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海鞘
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头索动物门（Cephalochordata或Acraniata）：其终生保留脊索和神经索，但没有脊柱。已知约30种，仅1个纲，传统上称之为头索纲（Cephalochorda），但现在一般称狭心纲（Leptocardii）。如果国内读者在习惯上仍然希望使用旧称的话，我们姑且可写为“头索纲（Leptocardii）”。该纲下有2个科：文昌鱼科（Branchiostomidae）和偏文昌鱼科（Asymmetronidae），以前它们只是2个属，现在提升为科。
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脊椎动物门（Craniata或Vertebrata）：其脊索的作用由骨质的脊柱代替。已知约58000种，若给出一个具体数字的话，据笔者掌握的最新资料为57674种。实际上，每年都在发现和科学描述很多新种，估计种类可达8万种。该门可能是人类在动物分类学上花费时间、精力最多的类群，当然因为它们非常重要，也是相对来说搞得非常清楚的类群，尽管其中的分类有很大的变化，与我们曾经了解到的不尽相同。此处，笔者列出最新的分类系统，以飨读者。
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无颌总纲（Agnatha）
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盲鳗纲（Myxini）：约有82种。
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七鳃鳗纲（Petromyzontida）：或为完腭纲（Hyperoartia），由于中文名称的使用习惯问题，也可写作“七鳃鳗纲（Hyperoartia）”。除现代的七鳃鳗外，还包括一些已灭绝的种类。此类群的分类问题仍有争议。也有学者认为把以上两个类群归为头甲鱼纲（Cephalaspidemorphi），而将它们降为盲鳗亚纲和七鳃鳗亚纲，约有46种。
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牙形石纲（Conodonta）：已灭绝。
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有颌下门（Gnathostomata）
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盾皮鱼纲（Placodermi）：已灭绝。
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软骨鱼纲（Chondrichthyes）：有1200余种。
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棘鱼纲（Acanthodii）：已灭绝。
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硬骨鱼总纲（Osteichthyes）
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辐鳍鱼纲（Actinopterygii）：约有30000种。
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肉鳍鱼纲（Sarcopterygii）：有11种。
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四足总纲（Tetrapoda）
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两栖纲（Amphibia）：约有7100余种。
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在东南亚的热带海洋有着深不见底的大峭壁，在峭壁上生长着郁郁葱葱的鸡冠珊瑚，这里生活着大群的金花鲈，赶上天气好时，湛蓝的海水中，成千上万的的金花鲈漫天飞舞，金色和紫色的群体层叠在一起，像霓虹一般，壮观极了。
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蜥形纲（Sauropsida）：包括绝大多数的、传统意义的、现生的爬行纲（Reptilia）和传统意义的鸟纲（Aves），前者约有9800种，后者约有11000种。蜥形纲分为2个亚纲：无孔亚纲（Anapsida）和双孔亚纲（Diapsida）。无孔亚纲只有龟鳖目（Testudines），其他各种鳄、蜥蜴、蛇、喙头蜥及鸟类归入双孔亚纲。按照这样的演化关系，鸟类只是主龙形下纲（Archosauromorpha）的恐龙总目（Dinosauria）之下的类群，也就是我们现在常说的“恐龙的后代”。为了符合读者的习惯，笔者仍然在后面章节中按照传统分类进行介绍。
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麝雉（Opisthocomus hoazin）
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合弓纲（Synapsida）：包括已灭绝的4000多种传统意义的合弓类动物（也就是下孔亚纲，即盘龙目Pelycosauria和兽孔目Therapsida），以及现生的5900余种的传统意义的哺乳纲（Mammalia）动物。那么，按照最新的知识结构，我们所说的哺乳动物，其实只是兽孔目之下的犬齿兽亚目（Cynodontia）之下的类群。同样地，为了便于读者的接受，笔者还是按照传统分类加以介绍。
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