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有专门的科学史研究者指出，华莱士当年提交给达尔文的论文中提出的理论要点与达尔文是有所区别的。华莱士眼里的环境，是一个一手拿标杆、一手拿砍刀的冷血暴徒，凡不符合标杆要求的生物变种全部被砍掉，也就是被自然淘汰了。而符合了标杆要求的一律不需要紧张，也就不存在竞争。根据这种机制，只要标杆不变，那么物种就不需要变，当然也不能变，因为变的都被砍掉了。所以，只有环境发生变化的时候，物种才会随之发生变化并遗传下去。在他这里，环境变化是物种变化的前提。尼科尔森认为，这一观点算不上是严格和正确的自然选择。
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而达尔文的理论不是这么表达的，达尔文眼里的环境是不拿标杆的，不设标准，也不动手砍人，而只是无动于衷地站在那里，砍人的工作由生物自己完成。但他有一个容量，他只容许一定数量的生物存活，至于谁活下来，由生物本身互砍的结果决定。
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一个不一定确切但更方便的比喻是，华莱士开了一个学校，这个学校有一个入学分数线，凡是达到分数线的一律可以入学，且人数不限，上线就录取。这就出现了一个问题，凡是有把握拿高分的聪明孩子，基本上就不需要再参与竞争了。
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达尔文也开了一个学校，与华莱士不同的是，这个学校不设分数线，而且招生人数变动较大，在竞争排行榜中名次靠后的，只能自认倒霉。为了尽量排名靠前，考生只有不断地相互竞争，每一个考生和其他考生都是竞争对手，因为谁也不知道这个学校要招多少人。所以，这是一场没有终点的持续战争。这种生物个体之间的战争才是自然选择的要旨所在。
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简而言之，华莱士在论文中认为，自然选择只发生在变种之间，原本已经适应了环境的没有发生变化的物种是不需要竞争的。而达尔文则强调所有个体一直处于不断的竞争中。
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基于此种分析，尼科尔森认为华莱士1858年提交给达尔文的论文在理论水平上要比正版的达尔文理论低一个档次，还算不上是纯正的自然选择理论。
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此外还有一点，华莱士的研究不涉及“人”的问题。
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《物种起源》出版并引起轰动的时候，华莱士仍在马来群岛，一直到1862年才回到英国，后于1869年整理出版了考察传记《马来群岛》，出版商为了畅销，加了一个耸人听闻的副标题：“红毛猩猩与天堂鸟的故乡”，销路果然很好。这不是一本关于自然选择的书，倒更像是一本地理学著作。华莱士在书中记述了他在森林茂密的群岛间流浪和考察的所见所闻，描述当地奇异的自然景观、动植物异事和土著趣闻，由于图文并茂、内容丰富，后来也一直畅销不衰，至今仍具非凡的参考学术价值。
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据说《马来群岛》初版时，华莱士为了避免被人误认为是在和达尔文的《物种起源》争锋头，特意将此书献给达尔文，以表达对达尔文的敬意。他与达尔文在自然选择理论问题上的这一段故事，也成为了科学史上有关学者大度和谦让的著名的轶事。
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虽然后来华莱士在性选择问题上和达尔文发生了分歧，但基本仍属于学术范围内的争论。他认为自己比达尔文还要坚持达尔文主义，不过后来他关于人和人脑及思维的研究却成了一个确凿的错误，最终没能摆脱上帝的影子，成了一个不可理喻的唯灵论者，不折不扣地站到了达尔文的对立面。
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这已经是后面要讲的内容了。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 读 者：《物种起源》到底写了什么？
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达尔文：写了很多东西，包括地质学、解剖学、植物学和动物学的知识。
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读 者：我的天，这么多内容，怎么读的完？
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达尔文：虽然我写的很罗嗦，但是我写的很生动，从冰山形成、鱼的化石、鸽子驯养再到俄罗斯蟑螂，很多东西都是很好玩很好看的。
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读 者：不如先你给我简单总结一下主要内容吧？
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达尔文：主要内容就是两条，首先，物种变化的，其次，自然对变化的物种不断作出选择，适者生存。
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读 者：这么简单的事情你写了那么多！不会吧？
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达尔文：……
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06 《物种起源》——生物进化论中的里程碑
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夜幕再次降临，当一切安静下来以后，只有秋虫在唧啾鸣唱，此时，肯特郡达温材的那座乡间别墅书房里透出的灯光要比往常更显得明亮。四十九岁的达尔文不得不花更多的时间来整理他的作品，他本来想写一本巨大的著作来系统而全面地表达他的思想，但现在看来，原来的计划应该放弃了。他现在的要求很简单，就是以最快的速度，用最清晰的语言来充分论述自然选择的思想，至于其他的很多想法，完全可以在此后慢慢补充增加。
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1859年11月，《物种起源》正式出版，作为生物进化论中里程碑式的作品，它不单改变了人们对生物进化的看法、对自然科学的看法，包括对人的看法，他甚至改变了人们的人生观和宇宙观，成为指导自然科学研究的一本原则性的著作。这本书的意义远远不止于确立了生物进化论这门学科，其更重要的意义似乎存在于学科之外。所以，这本书一出版就引起了人们的高度关注和强烈的兴趣。虽然初版在当天就被抢购一光，但这远非一本普通意义上的畅销书。无论是专业或非专业的人士，都不妨以自己的目的和方式来阅读和理解这本书。在现代西方，是不是懂一点量子力学和生物进化论的知识，是衡量一个人有没有高等修养的重要指标。
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《物种起源》初版只有四百多页，达尔文曾遗憾地表示这只是他构思中要写的内容的一个梗概而已。但这并不妨碍其成为巨著，因为一部作品的意义基本不是靠页码多少来确定的。
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