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上图为稻粒粗短的粳稻品种“日本晴”，下图为稻粒细长的籼稻品种9311（摄影：王学强、张洪亮）
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在20世纪初，曾有国外学者认为水稻起源于印度，这个观念在当时的学术界占了主流。但随着河姆渡遗址古水稻被发现，越来越多的考古证据证明水稻起源于中国。到了2011年，美国圣路易斯华盛顿大学和纽约大学通过对水稻进行DNA分析，最终确认水稻最早起源于中国。
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尽管是水稻起源国，中国还是错失了水稻的命名权。1928年，日本农学家加藤茂苞在国际上提出，分别把籼稻和粳稻命名为印度型稻和日本型稻，并于1930年在国际上正式发表了这两个学名。中国既是水稻的原产地，又兼有籼稻和粳稻两个水稻亚种，却被无视了。中国学者丁颖曾提出把印度型稻和日本型稻更名为籼稻和粳稻，但按照国际惯例，已定的学名很难更改。所以印度型稻和日本型稻这两个学名在国际上一直通用至今。
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中国水稻逆袭之路
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虽然在命名上没能占得先机，但中国水稻研究却屡创佳绩。袁隆平院士于1973年培育出高产的“三系”籼型杂交水稻，经过多年努力后，又于1995年培育出更为高产的两系法杂交水稻。而他近年培育的超级杂交水稻，亩产量更是高达上千公斤，大大缓解了中国人民乃至世界人民粮食短缺的问题。
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广东农学家陈日胜培育的海水稻“海稻86”，可以耐受含盐量1%的盐碱环境，适合栽种于临海滩涂，有效利用了耕地资源。2014年，袁隆平院士参与了海水稻的研究，并主持了青岛的海水稻研究工程，把海水稻的亩产量从150公斤提高到600多公斤。
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为了解决现代农田的重金属污染问题，袁隆平院士又于2017年运用现代基因技术，发明了水稻亲本去镉技术。镉是我国农田含量最高的重金属污染物，食用富集镉的大米会引发镉中毒，严重影响人体健康。日本20世纪30年代发生的“痛痛病”，就是食用镉污染大米引起的，患者全身神经痛、骨痛，骨骼萎缩变形，极容易骨折，使患者痛苦万分。而新培育出来的去镉水稻不会吸收土壤中的镉元素，让水稻“出淤泥而不染”，保证了粮食安全。
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除了培育新稻种，中国在水稻基因方面的研究也后来居上，渐渐超过了日本。1998年，国际水稻基因组测序计划正式启动，参与国家包括中国、日本、美国、法国、韩国、印度等，这是继人类基因组计划后又一重大国际合作项目。此时日本在技术、设备方面都占优势，因此作为主力负责了6条染色体的测序，而中国科学家仅仅负责1条染色体的测序。
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中国科学家当然不满足于此。2000年4月，华大基因正式启动了水稻（籼稻）基因组计划，测序的样本是袁隆平杂交水稻的父本，希望通过测序找出水稻产量相关基因。而日本科学家早在1991年就已经启动了水稻（粳稻）基因组项目，测序样本是日本人喜欢的粳稻品种“日本晴”，这个品种适合用来做寿司，又称“寿司米”。
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日本人已经先行一步，有资金有技术，而当时的华大基因一穷二白。外有日本竞争，内有资金困境，可谓是举步维艰，但华大水稻基因项目组成员决心不惜一切代价，要在水稻研究上拔得先筹。
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在极端艰苦、紧张的条件下，华大基因终于赶在日本之前，完成了水稻（籼稻）基因组框架图的绘制。2002年4月，《科学》（Science）杂志以封面文章的形式报道了这项工作，当期杂志的封面图是中国云南的哈尼梯田，山地上层层叠叠的稻田极具民族特色。
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2016年9月22日于深圳市大鹏区正式运营的国家基因库便是源自相同的创意，其外观特意设计成梯田的造型，将基因库功能、历史文化与周围优美的自然环境融为一体。
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《科学》杂志封面的哈尼梯田
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设计成梯田造型的国家基因库（摄影：尹烨）
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米已成炊
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水稻基因组研究被中国拔得头筹后，日本学者在《自然》（Nature）杂志发表了一篇题为《饭要煮熟》（Rice Must be Perfectly Cooked）的评论文章，声称华大基因发表的水稻基因组框架图还欠完善，如果把水稻基因组框架图比作一锅饭，那它就是一锅没有煮熟的夹生饭。
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面对日本学者的质疑，华大基因用实际行动进行了回应。2005年，华大基因把绘制完善的水稻基因组精细图以封面文章的形式发表在PLOS Biology杂志。在封面图上，一个穿红衣的孩子抱着一大锅煮熟的米饭，暗喻水稻基因组框架图已经足够完美，生米已经煮成熟饭。
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2011年9月，华大基因和中国农业科学院、国际水稻研究所共同启动“全球3 000份水稻核心种质资源重测序计划”，对3 000多株亚洲稻进行了重测序，这是全球最大的动植物重测序项目之一，能为水稻基因组学研究和育种提供重要的资源。
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PLOS Biology杂志封面