务。人类视网膜母细胞瘤基因就是这样的，并且据我们所知，这样的人类基因很具代表性：27个简短的有义段落中间充斥着26页的冗余内容。
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大自然母亲在基因组中隐藏了一个小秘密。每个基因原本不需要这么复杂，基因被打断为许多不同的“段落”（称为外显子），在这些“段落”之间存在着一些随机且无意义的长片段（称为内含子），以及一些完全不相关的重复序列，抑或是另外一个完全不同的（或有害的）基因。
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之所以出现段落内容的混乱，是因为基因组这本浩瀚巨著的作者就是基因组自己，在过去的40亿年间，这本浩瀚巨著一直都在增减和修改。基因组这份自我编写的文本有着非同寻常的特性，尤其是会有一些其他内容寄生其中。虽然这个比喻不太恰当，但试想一下，一位写使用手册的作者，每天早上一坐到电脑前，就发现文本的每个段落都在试图引起他的注意，那些最喜欢大声吵吵的段落逼他把自己复制5遍，并放到下一面里。最后，使用手册中实质内容还是有的，否则机器就永远没法组装起来了，但由于作者的妥协，手册中充斥着那些被要求复制的段落，如同寄生一般。
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实际上，随着电子邮件的出现，这个类比不再像以前那般牵强了。假设我给你发了一封电子邮件，上面写着：“当心，出现了一种讨厌的计算机病毒。如果你打开一个标题包含‘果酱’的邮件，它就会把你硬盘中的内容删个精光！请把这封警告邮件转发给所有你能想到的人。”关于病毒的那部分是我编的，据我所知，目前还没有主题为“果酱”的邮件在传播。但是我非常有效地霸占了你整整一个早晨，让你转发我的警告。我所发送的电子邮件就是病毒。[1]
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至此，这本书里的每一章都集中讲述了一个或多个基因，并默认它就是基因组中最为重要的。别忘了，基因是指导蛋白质合成的DNA片段，但是我们基因组里97%都不是真正的基因，而是一系列奇奇怪怪的东西：假基因、逆转录假基因、卫星序列、小卫星序列、微卫星序列、转座子，以及反转录转座子。所有这些被统称为“垃圾DNA”，或者更准确地说，是“自私DNA”。其中有些是特殊的基因，但大多数只是一些永远无法被转录成蛋白质的DNA。由于这些故事顺承了上一章性别冲突的主题，因而，我们就在这一章里专门讨论垃圾DNA。
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