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按照传统的林奈系统，即形态分类体系构建的分类层级，将腹足纲分为4个亚纲，即后鳃亚纲（Opisthobranchia），鳃位于心脏的后部或右侧；裸形亚纲（Gymnomorpha），没有外壳；前鳃亚纲（Prosobranchia），鳃位于心脏的前面；有肺亚纲（Pulmonata，亦称肺螺亚纲），具有“肺”（肺囊），替代了鳃。
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1997年，世界著名贝类学家Winston F．Ponder和David R．Lindberg在《林奈学会动物学杂志》（Zoological Journal of the Linnean Society）撰写了一篇长文，利用形态特征对腹足类的系统关系作了梳理。即使到了2001年，Paul Jeffery在《腹足纲属上分类》（Suprageneric Classification of Class Gastropoda）一书中仍在使用传统分类系统。
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但在2005年，法国巴黎自然历史博物馆的著名贝类学家Philippe Bouchet和Jean-Pierre Rocroi在《贝类学》（Malacologia）杂志上发表了一篇长达397页的论文——《腹足类各科的分类和命名》（Classification and Nomenclator of Gastropod Families）。他们使用支序系统分类法对腹足纲作了分类。因为国内的学术著作、教科书或相关书籍、文章基本都在沿用传统分类系统，所以本书重点介绍一下最新的分类。原文涉及大量化石类群的分类，本书不再作介绍。
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1788年，林奈学会（Linnean Society of London）在英国伦敦成立。这是一个专门研究生物分类学的协会，并设立8种奖顶以奖励杰出的生物分类学家。
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支序系统分类是基于分子系统发育关系，通过聚类分析的统计学方法得出的生命的“自然群聚”（natural grouping），所以每一个“类”，是一个进化枝（clade）。Bouchet和Rocroi的分类系统给出了6个主进化枝：笠形腹足类（Patellogastropoda）、古腹足类（Vetigastropoda，亦称原始腹足类）、仁螺类（Cocculiniformia）、蜒形腹足类（Neritimorpha）、新进腹足类（Caenogastropoda），以及异螺类（Heterobranchia）。除了主进化枝外，还有众多的次级进化枝，或者更下一级的进化枝。这些进化枝介于纲和总科之间，对于习惯传统分类的读者可理解为亚纲、部、总目、目、亚目、下目等。“世界海洋物种记录”（World Register of Marine Species）中，均将主进化枝视为亚纲。本书也将进化枝作为传统分类的形式处理（此工作也本应由经典分类学家完成），便于读者理解和使用。以下不包括化石总科和科。
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笠形腹足亚纲（Patellogastropoda）
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或称笠螺、真帽贝，有很多类群隶属于原来的原始腹足目（Archaeogastropoda）柱舌总科（Docoglossa，或为梁舌目），但其中有很多的调整。现在这个进化枝包括4个总科：笠螺总科（Patelloidea）的笠螺科（Patellidae，亦称帽贝科），吊篮螺总科（Nacelloidea）的吊篮螺科（Nacellidae），莲花青螺总科（Lottioidea）的莲花青螺科（Lottiidae）、笠贝科（Acmaeidae，亦称青螺科）、无鳃笠螺科（Lepetidae，亦称无鳃贝科），新无鳃笠螺总科（Neolepetopsoidea）的新无鳃笠螺科（Neolepetopsidae）。
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2007年，日本名古屋大学的Tomoyuki Nakano和Tomowo Ozawa在《软体动物研究杂志》（Journal of Molluscan Studies）上发表文章，他们使用线粒体12S rRNA、16S rRNA和COI基因构建系统发育关系。他们认为，笠贝科（Acmaeidae）是莲花青螺科（Lottiidae）的同物异名；Pectinodontinae亚科应提升为科（Pectinodontidae）；根据Eoacmaea属建立了一个新科（Eoacmaeidae）。2007年之后，多达十几项分类研究对腹足纲作了许多局部调整，由于篇幅有限，不再详述。
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笠螺
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古腹足亚纲（Vetigastropoda）
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本进化枝主要为海洋腹足类，构成了一个古老的进化枝，多数种类非常古老，有些类群隶属于原来的原始腹足目（Archaeogastropoda）。它们几乎遍布海洋各处，并生活在从潮间带到深海的不同海域。多数种类的外壳有裂缝或次生空隙，并具有交叉的板状壳结构。器官系统都是两侧不对称的。它们主要捕食苔藓虫、海鞘和海绵。鲍科和马蹄螺科部分种类可以直接取食海藻和海洋被子植物。
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目前分为16个总科。无沟螺科（Ataphridae）、（Pendromidae）科，以及2013年的新科（Crosseolidae，原曾隶属于玉轮螺科Skeneidae，亦称篷螺科）尚未确定归属。其他代表的总科有：裂螺总科（Fissurelloidea），亦称钥孔总科；鲍总科（Haliotoidea）、龙角螺总科（Lepetodriloidea）、翁戎螺总科（Pleurotomarioidea）、缝螺总科（Scissurelloidea）、陀螺总科（Seguenzioidea）、蝾螺总科（Turbinoidea）；马蹄螺总科（Trochoidea），亦称钟螺科；热液孔笠螺总科（Neomphaloidea），后来的研究将该总科独立出一个进化枝（Neomphalina），在古腹足类的基部。2008年的新总科，棘冠螺总科（Angarioidea）也归入本进化枝。
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马蹄钟螺（Tectus niloticus）
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猫眼蝾螺（Turbo petholatus）
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日本有一部著名的动画作品，叫作《蝾螺太太》。此作自问世以来，一直坚持使用赛璐璐手绘制作。后被拍成电视连续剧在日本热播。
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仁螺亚纲（Cocculiniformia）
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即原来的仁螺总目，只有2个科：深海笠螺科（Bathysciadiidae）和仁螺科（Cocculinidae）。仁螺科有7属约45种。
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蜒形腹足亚纲（Neritimorpha）
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本进化枝主要为陆生和海洋蜗牛、深海帽贝和一些淡水蜗牛。基本为原来的蜒形总目（Neritaemorphi）（蜒曾写作“蜑”），在这一进化枝之下，还有3个进化枝，但只有1个是现生的，即珍珠蜒螺类（Cycloneritimorpha），此或应为目一级。其下有5个总科，但只有4总科9科是现生的。
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代表总科有：树螺总科（Helicinoidea），亦称蜗牛科、树蜗牛科；芝麻蜗牛总科（Hydrocenoidea）、蜒螺总科（Neritoidea）、拟蜒螺总科（Neritopsoidea）。
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