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自然神学试图以理论研究而不是靠盲信来进一步认识世界，但没能彻底摆脱上帝的影子。自然神学者相信上帝，但又对《圣经》中明显的自相矛盾伤透了脑筋，这时他们找到了一个折中的办法。既然大自然是上帝制造出来的作品，那么，研究大自然就是接近上帝最有效的手段了，这要比单独研究《圣经》得出的结果可靠得多。所以他们努力地研究自然，结果培养了一大批有影响的科学家，其中就包括众人皆知的伟大的物理学家牛顿（Isaac Newton）和伟大的化学家波义耳（Robert Boyle），以及那个备受小朋友们喜爱的《昆虫记》的作者法布尔（Casimir Fabre）。这些学者研究的过程值得尊重，也丰富了人类的科学知识，直至改变了人类的文明进程。
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19世纪，相信自然神学的一位富翁拿出一大笔金钱支持出版大量自然神学作品。这些作品都是由当时著名学者完成，内容广泛，包括天文、物理、生物等几乎所有自然科学领域，意图用列举科学事实的方法证明上帝的存在，并感谢上帝为了人类的生存而付出的超级智慧。
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但他们在自己研究的基础上得出的研究结论却是：上帝是存在的，否则所有的研究成果都将失去最终的支撑。牛顿在功成名就之后对真正的科研失去了兴趣，他喜欢争名夺利，但这不影响他对上帝充满了向往之情。他对宇宙运行的终极动力非常着迷，那给他的三大定律提供了前提与可能。但这个宇宙在一开始到底是如何动起来的呢？牛顿最终只有相信，正是上帝的奋力一推，这个宇宙才按照各种力学原理运转了起来。
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自然神学派所提出的“钟表匠理论”很好地表明了他们的态度。
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“钟表匠理论”的大意是，如果我们在路边看到一块钟表，我们就确切地知道，肯定有一个钟表匠存在，正是这个钟表匠制造了这块结构复杂的钟表。由此推导，如果我们在路边看到一块石头的话，也应该知道，肯定有一个制造石头的人存在。推而广之，我们人类，动物植物，山山水水，以至于整个地球或者宇宙，背后都应该有一个制造者。
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毫无疑问，能完成如此巨额工作量的钟表匠只能是上帝。钟表制作得越精美，越能证明钟表匠的心智和水平极其高超。大概除了上帝，谁也难以胜任。这就不难理解，部分精心于科学研究的学者们在了解了精确的自然规律以后，也只好相信钟表匠的存在了。
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还有什么比这个更省事的解释么？
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钟表匠理论有强大的吸引力，对现代科学家也是如此，例如爱因斯坦（Albert Einstein）和霍金（Stephen Hawking）这样的智者，在这个问题上也基本采取了模棱两可甚至是回避的态度。爱因斯坦为了批评量子力学理论，不得不借用上帝的权威，他说“上帝不掷色子”。这句话隐含的意思是说：上帝所安排的自然，一切都是有条不紊的，不会像量子力学描述的那样无序而糟糕。霍金一再向世人表明，他对待上帝的态度是模糊的。虽然他也曾多次示意自己不相信上帝的存在，但也曾非常困惑地问过：“宇宙有开端吗？如果有的话，在此之前发生过什么？”
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谁都不知道在宇宙开端之前发生过什么，那时可能早就有了一个上帝，也可能没有。所以，霍金曾经表示过，上帝存在的可能性是一半一半的。为此他受到了教皇的表扬。
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1802年，自然神学的领袖人物佩利（William Paley）出版了《自然神学》一书。这本书描写了大量生物体的复杂结构，并指出了这些结构对自然的适应性。佩利这样做的目的当然是为了证明上帝的仁慈与睿智，而不是为了提出进化论。不过这本书确实对达尔文的研究提供了某种线索。
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佩利在书中明确而详细地表述了“钟表匠理论”。他说：“钟表无疑是经认真设计然后精心加工而成的，而这种设计和加工的现象，在大自然中也有，并且，大自然的设计性远远比钟表要精密得多复杂得多，超出了一切人为的计算。”
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由这一论述，我们也清楚地认识了“设计论”。
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“设计论”属于机械论哲学范畴。机械论用机械的观点看待一切事物，认为人不过是一架精美的复杂机器而已，这种复杂与精美性绝不是偶然的产物，而应该是设计的结果。这一理论在任何时候都具有迷人的外表，比如谈到地球，他们就认为带有明显的设计的痕迹，经典的一条就是：地球的重力即不太大，也不太小；太大则水分易结成冰，太小则水分挥发为汽，都不适合人类的生存需要。喜爱游泳的人都知道，人体的密度与水差不多，所以在水中可以自由漂浮而不致淹死。在“设计论”看来，这又是一则精妙的设计的结果。
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自然神学的设计论也面临着一些困局，虽然并不是有人故意挑刺，但自然神学的智者们也会考虑到这一点，并需要提供某些辩解。如果说狮子的尖牙利爪是设计出来捕捉猎物的话，那么对于猎物，比如一只温顺可爱的羚羊而言，上帝是不是太残忍了点？
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设计论者当然不能这么看待上帝。他们认为，一些经受生命折磨的老弱病残的猎物在狮子的利爪之下迅速结束生命，其实也是一种仁慈，痛快地死亡总比活着受罪要好点吧。
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可问题是有些猎物明明是正当壮年，一点也没有老弱病残的样子，狮子为什么还要捕杀它们大快朵颐呢？这时，设计论者给出了一个有意思的解释，因为这种解释表露出了某种自然选择的思想苗头。他们辩称：无处不在的杀戮行为是为了保持自然界的生物平衡，不能让某一物种任意繁衍，那样会打破整个自然的和谐。这其实体现的是上帝的一种大慈悲。
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如果这种辩解成功的话，那么，为什么又要设计出如跳蚤和蛔虫这样的烦人的生物来呢？这些东西看起来似乎对人类没有任何好处，上帝这样搞，难道也体现了什么仁慈之心吗？
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设计论者对此不好意思再说这也是出于仁慈的考虑，他们只好说这是出于惩罚的目的。有的人太坏，需要用一些刑罚来加以惩治，寄生虫就是为了完成这一任务而设计的。
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难道连好人也要惩治吗？
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不是这个意思，上帝的惩罚是针对人类的“原罪”，而非现世的显罪。
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说来说去的，反正设计论算是糊弄了很长时间，老百姓也没谁真的跟这些理论过不去。
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无论“设计论”如何包装自己，无论他们做出多少自然科学的研究成果，即便是最近在西方甚嚣尘上的“智慧设计论”，都无法阻止自己陷入到神创论的深渊里去。因为不管如何来打扮这个设计者，他都只能是神。
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与“设计论”密切相关的是“目的论”。“目的论”认为，世间一切都是因为一种目的而存在，而这个总的目的似乎就是让人类得以更好地生存，即所有物种都是为了人的需要而创造的。猫是用来抓老鼠的，猪是用来杀肉吃的，萝卜更不用说了，一切植物都是为了让人类一饱口福而已。而人自身的所有器官也都是有目的的，比如他们认为，人有一双眼睛，那是因为人需要看东西；人长鼻子，自然是因为需要呼吸了。对目的过分强调，导致“目的论”也必然走向神创论。这个目的，只能是上帝预设好的，他创造了万物，并为万物提前制定了用途。自然神学宣布，某个智能存在指导着所有的自然事物，这个存在，我们称之为上帝。
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所有的这些理论，都没有单独考虑纯自然的力量，而总是半推半就地依靠一种超自然的力量来完善他们的理论。这是致命的缺陷。但所有的这些理论都没有真正死亡，后面我们会看到他，他们仍然轮番登场，和进化论进行着没完没了的争吵，直到现在仍没有停歇的苗头。
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自然神学遭受的第一个严厉阻击来自伟大的英国哲学家、历史学家和经济学家休谟（David Hume），他在政治上也取得了不俗的成绩，曾一度任英国副国务大臣。而最让他富于盛名的当推他的哲学著作《人性论》，他的怀疑论和近代不可知论都对后来哲学的发展起过重要的启发作用。休谟对自然神学的态度则主要集中在《自然宗教对话录》一书中。
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