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幸运的是，某些益生菌及其代谢产物可以逆转这些不良影响，食用富含益生元的食物和体育锻炼都能增加肠道中这些益生菌的数量，帮助宿主对抗压力造成的饮食失调。
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肠道菌群还能逆转癌症治疗对身体造成的伤害。传统的化疗会增加肠道炎症、削弱肠道屏障功能，使肠道菌群多样性下降、抗炎类菌群减少。肠道菌群的变化还会经过“肠-脑轴”影响大脑功能和炎症状况，从而影响情感样行为和认知功能、造成乏力和睡眠障碍。因此，化疗患者往往会出现肠道不适和行为的改变，这种化疗造成的不良行为改变又称行为合并症。而通过调节肠道菌群，可以减轻化疗造成的一些行为合并症。
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近年比较热门的免疫治疗则对身体伤害相对较小，更加利于癌症病人康复。越来越多的临床反馈也显示，免疫治疗的效果与肠道菌群有关，其中AKK菌（Akkermansia muciniphila）、双歧杆菌等益生菌尤其能促进免疫治疗的效果。
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如何治疗肠道菌群失衡造成的种种症状？科学家从移植器官中得到灵感——移植肠道菌群！这又称粪菌移植技术，具体做法是将健康人的粪便移植到经过反复冲洗处理的病患肠道中。南京医科大学第二附属医院、第四军医大学西京消化病医院等机构现已成立粪菌移植平台，曾在临床上通过粪菌移植拯救过因术后肠道菌群失调导致急性结直肠炎的患者。但目前进行粪菌移植仍然面临很多挑战，包括适应性的选择、粪便供体的安全性把控、供体和受体的配对等。跟器官移植一样，临床上的粪菌移植可能引入病原菌、毒素基因或耐药基因，从而对受体造成不可预知的危害，2019年曾出现粪菌移植引起受体死亡的案例。虽然此技术已在治疗艰难梭菌感染、肠道炎症、肥胖症、自闭症等疾病上都有不俗的效果，但仍然不会成为治疗肠道菌群失衡的首选方式。
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那有没有相对安全的干预肠道菌群的方式？有。那就是口服益生菌。为此，国家市场监督管理局加快了益生菌在国内市场的运行工作，并于2019年3月发布了《益生菌类保健食品申报与审评规定（征求意见稿）》。中国的益生菌相关法规是最为保守的，其菌株安全性的把控也相对于欧美国家更为严格，要求对人体完全无副作用，这也是国产益生菌的菌株种类相对较少的原因。
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服用特定种类益生菌可以在一定程度上安全缓慢地达到粪菌移植的效果，并避免移植手术的风险。生长在人体肠道的菌株，有的是控制体重的，有的是放飞体重的，不过大多数都是中性菌株。直接服用控制体重的菌株难以得到显著、安全的效果，但那些控制体重的菌株却能和乳杆菌、双歧杆菌等益生菌协同生存。也就是说，服用这些益生菌可以促进控制体重的菌株的生长，从而达到治疗肥胖症的目的。
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但服用益生菌不能像粪菌移植那样可以“一次性根治”，所以其疗程相对较长，肠道环境较好的人群可能服用益生菌一个月左右就可以改善肠道菌群，但有些人可能需要服用更长时间。
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我们与肠道菌群初见于新生时，终身相伴、福祸相依。想要身体健康，还得从善待肠道菌群开始，逐渐改善生活习惯和饮食结构，让体内的益生菌更好地发挥作用。
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