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另一种可供选择的假说是现代人被看作是起源于一个地理区，而不是遍及旧大陆的一种进化趋势的产物。一群群现代智人由这个地区迁徙和扩布到旧大陆的其他地方，替代了那里的现代人以前的人群。这一假说有过几种名称，诸如“诺亚方舟假说”和“伊甸园假说”。最近又被称作“出自非洲假说”，因为撒哈拉以南的非洲被认为是第一批现代人最可能出现的地方。有几位人类学家已为此观点做出过贡献，其中伦敦自然博物馆的克里斯托弗•斯特林厄（Christopher Stringer）是这种假说最有力的支持者。（见图5-2）
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图5-2 现代人起源的两种观点 左边是“多地区假说”。直立人群体在接近 200万年前从非洲向外扩张，定居于整个旧大陆。地区性群体之间的基因交流在整个旧大陆维持着遗传的连续性，从而在有直立人群体的地方和谐地发生了朝向现代智人的进化趋势。右边是“出自非洲假说”。现代智人在近期产生于非洲，很快扩张到旧大陆的其余部分，取代已存在那里的直立人和远古智人
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这两种假说差别是很大的，多地区进化假说描绘一种遍及旧大陆的朝向现代智人的进化趋势，有小群体的迁徒，没有群体的替代；而“出自非洲假说”认为智人以前的人群曾被取代过。按第一种假说，现代地理区的各人群（即被称为“人种”者），有着深的遗传根源，他们曾被分开达200万年之久；按第二种假说，这些人群的遗传根源浅，均衍生自单一的较为晚近才在非洲发展出来的人群。
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在预测化石记录中能看到些什么这个问题上，这两种假说也是很不同的。按照多地区进化假说，我们在现代的各地区人群中看到的解剖特征，应该在同地区的化石中也可看到，这可追溯到几乎200万年前当直立人首先将其分布范围扩大到非洲以外的地区的时候。在“出自非洲假说”中，不指望有这样地区性的连续性，然而，现代各人群都应当共同具有某些非洲的特征。
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多地区进化假说的最有力的拥护者沃尔波夫，1990年在美国科学促进会的会议上告诉听众，“解剖学方面的连续性是很清楚的”。例如，在亚洲北部，诸如颜面形状，颧骨的构造，铲形门齿等某些性状，在75万前的化石上
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就可看到，在25万年前的著名的北京猿人化石9和现代中国人中都可看到。斯特林厄承认这一点，但是他指出这些性状并不局限于亚洲北部，所以不能用作地区连续性的证据。
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沃尔波夫和他的同事对东南亚和澳洲也做了同样的论证。但是斯特林厄指出，赖以建立想象的连续性的顺序的化石在年代上只代表3个点，即距今180万年、10万年和3万年。如此稀少的参考点使论据变得非常脆弱。这些例子表明人类学家们面对的问题。不仅对重要的解剖性状的意义有不同的认识，而且，如果排除尼安德特人，化石记录比大多数人类学家所希望的（比大多数非人类学家所相信的）要稀少得多，在这些障碍被克服以前，对较重大的问题难于取得一致意见。
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我们可以从另一个角度来评估化石的解剖学。尼安德特人是四肢短、身体矮而粗壮的人。这样的身材适应寒冷气候条件。在尼安德特人生存的大部分时间和地域范围中，寒冷气候是占主导地位的。可是同一地区的第一批现代人的解剖结构是很不同的。这些人身材瘦长，四肢细长，轻巧的身体适应于热带和温带气候，不适应冰期欧洲冷于的气候。如果第一批现代欧洲人是从非洲来的移民的后裔，而不是在欧洲发展起来的，这个难题就可以解释了。所以“出自非洲假说”从这得到了一些支持。
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这种假说从对化石记录的直接观察中，也得到支持。如果多地区进化假说是正确的，那么我们会发现遍及旧大陆的大体上同时出现的早期现代人的化石。可是我们看到的实际情况并不是这样的。已知的最早的现代人化石可能出自南部非洲。我说“可能”是因为不仅这些化石只是颌骨的碎块，而且其真正的年代不很肯定。例如出自边界洞（Border Cave）和克莱西斯河口洞（Klasies River Mouth Cave）的化石，两者都是在南非，被认为早于10万年前，这被“出自非洲假说”的拥护者们用来作为一种支持。可是卡夫扎和斯虎尔洞的现代人化石也接近10万年。所以现代人可能最先源自北非或中东，然后迁徙至他处。可是，大多数人类学家全面衡量各种依据，倾向于认为现代人起源于撒哈拉以南的非洲。
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在亚洲或欧洲的任何其他地方，没有发现过时代这样早的现代人化石。如果这种情况反映了进化的真实性，而不仅仅是由于化石记录不完整的这样的老问题的话，那么“出自非洲假说”看来是合理的。
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多数群体遗传学家支持这个假说，认为它在生物学上似乎是最合理的。这些科学家研究物种内的遗传结构以及它如何随时间而改变。如果一个物种的各群体彼此保持地理上接触，则由突变引起的遗传变化借助于杂交可以传播及整个地区，其结果将改变这个物种的遗传构成，但整个物种在遗传上保持一致。如果一个物种的各群体由于河道的改变或者沙漠的扩展而在地理上彼此隔离，就会有不同的结果。那么，起始于一个群体的遗传变化就不会传到其他群体。因而隔离的各群体会在遗传上彼此不同，或许最终变成不同的亚种，或者全然不同的物种。群体遗传学家利用数学模型计算在大小不同的群体中可以发生的遗传变化的频率，从而能推知在古代可能发生的情况。大多数群体遗传学家，包括斯坦福大学的卢吉•卢卡•卡瓦利-斯福扎（Luigi Luca Cavalli-Sforza）和伦敦大学学院的沙欣•鲁哈尼（Shahin Rouhani），他们曾对这一争论作过广泛的评述，他们认为多地区进化假说的合理性是值得怀疑的。他们注意到多地区进化假说要求有大群体之间的广泛基因交流，在他们进化而转变成现代人时，他们在遗传上要联结起来。如果1994年初宣布的爪哇猿人的新年代是正确的话，直立人的分布范围几乎在200万年前就越出了非洲。因此，按照多地区进化假说不仅基因交流必须维持在大的地理区域中，还不得不维持在很长的时间内。大多数群体遗传学家下结论说，这简直是不现实的。当智人前的各群体散布在欧、亚、非各洲时，更大的可能性是产生地区的变种（就像我们确实在远古智人中见到的那样），而不是成为一个紧密结合在一起的整体。
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现在让我们暂时离开化石，转向行为，我指的是其有形的产物、工具和艺术品。我们不得不面对这样的事实，即极大部分技术上原始的人类群体行为在考古上是看不到的。例如一个巫师领导的宗教仪式中，必须包括讲述神话、唱颂歌、跳舞和纹饰身体——这些活动没有一样会进入考古记录。因此当我们发现石制工具和雕刻或绘画物品时，我们要时时提醒自己，这些东西只为我们打开通向古代世界的最狭窄的一扇窗子。
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图5-3 化石分布图 显示与现代人起源有关的化石的发现地和年代。尼安德 特人局限于暗色区。最早的现代人标本发现于撒哈拉以南的非洲和中东
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我们想在考古记录中捕捉的是现代人心智活动的某种信号。我们希望这种信号能对这两种互相竞争的假说有所阐明。例如，如果某些信号在旧大陆的所有地区大体上同时出现，我们可以说，多地区进化假说是现代人进化的最可能的方式。如果相反，信号首先出现在一个隔离的地区，然后逐渐地散布到世界的其余地区，这就会增加另一假说的份量。当然，我们希望考古信号会与由化石记录得出的型式相一致。
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我们在第二章里已看到人属的出现在大约250万年前，大致与考古记录的肇始相一致。我们也已看到，在140万年前由奥杜韦工业向阿舍利工业发展的石器组合增加了复杂性，这是紧跟在直立人进化之后发生的，因此生物学和行为之间的联系是很密切的：简单的工具是由最早的人属成员制造；复杂性的跃进随直立人的进化而发生。那种联系在50万年前以后的某个时候远古智人出现时再次被见到。
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在100多万年的相对停滞以后，直立人的简单的手斧工业让位于一种用大石片制作的较复杂的技术。在阿舍利工业中或许有一打可辨识的工具，而在这个新的技术中所包含的能辨识的工具可以多达60种。我们在远古智人（包括尼安德特人）的解剖结构中看到的生物学上的新生事物，清楚地伴随着技术能力达到一个新的水平。可是，新的技术一旦建立，就很少改变，新的时期的特征是停滞而不是革新。
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可是，当变化确实来到时，变化之大是令人眩惑的，以至于我们应当意识到，我们的理解可能还远远落后于实际。在欧洲大约35000年前，人们开始用仔细打下的石叶制作形状精细的工具。骨和鹿角首次被用作原料来制作工具。工具种类在100种以上，包括用以制作粗糙衣服的和用于雕刻的工具。工具首次成了艺术品。例如在角制的投掷器上装饰上雕刻活生生的动物。珠子和垂饰出现于化石记录中，这是新的用于身体装饰的物品。最引人注目的是在洞壁深处的绘画，表达出一种正像我们自己一样的精神世界。与先前的停滞占主导的时代不同，现在革新是文化的本质，变化是以千年而不是以10万年来计量。这个被称为旧石器时代晚期革命的总的考古信号，是现代人心智在起作用的清晰的证据。我在前面说过我们对旧石器时代晚期革命的考古信号的理解可能落在实际之后。现在我可以说明为什么。我的意思是指由于历史的原因，西欧的考古记录比非洲丰富得多。就非洲这一时期的每一考古遗址而言，西欧有大约200个这样的遗址。这样悬殊的差别反映两大洲科学探查强度的差别，不代表人类史前记录的现实。长期以来，旧石器时代晚期革命被看作是现代人最终在西欧出现的象征。毕竟考古信号和化石记录在那里是完全吻合的，两者都指示在大约35000年前有一个引人注目的事件：
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35000年前现代人在西欧出现，他们的现代行为直接是考古记录的一部分，或者假定是如此。最近，这个观点改变了。西欧现在被认为是一个像回流一样的地方，我们可以觉察到一种转变由东到西横扫欧洲。在东欧大约从50000年前开始，生存在那里的尼安德特人群消失了，为现代人所取代，最后完全的取代发生于大约33000年前欧洲最西边的地方。现代人与现代人行为在西欧出现时间上的巧合反映了一种新的人群（现代智人）的涌入。欧洲旧石器时代晚期革命是一种人口统计学的信号，而不是一种进化的信号。
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如果现代人迁徒进西欧开始于50000年前，那么他们是从哪里来的？根据化石证据，我们会说最可能是非洲，或者是中东。尽管考古记录稀少，但也支持现代人行为起源非洲之说。在窄石叶基础上发展起来的技术大约在10万年前开始出现于非洲。这与已知的现代人的解剖结构首次出现是一致的，可以作为生物学与行为之间相联系的第三个例子。
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可是，这样的联系可以是一种假象，是一个偶然事件。我说这些联系是因为出现在化石与考古记录俱佳的中东，我们看到的是清楚的但自相矛盾的情况。新的测年技术的应用，显示出尼安德特人和现代人基本上同时存于这个地区长达60000年之久（1989年塔邦的尼安德特人被测定为至少生活在10万年前，使得它与卡夫扎和斯虎尔的现代人生活在同一时代）。在整个这一时期中，我们看到的技术的仅有形式是与尼安德特人伴存的。尼安德特人的技术由其首次被发现的地点的名称，即法国的莫斯特（Le Moustier）而被命名为莫斯特技术。中东解剖学上的现代人类群体，看来是使用莫斯特式的技术，而不是制造作为旧石器时代晚期特征的富于创新意义的工具组合。这一事实意味着他们只是在身体形式上是现代的，而在行为上却不是现代的。因此解剖和行为似乎割裂了。最早的现代人行为上的考古信号是弱而零星的，可能是由于已知记录贫乏所致。虽然基于石叶的技术首先见于非洲，但不可能肯定地指着非洲大陆说，“这是现代人行为开始的地方”，然后追踪其向欧亚大陆的扩展。
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关于现代人起源的第三方面的证据是分子遗传学，它是最不含糊的，也是最引起争论的。在80年代，一种新的现代人起源假说被提出来了。它被称作线粒体夏娃假说，基本上支持“出自非洲假说”，它是有说服力的。当现代人从非洲扩展到旧大陆的其余部分时，可能在某种程度上与当地已有智人前的人群杂交。“出自非洲假说”的大多数拥护者准备接受这样的可能性。这将承认从古代群体直到现代群体有某些遗传上的连续性。可是线粒体夏娃假说否定这一论点。按照这种假说，当现代人群体迁移出非洲和人数增加时，他们完全地取代了当地已有的现代人以前的群体。移民与当地人群之间的杂交即使存在的话，其程度也只是无穷小的。
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线粒体夏娃假说出自2个实验室的研究成果，即埃摩里大学的道格拉斯•华莱士（Douglas Wallace）和他的同事的实验室和伯克利加里福尼亚大学的阿伦•威尔逊（Allan Wilson）和他的同事的实验室，他们仔细检查细胞内叫做线粒体的细小器官中的遗传物质去氧核糖核酸（DNA）。当来自母亲的卵和来自父亲的精子融合时，变成新的胚胎，胚胎细胞的一部分线粒体只来自卵子，因此线粒体DNA只由母系遗传。