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海蕾亚门（Blastozoa）：本亚门已全部灭绝，包括海蕾纲（Blastoidea）、拟海蕾纲（Parablastoidea）、垫海蕾纲（Edrioblastoidea）、始海百合纲（Eocrinoidea）。
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半索动物门（Hemichordata），也是无脊椎动物中的一个高等类群，但也很古老，最早出现于寒武纪早期。寒武纪时期灭绝的笔石纲（Graptolithina）也隶属于本门。半索动物有着脊索动物的原始形态，例如前肠长出的口索（所谓不完全的脊索）。身体分为吻（吻管）、领（颈部）和躯干三部分。全部生活在海洋中。现生的主要有肠鳃纲（Enteropneusta）和羽鳃纲（Pterobranchia），另一个浮球纲（Planctosphaeroidea）只是依据幼虫的单一物种提出的。已知有100多种，其中80％为肠鳃纲，例如柱头虫（Balanoglossus）；羽鳃纲则有头盘虫（Cephalodiscus）、无管虫（Atubaria）等。
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脊索动物（Chordata）是动物界最高等的一个大类。虽然本门类的种类不是最多的，但在形态结构、生理功能、生活方式等很多方面都有很大的差异。它们共同特征是背侧有一条脊索，或在生活史中的某个阶段具有脊索；具有中空的背神经管，是神经中枢；在成体、幼体或胚胎发育期，其咽部有鳃裂，具有肛后尾；心脏位于消化管的腹面，除尾索动物外，为闭管式循环系统，大多数种类血液中有红细胞。目前，已被人们描述的种类超过6万种，实际现生种类可能超过10万种，曾分为3个亚门，现在已提升为3个门，少数学者提出将半索动物门也归于脊索动物门之下，称为口索动物亚门。
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海鞘的医学价值刚刚开始被人类逐渐发现，2006年日本科学家揭示它所含有的缩醛磷脂可有效治疗阿尔茨海默病（俗称老年痴呆症）。该病由脑神经细胞死亡引发，患者会健忘、理解能力迟钝等。
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尾索动物门（Tunicata或Urochordata）：其幼虫期具有脊索和神经索，但在成体消失。已知约3000种，包括4个纲：海鞘纲（Ascidiacea）、樽海鞘纲（Thaliacea）、尾海鞘纲（Appendiculariae）、深水海鞘纲（Sorberacea）。
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海鞘
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头索动物门（Cephalochordata或Acraniata）：其终生保留脊索和神经索，但没有脊柱。已知约30种，仅1个纲，传统上称之为头索纲（Cephalochorda），但现在一般称狭心纲（Leptocardii）。如果国内读者在习惯上仍然希望使用旧称的话，我们姑且可写为“头索纲（Leptocardii）”。该纲下有2个科：文昌鱼科（Branchiostomidae）和偏文昌鱼科（Asymmetronidae），以前它们只是2个属，现在提升为科。
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脊椎动物门（Craniata或Vertebrata）：其脊索的作用由骨质的脊柱代替。已知约58000种，若给出一个具体数字的话，据笔者掌握的最新资料为57674种。实际上，每年都在发现和科学描述很多新种，估计种类可达8万种。该门可能是人类在动物分类学上花费时间、精力最多的类群，当然因为它们非常重要，也是相对来说搞得非常清楚的类群，尽管其中的分类有很大的变化，与我们曾经了解到的不尽相同。此处，笔者列出最新的分类系统，以飨读者。
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无颌总纲（Agnatha）
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盲鳗纲（Myxini）：约有82种。
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七鳃鳗纲（Petromyzontida）：或为完腭纲（Hyperoartia），由于中文名称的使用习惯问题，也可写作“七鳃鳗纲（Hyperoartia）”。除现代的七鳃鳗外，还包括一些已灭绝的种类。此类群的分类问题仍有争议。也有学者认为把以上两个类群归为头甲鱼纲（Cephalaspidemorphi），而将它们降为盲鳗亚纲和七鳃鳗亚纲，约有46种。
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牙形石纲（Conodonta）：已灭绝。
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有颌下门（Gnathostomata）
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盾皮鱼纲（Placodermi）：已灭绝。
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软骨鱼纲（Chondrichthyes）：有1200余种。
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棘鱼纲（Acanthodii）：已灭绝。
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硬骨鱼总纲（Osteichthyes）
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辐鳍鱼纲（Actinopterygii）：约有30000种。
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肉鳍鱼纲（Sarcopterygii）：有11种。
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四足总纲（Tetrapoda）
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两栖纲（Amphibia）：约有7100余种。
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在东南亚的热带海洋有着深不见底的大峭壁，在峭壁上生长着郁郁葱葱的鸡冠珊瑚，这里生活着大群的金花鲈，赶上天气好时，湛蓝的海水中，成千上万的的金花鲈漫天飞舞，金色和紫色的群体层叠在一起，像霓虹一般，壮观极了。
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