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全部生活在海洋中，特别是浅海和潮间带，喜欢穴居在泥沙中。现生的主要有身体呈蠕虫状的肠鳃纲（Enteropneusta）和形似苔藓动物的羽鳃纲（Pterobranchia），另一个浮球纲（Planctosphaeroidea）只是依据幼虫的单一物种提出的。已知约有130种，其中有23种为已灭绝的种类；现生种类中有80％为肠鳃纲，如柱头虫（Balanoglossus）。
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肠鳃纲（Enteropneusta）
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该纲有1目4科：玉钩虫科（Harrimaniidae）、殖翼柱头虫科（Ptychoderidae）、无翼柱头虫科（Spengelidae）、双翼柱头虫科（Torquaratoridae）。
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前两个科听上去虽然很陌生，但它们当中的两位成员却声名显赫。一位是玉钩虫科的黄岛长吻虫，另一位是殖翼柱头虫科的多鳃孔舌形虫。早在1989年我国的《野生动物保护法》刚颁布的时候，黄岛长吻虫（Saccoglossus hwangtauensis Si ＆ Kwang-Chung，1935）作为国家一级重点保护动物非常引人注目。从它的全学名看，是1935年由一位姓Si和一位姓Kwang-Chung的人命名的，然而这是外国人把中国人的姓和名搞混了。该物种的命名人是我国著名海洋生物学家张玺（Tchang Si，1897～1967）和顾光中（Koo Kwang-Chung，1908～1999），当时用英文发表在北平研究院动物学研究所（中科院动物所前身之一）的刊物上。第二年，二人还在青岛发现和命名了白氏文昌鱼的青岛亚种（Branchiostoma belcheri tsingtauense）。
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羽鳃纲（Pterobranchia）
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本纲有2目：头盘虫目（Cephalodiscida）和杆壁虫目（Rhabdopleurida）。前者2科2属19种，后者1科1属6种。代表属有头盘虫属（Cephalodiscus）、无管虫属（Atubaria）等。
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柱头虫在日语中为宝珠虫，在西方因为其头部像橡果一般，故被称为acorn worm（橡果虫）。
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