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威尔金斯写给沃森的信（1966年10月6日）
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威尔金斯写给沃森的信（续）
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在这封信的结尾，威尔金斯也表达了对隐私被公开的担心，并且也提到了克里克的立场。他说：
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这本书可能会引发公众相当大的兴趣，并会导致新闻记者以及其他人来纠缠我，要我证实或否认你说的东西。我不想被人纠缠，也不希望被人挤兑到这样一个位置，即，我可能不得不说，你（沃森）是一个古怪的家伙，你说的话本来就不值得认真对待。我也不希望我袖手旁观，看着罗莎琳德名誉扫地。她是我的同事。无论如何，就凭你对她的描述，我就不同意出版这本书。如果她还活着的话，她也肯定不会同意的。
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10月19日，沃森给克里克回信说：“收到你的来信，我当然非常失望……”在回应克里克关于他这本书只有八卦消息，没有什么科学内容的评价时，沃森写道：“你批评我的书里包含了太多的流言蜚语，却没有给出足够多的科学知识，这种批评完全误解了我试图通过这本书实现的目标。我从来没有打算过将我的读者范围限定在科学史家。相反，我一直认为，重要的是在书中展现我、你、威尔金斯、富兰克林、布拉格爵士、鲍林以及彼得・鲍林等人的交往和互动是怎样联结成网，并最终编织成一个完整的发现双螺旋的故事。这才是一个好故事，是人们有兴趣、想知道的故事……终有一天，或许是你，或许是威尔金斯，也许是某个正在攻读科学史博士学位的研究生，会写出一本四平八稳的回顾发现DNA结构历程的科学史著作。”沃森还试图用数字来打动克里克，他说，已经有50多个人看过书稿了，他们都非常喜欢它，并认为应该尽快将它出版。最后，沃森敦促克里克尽快同意出版这本书。
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自此之后，沃森和克里克的分歧迅速升级。克里克越来越愤怒，他先是写信给了哈佛大学出版社社长汤姆・威尔森，但是没有用，然后他又直接给哈佛大学校长内森・普西写了信，要求他出面干预阻止这本书的出版。
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沃森则一直忙于根据收到的意见修改书稿，其中包括改正克里克较早时候指出的事实细节方面的错误。他还删除了一些可能会令人不快的短语，以及一些误传的遗闻逸事。此外，沃森还接受了哈佛大学出版社编辑乔伊斯・莱博维茨提出的一个非常有见地的建议，增加了一篇后记，主要用来说明罗莎琳德・富兰克林的事情。在后记中沃森指出，他这本书所记录的事件和人物全都定格在了20世纪50年代初，一个刚刚来到剑桥大学的年仅23岁的美国人的记忆中。他承认，这会导致他对罗莎琳德・富兰克林留下偏颇的印象。而作为书中所涉及的众多人物中唯一已经去世的人，富兰克林无法为自己辩解，因此，沃森利用写后记的机会进行了澄清，并对她在英年早逝之前在烟草花叶病毒研究中取得的卓越成就表达了敬意。
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但不管沃森怎样修改，克里克始终坚持反对出版这本书，因此沃森在1966年11月23日写了一封简短的信给克里克：
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亲爱的弗朗西斯：
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对于你对《诚实的吉姆》一书的莫大敌意，我始终无法理解。我们的卓有成效的、极其愉快的长期友谊即将以这种令人遗憾的方式告终，一想到这个，我就非常沮丧。你无论如何也不愿意让步，你还告诉我，这本书不但侵犯了你的隐私，而且口味低劣、文笔糟糕。但我却认为它是一本好书，丝毫没有伤害你的感情，也不会损害你的声誉，我不能接受你的要求。我真的非常遗憾，因为在大多数情况下，你的判断都很有道理，切中肯綮。
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无论如何，在这个问题上，我不能遵照你的建议行事了。我很遗憾。
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你最诚挚的詹姆斯・沃森
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沃森在这封信中明确表达了他的底线。他决定，就算克里克反对，也要坚持出版这本书。但事情并没有就此结束。
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围绕着这件事，无数的信件在大西洋两岸穿梭往来。科学界的许多人都参加了讨论，大多数人都支持出版这本书。其中一些人，例如伯纳尔、乔治・克莱因、理查德・费曼以及约翰・马多克斯（John Maddox）都认为沃森这本书非同寻常，他们说它的价值不可掩盖，应该尽快出版（尽管他们也有一些担心和疑虑，例如，沃森自己在这本书中的形象）。莱纳斯・鲍林是在他儿子彼得那里看到书稿的，他虽然不太高兴，但没有做过任何试图阻止它出版的事情。沃森在哈佛大学的一些声名卓著的同事，包括保罗・多蒂和约翰・埃兹尔（John Edsall），则直接卷入了争议，部分原因是因为克里克向普西校长写信的做法引起了他们的不满，他们都给克里克写信明确指出，虽然克里克的立场也有值得同情的地方，但于情于理都应该出版这本书。
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沃森写给克里克的信
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多蒂在他写于1967年3月16日的信中指出，问题至少有一部分出在克里克当初一直没有表示反对出版，但到了很晚的时候却又突然改口。正如多蒂指出的，一开始克里克“没有提出过严重的反对意见，反而一直显得很超脱、很有耐心的样子。”多蒂认为，现在手稿已经广泛传播开来了（而且几乎每个看过的人都同意应该出版），压制它即使不能说不恰当，至少也很尴尬。
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埃兹尔则完全反对克里克的观点，即如果没有得到克里克的同意，沃森就不能出版这本书。埃兹尔认为，在发表科学论文的时候，合作者的同意必不可少，但回忆录不是科学论文，前述规则在这种情况下并不适用。
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沃森则在担心：如果压力持续增大，那么一旦超过了某个临界点，哈佛大学出版社就只能放弃出版这本书了。他还担心布拉格爵士也可能后悔为它写了序言，如果哈佛大学出版社不能及时出版，那么就会为布拉格爵士提供撤回他的序言的机会。确实，布拉格爵士当时已经对围绕这本书的出版而展开的种种冲突觉得相当不满了，但他没有撤回对沃森的支持，布拉格爵士表示，只要沃森对书的正文进行适当的修改，他仍然愿意让沃森使用他的序言，前提是不能对序言进行大幅度修改。如前所述，沃森已经根据一些具体建议完成了书稿的修订，而且布拉格夫妇1967年4月刚好与约翰・肯德鲁在一起，因此在肯德鲁的帮助下，布拉格爵士也修改好了他写的序言。
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1967年4月13日，克里克发动了最后一次“轰炸”，他给沃森写了一封长信，同时还把它的副本寄给了另外10个当时已经“卷入争端的当事人”：普西、布拉格爵士、威尔金斯、鲍林、威尔逊、埃兹尔、多蒂、肯德鲁、佩鲁茨和阿伦・克卢格。克里克在这封信中重申了他以前提出过的所有反对意见，他强调，这本书无论是作为历史还是作为自传来看，都是不适当的。他又一次指出，这本书忽略了重要的科学细节，但却包括了许多与发现DNA结构无关的“外围事件”（例如，沃森在卡罗代尔过圣诞节的情节）。他尤其反对的是，这本书把他心目中的“科学发现史以八卦新闻的形式呈现给了读者”：
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伯纳尔在写给肯德鲁的信中评论了沃森的书稿