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本纲分为3亚纲——真软甲亚纲（Eumalacostraca）、掠虾亚纲（Hoplocarida）、叶虾亚纲（Phyllocarida）。
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真软甲亚纲（Eumalacostraca）
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本亚纲是软甲纲中最高等、种类最多的，包括了80％的种类，约22000种，如果将化石种也算上的话，种数可达4万种。有19个体节，头部5节，胸部8节，腹部6节。背甲之间无闭壳肌，胸部附肢有分化。
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合虾总目（Syncarida）
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亦称原虾总目，除已灭绝的古虾目（Palaeocaridacea），尚有2目——地虾目（Bathynellacea）和山虾目（Anaspidacea），约160种。
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地虾目（Bathynellacea）：仅2科，即地虾科（Bathynellidae）和拟地虾科（Parabathynellidae），约有38属140种。体型均小，最大者为3.4毫米。虽然有虾形，但似蠕虫状，几乎没有视力。属嗜热性，有的种类生活在热泉中，可自由生活在55℃的热水中。
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山虾目（Anaspidacea）：分为4科11属16种。体略呈长圆柱状，虾形。无头胸甲。全部生活在淡水中，底栖于沙间。分布在澳大利亚、新西兰、南美洲等地的洞穴、湖泊、溪流、高山湖泊等地。
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囊虾总目（Peraeurida）
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多样性丰富，形态结构亦多样。雌性部分或全部的胸肢基部内侧有复卵片（板），构成育卵囊，故名囊虾。受精卵保存在囊中，孵出的幼体与成体相似，仅缺一对附肢。共分为9目，约20000种。
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穴虾目（Spelaeogriphacea）：现生仅有1科3属4种，另有1个灭绝的化石属。亦称盲虾目、洞虾目。均被发现于洞穴内，无视力。Potiicoara属在巴西发现，穴虾属（Spelaeogriphus）在南非发现，Mangkurtu属的2种则在澳大利亚发现。这种广布性，也说明该类群在特提斯洋（Tethys Sea，即古地中海）出现前就已广泛分布于冈瓦纳大陆（Gondwana）的地下水域中，之后大陆飘移而分布在南半球的各大陆。善于在水中快速游泳。
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温步目（Thermosbaenacea）：现有4科7属34种，即Halosbaenidae科、单显科（Monodellidae）、温泉虾科（Thermosbaenidae）和Tulumellidae科。亦称温泉虾目，通称温泉虾。体呈圆筒形，略平扁。体长3～5毫米。生活于海水、淡水或温泉中。底栖生活，有的则潜于沙间。因为生活在隐蔽处，缺乏视色素，所以均为盲虾。
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生活在火焰海胆中的柯氏岩虾（Periclimenes colemani）
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火焰海胆是一种有剧毒的海胆，被刺中后会剧痛难忍，痛感久不消褪，柯氏岩虾生活在其毒刺间，并靠保护色将自己完美隐藏，可谓是做好了完美的双重防护措施。
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疣背目（Lophogastrida）：已知仅3科9属56种，即长桡糠虾科（Eucopiidae）、颚糠虾科（Gnathophausiidae）和疣背糠虾科（Lophogastridae）。本目曾为糠虾目的亚目，亦称疣背糠虾目。体细小，虾形。第一胸肢粗壮，变成颚足，外肢退化或无。以胸肢的鳃呼吸。
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糠虾目（Mysida）：约有4科160属1000余种，即糠虾科（Mysidae）、瓣眼糠虾科（Petalophthalmidae）、鳞糠虾科（Lepidomysidae）、冥糠虾科（Stygiomysidae）。体长5～25毫米。以头胸甲内面的软组织进行呼吸。绝大多数生活在海里，且多为浅海区。浮游生活或底栖生活。
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混足目（Mictacea）：目前仅有2科4属6种。1985年，两个独立研究团队分别发现了该目的2个科（Hirsutiidae和Mictocarididae），但双方得知后又一同发表了本目。体型微小，体节均可自由活动。栖息在深海或滨海石灰岩洞穴中。
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澳糠虾（Australomysis sp．）
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成群游动的糠虾
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异型糠虾（Idiomysis sp．）
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