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软体动物门（Mollusca），是动物界的第二大门。体柔软，多为左右对称，多有外壳，无体节，一般有足或腕。消化系统较发达，具有齿舌。真体腔退化，残留围心腔和内腔。通常为开管式循环。有呼吸器官鳃或肺。多数有后肾管，以及较发达的神经和感官。多为雌雄异体、体外受精。多种生境均有该类群分布。现生已知超过11.2万种，分为8或10个纲：尾腔纲（Caudofoveata）、沟腹纲（Solenogastres）［以上2个曾组成无板纲（Aplacophora）］，多板纲（Polyplacophora）、单板纲（Monoplacophora）、腹足纲（Gastropoda）、头足纲（Cephalopoda）、双壳纲（Bivalvia）、掘足纲（Scaphopoda），以及2个化石纲，即喙壳纲（Rostroconchia）和太阳女神螺纲（Helcionelloida）。
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腹足纲的海牛（一种海蛞蝓）
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多板纲的代表——石鳖 腹足纲的代表——宝螺 头足纲的代表——章鱼 双壳纲的代表——蛤 古虫动物门（Vetulicolia），已灭绝的动物门，该门是由我国古生物学家、中国科学院院士舒德干先生于2001年确立的。体分节，分为前体和后体二部分。前体为消化道的前段（咽部），背区和腹区由5对鳃囊构造组成的鳃区所分隔；后体（尾部）为消化道的后段（肠部），肛门末位。绝大多数古虫动物的后体由7节甚至更多的体节构成。分为3纲：古虫纲（Vetulicolida）、斑府虫纲（Banffozoa）和异形虫纲（Heteromorphida）。著名的属有以3所大学命名的北大虫（Beidazoon）、地大虫（Didazoon）、西大虫（Xidazoon），以及云南虫（Yunnanozoon）等。
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西大虫的化石标本
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异涡动物门（Xenoturbellida），是后口动物中的一个小门。两侧对称，体长约为40毫米。身体结构简单，无大脑、消化道、排泄系统和性腺，但在囊中有配子、卵子和晶胚产生。具有扩散神经系统和纤毛。虽然在1949年就发现异涡虫（玻氏异涡虫Xenoturbella bocki，1999年发现另一种万氏异涡虫X．westbladi），但直到2003年在英国《自然》杂志才通过DNA确定其分类地位，并指出它们的食物是软体动物的卵。目前仅发现上述的1属2种。
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异涡虫
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棘皮动物门（Echinodermata），是一个古老的门，最早出现于寒武纪，已灭绝的纲就多达17个。它们作为后口动物，也是无脊椎动物最高等的类群。身体呈辐射对称，但幼虫却是两侧对称。有特殊的结构：五体对称步管结构、管足和水管系统。由于棘皮动物的胚胎形成方式和脊索动物一样，所以它们虽然貌似非常原始，但却是包括人类在内的脊索动物的近亲。目前已知现生种有7000余种，化石种则超过13000种。有6个亚门，其中3个亚门已灭绝。
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海扁果亚门（Homalozoa）：本亚门已经全部灭绝，包括海笔纲（Homostelea）、海箭纲（Homoiostelea）、海桩纲（Stylophora）、栉海林檎纲（Ctenocystoidea）。
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早在1984年，云南大学侯先光教授等人在云南省澄江县帽天山早寒武世地层内（5.3亿年前）发现了闻名遐迩的澄江动物化石群。1987年，他正式描述和命名了古虫属（Vetulicola），并认为这是双瓣壳的节肢动物。直到2001年，西北大学舒德干教授才正式建立了古虫动物门、古虫科等新的分类阶元。
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海百合亚门（Crinozoa）：包括海百合纲（Crinoidea）、拟海百合纲（Paracrinoidea，已灭绝）、海林檎纲（Cystoidea，已灭绝）。
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蓝指海星（Linckia laevigata）
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海百合
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海星亚门（Asterozoa）：包括蛇尾纲（Ophiuroidea）、海星纲（Asteroidea）、体海星纲（Somasteroidea，已灭绝）。
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海胆亚门（Echinozoa）：包括海胆纲（Echinoidea）、海参纲（Holothuroidea）、海蛇函纲（Ophiocistioidea，已灭绝）、海旋板纲（Helicoplacoidea，已灭绝）、五棱纲（Arkarua，已灭绝，一种五边形似棘皮动物化石，可能归入本亚门）、海蒲团纲（Camptostromatoidea，已灭绝）、环海林檎纲（Cyclocystoidea，也称海盘囊纲，已灭绝）。
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