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自然神学遭受的第一个严厉阻击来自伟大的英国哲学家、历史学家和经济学家休谟（David Hume），他在政治上也取得了不俗的成绩，曾一度任英国副国务大臣。而最让他富于盛名的当推他的哲学著作《人性论》，他的怀疑论和近代不可知论都对后来哲学的发展起过重要的启发作用。休谟对自然神学的态度则主要集中在《自然宗教对话录》一书中。
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休谟指责设计论说，如果用高级标准来衡量这个世界，无疑是很不完美的，这只能是某个幼稚的神灵作出的粗糙的尝试，然后这个神灵对自己的成果感觉羞愧而最终抛弃了它。如果真的要用这一切来证明上帝的存在，无疑这个上帝是一个低能儿。
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休谟的指责影响很大，但还不足以将自然神学观打倒。这种思想在英国仍然有广大的市场，宗教的力量不可能靠一蹴而就的工作来消灭。
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科学界迫切的任务是，需要彻底排除超自然的力量，向自然寻求真正的规律，以科学的态度研究生物和人的由来。此前亚里士多德（Aristotle）、柏拉图（Plato），毕达哥拉斯（Pythagoras）、笛卡尔（Rene Descartes）、阿奎那（Thomas Aquinas）等先贤们尽管在这个问题上殚精竭虑，进行了大量思考和论证，但从现代科学眼光看来，他们都没有真正涉及这个问题的核心。一些学者试图把地球上的所有生物用一种链条从低到高完整地排列起来，然而也失败了。
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就连大名鼎鼎的现代生物学分类学之父林奈（Carolus Linnaeus），在研究了大量植物后，也没有形成物种变化和进化的概念，相反，分类这是建立在物种相对静止的基础之上的。
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而布丰（Georges Buffon）在其三十六卷的浩瀚巨著《自然史》中关于动植物和地球演化的研究和描述也仍然是在问题的外围游移。
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布丰是个全才，先后学习过法学、数学、物理学、植物生理学。牛顿的专著《流数》就是他翻译成法文从而引入到法国学术界的。他先后当选为法国科学院院士、英国皇家学会会员以及德国和俄国的科学院院士。布丰曾经清楚地意识到物种是可变的，甚至认为猫和狮子老虎等动物都来自一个相同的原始群体，后来因为地理的分隔而形成了不同的物种。可惜布丰当时年事已高，没有在这方面做出更优秀的研究成果来。
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第一个真正涉及生物进化论核心的，是价值被严重低估的拉马克（Jean Lemarck）。我们关于进化论的真正意义上的争论，也可以就此拉开序幕了。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 打倒拉马克主义
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理由一：养了一批老鼠，然后坚持不懈地把每一代的老鼠的尾巴都切下来，一直连续切了二十多代。结果发现，出生的小家伙们仍然一个个拖着长长的尾巴。
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理由二：铁匠因为天天打铁，所以肌肉都相当发达；但是，铁匠辛辛苦苦打铁弄出来的一身好肌肉并没有遗传下去。
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理由三：处女膜一代一代地被顶破，但女人们仍然保留着那一层薄薄的膜。
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理由四：中国古代的女人喜欢裹小脚，但她们的脚并没有天然的变小。
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02 拉马克主义，以及铁匠的儿子和老鼠的尾巴
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拉马克1744年出生于法国，家庭非常贫困，读书也没兴趣，于是骑着一匹老马去当兵。在一场德法战争中，拉马克所在部队的军官全部被打死，年轻的拉马克勇敢地担当起了指挥官的任务。在枪林弹雨和刀光血影之下，很多人伏尸疆场，但他竟然活了下来。这次九死一生的惊险经历并没有让他萌生系统的自然选择的思想，但却可以拿他的这个经历来做一个关于自然选择的绝好比方。凡是在自然选择之下生存下来的所有生物，几乎都有着与此相类似的惊险经历。结果看起来殊无可能，但每一步的事实就是如此，他们活下来了，并且演变成了今天的模样。
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从军队退伍以后，拉马克来到巴黎弄了一个银行小职员的工作，然后利用业余时间开始广泛地学习。他的学习内容非常博杂，几乎到了无所不包的地步，具备了一个典型的博物学家的基本特点。而且正是在这一段时间里，拉马克有幸遇到了大名鼎鼎的提出“天赋人权说”的大哲学家卢梭（Jean Rousseau）。卢梭也持“自然神学”观点，两个聪明人自然要经常在一起散步聊天，海阔天空，胡砍乱扯。据认为，这个经历对于拉马克的思想很有启发性，毕竟，写下了《忏悔录》的卢梭嘛，不是谁都能遇上的。
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但凡像拉马克这样不善谋生却又兴趣广泛的人，基本上都有点天才的底子。而天才又不免都带有一点自大狂倾向。所以，拉马克为自己制订了庞大的研究计划。这些计划都是不可能完成的，就像爱因斯坦晚年的雄心一样，他们因为自己的聪明而耽误了自己的研究。
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在这种雄心驱使下，拉马克不久就出版了一部专著《法国植物志》。这本书引起了布丰的注意，结果布丰帮助了拉马克一把，为他在皇家自然历史博物馆植物部找了一份工作。这使得拉马克有可能更加专心地开展研究。
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不久，法国大革命爆发，布丰从肉体上消灭，而拉马克却被革命者们拉去撑门面，做起了动物学教授。就这样，一直研究植物的拉马克又开始研究动物。
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天才的能力是不容忽视的。拉马克虽然年近五十，但仍然通过自学而在动物学研究领域立即就取得了不俗的成就。他首次把动物分为脊椎动物和无脊椎动物两大类，并把自己的研究重点放在了前人不屑于研究的无脊椎动物上。
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拉马克晚年双目失明、百病缠身，但他没有放弃自己的工作，而是借助女儿的笔录继续坚持写作。尽管他著述颇丰，可惜最后仍不免因生活贫困以致凄凉而死。
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拉马克死前有一个心愿，希望人们不要把他当成一个动物学家，或者一个植物学家，他希望人们能重视他的关于生物进化的理论。但他失望了，一直到死，他的进化理论都没有引起足够多的重视。这里面有很大一部分原因当拜他的同事、有着传奇色彩的著名动物学家居维叶（Georges Cuvier）所赐。拉马克生前一直罩着居维叶，死后却遭到了居维叶的无情攻击和打压。
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比拉马克更具天才属性的居维叶在很多领域都取得了的巨大成就。这是一个少年天才，四岁就能读书，十四岁进大学，他因过人的记忆力给人以神童般的印象，在大学受到的严格训练和他自己天生的学习热情，使居维叶十八岁时就已名声在外，并出任诺曼底大学的助教。此人一生传奇，经历了法国大革命而不倒，同时身兼科学家、社会活动家、政治家等多种职业。这里不谈其他，仅就其在比较解剖学、古生物学、动物分类学等方面的著作及成就已足称经典。时人曾惊叹于他的天才，在他死后把他的脑袋取下来进行研究，并声称他的脑袋要比正常人大出许多，后来被用来作为脑袋大小决定人的智力的一个重要证据。可惜再后来，被证明数据有假，这个天才的脑容量并不是那么特别。
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