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已描述有1200多种，分为3个纲（以前曾作为目）：原棘头纲（Archiacanthocephala，或称原棘头虫纲）、古棘头纲（Palaeacanthocephala，或称古棘头虫纲）、始棘头纲（Eoacanthocephala，或称始新棘头纲、新棘头纲、始棘头虫纲）。
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原棘头纲（Archiacanthocephala）
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全部为陆生动物的寄生虫；雄性具有8个典型的梨形黏腺。分为4目：无孔目（Apororhynchida）、巨吻目（Gigantorhynchida）、念珠目（Moniliformida，常被写作链珠目）、寡棘吻目（Oligacanthorhynchida）。本纲的代表种猪巨吻棘头虫（Macracanthorhynchus hirudinaceus，又叫作蛭形巨吻棘头虫）寄生在猪的小肠内，而使猪发生腹痛、腹泻、粪便带血等病症的一种疾病。也可以说，是猪“拉痢疾”（下痢）。棘头虫引起的寄生虫病虽然没有吸虫、绦虫那么严重，但对畜牧业也会造成危害，例如猪棘头虫病、鸭棘头虫病等。
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古棘头纲（Palaeacanthocephala）
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宿主多样，从鱼类到哺乳类均可作为终宿主，中宿主则为甲壳类居多；雄性有6个管状或球状的黏腺。分为2目：棘吻目（Echinorhynchida）、多形目（Polymorphida）。
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始棘头纲（Eoacanthocephala）
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主要寄生于鱼类，少数寄生于两栖类、爬行类，中宿主也是以甲壳类为主；雄性仅有1个黏腺，即合胞体，并有一黏液贮囊。分为2目：圆棘头目（Gyracanthocephala）、新棘吻目（Neoechinorhynchida）。
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动物多样性 [:1700197682]
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动物多样性 颚口动物门（Gnathostomulida）
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该门也曾被称作颚胃动物门、颚咽动物门，是动物界中的一个小门，不仅种类少，而且体型也小，科学发现的时间也很晚。1956年，德国动物学家Peter Ax（1927～）描述了一个新种“涡虫”，即后来该门的模式种——颚口虫（Gnathostomula paradoxa）。1969年，奥地利动物学家Rupert J．Riedl（1925～2005）在美国《科学》杂志上撰文，发表了这个新门，并称“这是来自北美洲的新门的首次记录”。
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颚口动物可以简称为颚口虫、颚虫。体形呈圆柱形、线形，分为头部、颈部、躯干部，颈部一般不特别明显；体长通常0.5～1毫米，直径只有大约50微米，最大种类也不过4毫米。略透明。无体腔。有口，无肛门（少数种类的肠末端有“临时肛门”）。咽部发达，有复杂的咀嚼器。由单纤毛的焰细胞构成原肾。雌雄同体，体内受精。
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颚口虫（Gnathostomula paradoxa）
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颚口虫分布于世界范围内的海洋中，从潮间带和几百米的深海都有分布，更倾向于生活在浅海细砂内，属于小型底栖生物。它们是一类厌氧生物，并且喜欢硫化氢浓度高的地方。主要以真菌为食，也取食细菌、蓝藻等。
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目前发现约18属100余种。分为2个目：丝精目（Filospermoidea）和囊道目（Bursovaginoidea）。囊道目又分2亚目：硬囊道亚目（Scleroperalia）、软囊道亚目（Conophoralia）。丝精目的代表属有单颚虫（Haplognathia）；硬囊道亚目的代表属有颚口虫（Gnathostomula）；软囊道亚目的代表属有南颚虫（Austrognatharia）。
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2009年，德国学者Alexander Witek等人在《分子系统发育与进化》（Molecular Phylogenetics and Evolution）杂志上发表文章，分子发育树显示轮形动物门和棘头动物门亲缘关系最近，组成一个进化枝，再与颚口动物门聚在一起，从而支持轮虫、棘头虫和颚口虫亲缘关系最近的观点。
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动物多样性 [:1700197683]
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动物多样性 微颚动物门（Micrognathozoa）
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本门是动物界中最小的一个“门派”，不仅只有1个物种，而且发现和科学命名的时间也是最晚的。
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1994年，丹麦哥本哈根大学暨丹麦自然历史博物馆Reinhardt Møbjerg Kristensen教授带领学生进行野外实习，实习地点足以让人羡慕——格陵兰岛西部的迪斯科岛（Disko），这里是丹麦北极研究站。教授和他的学生Peter Funch在该岛东部的不同地点采集轮虫，并带回实验室在显微镜下观察。有一天，他们突然发现在冷泉的苔藓层上采集到的样本中有一些“轮虫”十分特别，它们的运动方式与其他轮虫不同，而且腹部有很多纤毛，背部和侧面都没有，这与轮形动物门的所有种类都不一样。
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淡水颚虫
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