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出于好奇，迪恩·哈默决定去寻找与同性恋相关的基因。他和他的同事采访了110个男同性恋家庭，并注意到一些不寻常的事情。同性恋似乎是母系遗传的。如果一个男人是同性恋，那么他的上一代人中最有可能是同性恋的，不是他的父亲而是他的舅舅。
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这让哈默立刻意识到该基因可能位于X染色体，这是男性从母亲那里遗传得到的唯一一条染色体。通过比较家族中男同性恋和异性恋之间遗传标记的差异，他很快便锁定了位于X染色体长臂末端的Xq28区域。男同性恋中，75%都有该基因，而在异性恋男性中，该比例只有25%。从统计学角度来看，这种可能性高达99%。随后的研究结果进一步确认了这一结论，并排除了这一区域与女同性恋取向之间的关系。[13]
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对于像罗伯特·特里弗斯（Robert Trivers）这样精明的演化生物学家来说，这样一个基因可能存在于X染色体上的迹象立即让其警觉起来。基因决定性取向这个说法的问题在于，这会导致同性恋基因很快就会灭绝。然而现实情况并非如此，同性恋在现代人中是普遍存在的。约有4%的男性是明确的同性恋，还有更小比例的人是双性恋。一般来说，男同性恋比异性恋男性生育孩子的可能性更小，因此除非这种基因具有某种补偿优势，否则它会越来越少甚至完全消失。特里弗斯辩称，由于X染色体在女性体内的时间是男性的两倍，一种有益于女性生育能力的性别拮抗基因才得以保存下来，即使它对男性生育能力有两倍的损害。例如，假设哈默发现的基因决定了女性青春期年龄，甚至是乳房大小（记住，这只是一个假设），这些特征中的每一个都可能会影响女性的生育能力。在中世纪的时候，丰满的乳房可能意味着更多的乳汁，更受富豪的青睐，于是生下的孩子就不太可能夭折。尽管同样的基因会使得儿子觉得男性才有吸引力，会降低男性生育儿子的概率，但因为给女儿带来了优势所以也就保存了下来。
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在哈默的基因被发现和破译之前，同性恋和两性对抗之间的联系充其量也只是一种胡乱猜想。事实上，Xq28和性之间的关系仍有可能存在错误。迈克尔·贝利（Michael Bailey）最近关于同性恋家系的研究就发现同性恋的母系遗传并不普遍，而其他科学家也未能发现同性恋与Xq28有关。目前看来，这种相关性好像仅限于哈默研究的那些家庭。哈默自己也在提醒大家，除非是真的找到了确切的基因，否则这些假设都是站不住脚的。[14]
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而且现在又有了对同性恋的另一种完全不同的解释，令事情变得更为复杂起来了：性取向与出生顺序的关系变得愈发明显起来。相比没有兄弟、只有弟弟、有一个或多个姐姐的男性，有一个或多个哥哥的男性更有可能会成为同性恋。出生顺序的影响是如此之强，以至于每增加一个哥哥，成为同性恋的可能性就会增加大约1/3。当然，这个可能性仍然不高，毕竟，从3%涨到4%，就已经增加了1/3。这个现象普遍发生在很多研究对象中，并且在英国、荷兰、加拿大和美国都有报道。[15]
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对大多数人来说，首先想到的是类似于弗洛伊德理论的想法：成长在一个有哥哥的家庭中，或许兄弟之间的互动会使一个人有了同性恋倾向。但是，像往常一样，弗洛伊德式的反应几乎肯定是错误的。旧式的弗洛伊德观念认为，同性恋是由母亲的过度保护和父亲的冷漠疏远所造成的，这种观念完全混淆了因果关系：是因为男孩表现出来的柔弱气质导致了父亲的疏远，而作为补偿，母亲则变得过度疼爱。答案可能还是在性别拮抗方面。
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一个重要的线索在于，女同性恋者不存在这样的出生顺序效应，她们在家庭中的分布是随机的。此外，姐姐数量的多少与男性是否发展为同性恋，也是毫不相干的。可能是已经生过男孩的子宫中存在某种特别的东西，它增加了后续生育的其他男性成为同性恋的可能。对此，有种最佳的解释，涉及了Y染色体上的一组被称为H-Y次要组织相容性抗原的三个活性基因。要知道，一个与之类似的基因编码了一种叫作抗苗勒氏管激素的蛋白质，这是一种对身体的男性化至关重要的物质，它引起男性胚胎中苗勒氏管的退化，而苗勒氏管其实是子宫和输卵管的前体。至于这三个H-Y基因的功能是什么，暂还不知。它们对于生殖器官的男性化也并非不可或缺，毕竟，有睾酮和抗苗勒氏管激素就已足够了。然而直到现在，H-Y基因的重要意义才开始显现出来。
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这些基因产物之所以被称为抗原，是因为我们已经知道它们会引发母体免疫系统的反应。因此，连续怀有男胎可能会使母体免疫反应更强（女婴不产生H-Y抗原，所以不会提高免疫反应）。研究出生顺序效应的雷·布兰查德（Ray Blanchard）认为，H-Y抗原的作用是开启某些特定组织，特别是大脑中的其他基因，而且已经有很好的证据表明小鼠中也是如此。如果是这样的话，来自母亲的这些蛋白质引发的强烈免疫反应，将在一定程度上阻止大脑的男性化，而不是生殖器的男性化。这反过来可能会导致它们被其他男性所吸引，或者至少不被女性所吸引。在一项实验中，对实验组幼鼠使用H-Y抗原以诱发免疫反应，与对照组相比，实验组幼鼠长大后基本无法成功交配。令人沮丧的是，该实验者没有报告原因。同样，也可以在发育的关键时刻通过启动一个叫作“转化器”的基因，诱导雄性果蝇只表现出雌性的性行为，并且不可逆转。[16]
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人不是老鼠，也非果蝇，有大量证据表明，人类大脑的性别分化在出生后仍在继续。除极少数情况外，男同性恋显然不是被禁锢在男性肉体里的女性。他们的大脑至少在一定程度上是由于激素的作用而雄性化的。不过，仍然有可能的是，他们在早期的某个关键敏感期缺乏了一些激素，从而永久地影响了一些功能，包括性取向。
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比尔·汉密尔顿是最早提出性别拮抗理论的人，他明白这一观念如何深刻地动摇了我们对基因的认识。他后来写道：“基因组并非人类之前所想象的那样，是一个庞大的数据库加上一个致力于某项目的执行团队（即生存及生育）。相反，它变得更像是一个公司内部的博弈场所，一个利己主义者、各派系之间权力斗争的舞台。”汉密尔顿对于基因的新认识开始影响他对自己头脑的理解：[17]
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我曾认为自己是个有独立意识的人，然而事实并非如此。故此，我也不必为自己优柔寡断的性格而感到羞愧。我只是一个由脆弱的帝国外派出使的代表而已，接受着来自分裂帝国里不安的统治者那前后矛盾的政令……为了写下这段文字，我其实也在假装自己是一个统一体，但我深知这样的统一体是不可能存在的。其实，我是一个混合体，男性和女性、父辈与子辈，而那些争斗不休的染色体片段，早在塞文河上出现霍斯曼诗歌《什罗普郡的少年》中的凯尔特人和撒克逊人之前的数百万年里，就已有了。
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无论是父与子的基因纷争，还是男女之间的基因拮抗，这种基因冲突的概念，除了演化生物学家这个小圈子，就鲜为人知了。可是，它却深刻动摇了整个生物学的哲学基础。
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基因组：生命之书23章 8号染色体 自利
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人是延续生命的机器，是被盲目编程以保护自私基因的机器人载体。这一事实至今仍令人深感震惊。
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——《自私的基因》（理查德·道金斯）
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新款机器所附带的产品使用指南总是无法令人感到满意，说明书里面似乎老是缺少你所需要的那部分信息，还丢三落四的，搞得人晕头转向，陷入困境。不过好在它不会胡乱添加内容，不会在你读到关键部分的时候，突然插入5段席勒的《欢乐颂》，或是1套关于如何骑马的操作指南。通常情况下，指导机器安装的指南不会出现5份，也不会把你要找的安装指南拆分为27段并在各段落之间穿插进大量不相关的文字，如果是这样的话，要想从中翻找出真正的指南内容，可谓是一项艰巨的任务。人类视网膜母细胞瘤基因就是这样的，并且据我们所知，这样的人类基因很具代表性：27个简短的有义段落中间充斥着26页的冗余内容。
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大自然母亲在基因组中隐藏了一个小秘密。每个基因原本不需要这么复杂，基因被打断为许多不同的“段落”（称为外显子），在这些“段落”之间存在着一些随机且无意义的长片段（称为内含子），以及一些完全不相关的重复序列，抑或是另外一个完全不同的（或有害的）基因。
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之所以出现段落内容的混乱，是因为基因组这本浩瀚巨著的作者就是基因组自己，在过去的40亿年间，这本浩瀚巨著一直都在增减和修改。基因组这份自我编写的文本有着非同寻常的特性，尤其是会有一些其他内容寄生其中。虽然这个比喻不太恰当，但试想一下，一位写使用手册的作者，每天早上一坐到电脑前，就发现文本的每个段落都在试图引起他的注意，那些最喜欢大声吵吵的段落逼他把自己复制5遍，并放到下一面里。最后，使用手册中实质内容还是有的，否则机器就永远没法组装起来了，但由于作者的妥协，手册中充斥着那些被要求复制的段落，如同寄生一般。
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实际上，随着电子邮件的出现，这个类比不再像以前那般牵强了。假设我给你发了一封电子邮件，上面写着：“当心，出现了一种讨厌的计算机病毒。如果你打开一个标题包含‘果酱’的邮件，它就会把你硬盘中的内容删个精光！请把这封警告邮件转发给所有你能想到的人。”关于病毒的那部分是我编的，据我所知，目前还没有主题为“果酱”的邮件在传播。但是我非常有效地霸占了你整整一个早晨，让你转发我的警告。我所发送的电子邮件就是病毒。[1]
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至此，这本书里的每一章都集中讲述了一个或多个基因，并默认它就是基因组中最为重要的。别忘了，基因是指导蛋白质合成的DNA片段，但是我们基因组里97%都不是真正的基因，而是一系列奇奇怪怪的东西：假基因、逆转录假基因、卫星序列、小卫星序列、微卫星序列、转座子，以及反转录转座子。所有这些被统称为“垃圾DNA”，或者更准确地说，是“自私DNA”。其中有些是特殊的基因，但大多数只是一些永远无法被转录成蛋白质的DNA。由于这些故事顺承了上一章性别冲突的主题，因而，我们就在这一章里专门讨论垃圾DNA。
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在此探讨垃圾DNA倒是很应景，因为除此之外，关于8号染色体我可没什么好说的了。这可不是说它是一条没什么意思的染色体，也不是说它上面没有几个基因，只不过8号染色体上没有特别能引起我注意的基因。就其大小而言，8号染色体应该不至于这么乏善可陈，然而它可能是基因图谱中绘制得最为粗略的一条染色体。每条染色体上都有垃圾DNA，有趣的是，垃圾DNA竟是人类基因组中最早被发现和利用起来的，是人们在日常生活中就能够用到的。正是在此基础之上，才发展出的DNA指纹技术。
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基因可以编码蛋白质，但并不是所有的编码基因都是人体所必需的。在整个人类基因组中，编码蛋白质的最常见成分是一种叫作逆转录酶的基因，逆转录酶基因是一种对人体没有任何作用的基因。如果在受孕时能将所有逆转录酶基因全部小心翼翼地移除，那么这个人不但不会受到损伤，反而更有可能健康长寿且开心快乐。逆转录酶基因对某些寄生者而言是至关重要的，比如它对艾滋病病毒基因组非常有用，虽不是必不可少的，但却对病毒感染和杀死受害者起到了关键作用。相反，对于人类来说，逆转录酶基因是一种麻烦，甚至是威胁。然而，它却是整个基因组中最常见的基因之一，它有成百上千个拷贝散布在人类染色体上。着实让人感到吃惊，就好比发现汽车最常见的用途是逃离犯罪现场。为什么会存在着这么一个基因呢？
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逆转录酶的功能或许可以提供线索：它把一个基因的RNA拷贝逆转录成DNA，再把DNA插入基因组，这是基因拷贝的一张回程票。通过这种方式，艾滋病病毒可以将自己基因组的一部分整合到人体中，以便更好地隐蔽、保存和有准备地复制自己。在人类基因组中之所以有很多逆转录酶基因的拷贝，是因为在很久以前，或是在不远的过去，人体能够识别出来的逆转录病毒便把它们放在了那里。有上千种几乎完整的病毒基因组被整合到了人类基因组中，其中大多数现已失去活性或丢失了关键基因。这些“人体内源性逆转录病毒”占整个基因组的1.3%，这听起来似乎不算多，但人类基因组中真正有功能的基因也不过只占了3%而已。如果觉得身为猿猴后代这一事实令人难以接受，那么就请习惯于其实人类也是病毒后裔这一说法。
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