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系统发生学（phylogeny），某群特定生物（例如兰花、凤蝶）与该群生物所属进化树相关的进化历史。
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亚种（subspecies），种以下的分类单元。通常定义成某个地理物种，也就是某个族群因地理隔绝，而与其他地区同种族群产生一至数个不同的遗传差异。
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协同作用（synergism），一个以上的因子同时发生时，所产生的加强效应。雨林（rainforest），全年降雨丰沛且平均的森林，由于雨量充足，可供养浓密的常青植物。这类生态系统中，最著名且生物多样性最高的是热带雨林，通常都具有好几层由浓密枝叶组成的树冠，因此阳光在照射到地面前，90%的光线会被树冠层层阻绝。温带地区也有雨林，例如北美洲的太平洋沿岸西北部、智利南部海岸以及塔斯马尼亚。
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非政府组织（nongovernmental organization [ZGO]），不经由国家或地方政府来运作的组织机构。
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指数性变动（exponential），因组成分子成长或衰退而增加或减少的情况。人口和银行户头在不受干扰的情况下，都会呈指数增长。反之，如果余额定期以固定百分比减少，则该族群人口数量及银行户头都会呈指数衰减。
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染色体（chromosome），在较高等生物（也就是细菌和古生菌除外的生物）体内，一种由基因和周边的蛋白质所组成的遗传物质。
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红皮书（Red List），全球生存受到威胁的动植物名单，由IUCN的物种存活委员会（Species Survival Commission）所印行。最近一份名单于2000年发布。
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面积—物种数原理（area-species principle），岛屿或栖息地的面积与物种数之间的关系，属于一种数学常规。
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哺乳类动物（mammal），分类上属于哺乳纲的动物，特征在于雌性动物的乳腺能分泌乳汁，以及身体披有毛发。
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浮游生物（plankton），被动漂浮在海洋或空气中的生物，大部分是微生物和小型动植物。
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能量金字塔（energy pyramid），所有营养层级的总称，从底层的植物到草食者，再到最高层的肉食者，能量转换率约为10%；也就是说，每个层级生物能将其摄取能量的大约10%，用于合成身体组织。结果营养层级愈高，所获得的能量愈少，于是形成一个能量金字塔。
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脊椎动物（vertebrate），具有一条分节的脊柱的动物。现存脊椎动物主要有五大类：鱼类、两栖类（青蛙、蜥蜴等）、爬行类、鸟类以及哺乳类。
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动物群（fauna，或译动物区系），某特定地区的所有动物。
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国际环保协会（Conservation International），一个全球性的环保团体，总部位于华盛顿特区。
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基因（gene），遗传的基本单位，是由多个碱基（或说DNA）所组成，而且通常是位于染色体上的一小块区域。
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基因组（genome，又译基因体），某个（或某种）特定生物的所有基因。
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瓶颈（bottleneck），本书中指有些实体（例如水体、族群，或多样性）必须通过的某个有限区域，以便重新回到（或至少接近）原先的情况。例如人类在21世纪面对的瓶颈便来自人口增加、人均消费量增加以及人均享有的天然非再生性资源减少。
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栖息地（habitat），某种特定环境，例如一个湖泊，或森林里的一片空地。
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植物群（flora，或译植物区系），某特定地区的所有植物。
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无脊椎动物（invertebrate），身体构造不具有包裹中枢神经索的脊柱的动物。大部分动物都属于无脊椎动物，从圆虫到海星，从昆虫到蚌类，都是无脊椎动物。
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嗜绝生物（extremophile），能够生存在极端环境（例如温泉、海洋冰层以及极深的地底洞穴）状况下的生物，通常是细菌或古生菌，但偶尔也包括一些藻类、真菌以及无脊椎动物。
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微生物（microbe），极小型的生物，尤其是指细菌和原生菌。
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微小生物（microorganism），小到肉眼无法看到的生物，最典型的是细菌、古生菌，或原生生物，但是也包括一些最小型的真菌与藻类。
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达尔文主义（Darwinism），此理论在阐述通过天择产生的进化，是依据发现此过程的学者达尔文（Charles Darwin）命名的。
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种（species），生物分类上最基本的单元，由一个族群或一系列血缘相近且相似的族群组成。就有性繁殖生物而言，物种的定义通常是较狭隘的“生物种”概念，是指：一个或多个在自然环境中可以彼此自由交配但是不能与其他族群交配的族群。
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