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克里克在信中还诉说了许多其他的担忧和不满，最后，他还说出了这样一些话：
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最后，我还要向你指出一点，你这本书不但不能促进科学的发展，反而可能会在事实上危害科学的发展，因为它将会成为一个最危险的先例。看了这本书后，人们在决定合作时肯定会踌躇起来：如果对合作历程的个人回忆日后可能会出版，那么在合作时就要三思而后行了。一直以来都有一种不成文的习惯，即不能鼓励科学家这样做，我认为这才是明智的。
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我非常遗憾没有在一开始就表明坚决反对你出版这本书的立场。但我一直都在告诉你，从总体上说我并不喜欢这本书，因此也不愿意阅读它更早期的草稿。你在今年春天将书稿送给我的时候，恰恰是一个最不幸的时候：奥迪尔得了重病。我也不能与威尔金斯商量，因为那时你还没有将书稿给他看。现在，我已经和他讨论过事情的来龙去脉了，他也同意我的观点，即你这本书不应该出版。
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我已经给哈佛大学出版社写了一封信（副本附后），将我的意见告诉了他们，同时我也将这封信的复印件寄给了他们。我相信，你是一个足够理智的人，应该不会继续推进这本书的出版，尽管我知道这将令你相当失望。
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几天后，沃森又收到了威尔金斯写的一封信。虽然威尔金斯的语气一如既往地吞吞吐吐，但终究还是明确表明了他坚持反对出版这本书的立场：
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亲爱的沃森：
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当我第一次听说你正在写《诚实的吉姆》一书时，我就非常怀疑这本书是否值得出版（见我写于2月18日的信）。当然，我满怀兴趣读完了它，并且试图搞清楚可以将它完善到何种程度。如今，看着这即将定稿的书稿，还有出版机构要求我签名同意的表格，我一次又一次回想了事情的来龙去脉，最终还是决定采取我在一开始就明确表达过的立场。禁止某本书出版这种想法不是我应该有的，但我还是对出版这本书可能会带来的不良影响深感忧虑。在我看来，这对我实在有些不公平，我已经更加难以理清自己的想法了。
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威尔金斯写给沃森的信（1966年10月6日）
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威尔金斯写给沃森的信（续）
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在这封信的结尾，威尔金斯也表达了对隐私被公开的担心，并且也提到了克里克的立场。他说：
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这本书可能会引发公众相当大的兴趣，并会导致新闻记者以及其他人来纠缠我，要我证实或否认你说的东西。我不想被人纠缠，也不希望被人挤兑到这样一个位置，即，我可能不得不说，你（沃森）是一个古怪的家伙，你说的话本来就不值得认真对待。我也不希望我袖手旁观，看着罗莎琳德名誉扫地。她是我的同事。无论如何，就凭你对她的描述，我就不同意出版这本书。如果她还活着的话，她也肯定不会同意的。
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10月19日，沃森给克里克回信说：“收到你的来信，我当然非常失望……”在回应克里克关于他这本书只有八卦消息，没有什么科学内容的评价时，沃森写道：“你批评我的书里包含了太多的流言蜚语，却没有给出足够多的科学知识，这种批评完全误解了我试图通过这本书实现的目标。我从来没有打算过将我的读者范围限定在科学史家。相反，我一直认为，重要的是在书中展现我、你、威尔金斯、富兰克林、布拉格爵士、鲍林以及彼得・鲍林等人的交往和互动是怎样联结成网，并最终编织成一个完整的发现双螺旋的故事。这才是一个好故事，是人们有兴趣、想知道的故事……终有一天，或许是你，或许是威尔金斯，也许是某个正在攻读科学史博士学位的研究生，会写出一本四平八稳的回顾发现DNA结构历程的科学史著作。”沃森还试图用数字来打动克里克，他说，已经有50多个人看过书稿了，他们都非常喜欢它，并认为应该尽快将它出版。最后，沃森敦促克里克尽快同意出版这本书。
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自此之后，沃森和克里克的分歧迅速升级。克里克越来越愤怒，他先是写信给了哈佛大学出版社社长汤姆・威尔森，但是没有用，然后他又直接给哈佛大学校长内森・普西写了信，要求他出面干预阻止这本书的出版。
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沃森则一直忙于根据收到的意见修改书稿，其中包括改正克里克较早时候指出的事实细节方面的错误。他还删除了一些可能会令人不快的短语，以及一些误传的遗闻逸事。此外，沃森还接受了哈佛大学出版社编辑乔伊斯・莱博维茨提出的一个非常有见地的建议，增加了一篇后记，主要用来说明罗莎琳德・富兰克林的事情。在后记中沃森指出，他这本书所记录的事件和人物全都定格在了20世纪50年代初，一个刚刚来到剑桥大学的年仅23岁的美国人的记忆中。他承认，这会导致他对罗莎琳德・富兰克林留下偏颇的印象。而作为书中所涉及的众多人物中唯一已经去世的人，富兰克林无法为自己辩解，因此，沃森利用写后记的机会进行了澄清，并对她在英年早逝之前在烟草花叶病毒研究中取得的卓越成就表达了敬意。
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但不管沃森怎样修改，克里克始终坚持反对出版这本书，因此沃森在1966年11月23日写了一封简短的信给克里克：
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亲爱的弗朗西斯：
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对于你对《诚实的吉姆》一书的莫大敌意，我始终无法理解。我们的卓有成效的、极其愉快的长期友谊即将以这种令人遗憾的方式告终，一想到这个，我就非常沮丧。你无论如何也不愿意让步，你还告诉我，这本书不但侵犯了你的隐私，而且口味低劣、文笔糟糕。但我却认为它是一本好书，丝毫没有伤害你的感情，也不会损害你的声誉，我不能接受你的要求。我真的非常遗憾，因为在大多数情况下，你的判断都很有道理，切中肯綮。
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无论如何，在这个问题上，我不能遵照你的建议行事了。我很遗憾。
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你最诚挚的詹姆斯・沃森
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沃森在这封信中明确表达了他的底线。他决定，就算克里克反对，也要坚持出版这本书。但事情并没有就此结束。
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围绕着这件事，无数的信件在大西洋两岸穿梭往来。科学界的许多人都参加了讨论，大多数人都支持出版这本书。其中一些人，例如伯纳尔、乔治・克莱因、理查德・费曼以及约翰・马多克斯（John Maddox）都认为沃森这本书非同寻常，他们说它的价值不可掩盖，应该尽快出版（尽管他们也有一些担心和疑虑，例如，沃森自己在这本书中的形象）。莱纳斯・鲍林是在他儿子彼得那里看到书稿的，他虽然不太高兴，但没有做过任何试图阻止它出版的事情。沃森在哈佛大学的一些声名卓著的同事，包括保罗・多蒂和约翰・埃兹尔（John Edsall），则直接卷入了争议，部分原因是因为克里克向普西校长写信的做法引起了他们的不满，他们都给克里克写信明确指出，虽然克里克的立场也有值得同情的地方，但于情于理都应该出版这本书。
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