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虽然后来华莱士在性选择问题上和达尔文发生了分歧，但基本仍属于学术范围内的争论。他认为自己比达尔文还要坚持达尔文主义，不过后来他关于人和人脑及思维的研究却成了一个确凿的错误，最终没能摆脱上帝的影子，成了一个不可理喻的唯灵论者，不折不扣地站到了达尔文的对立面。
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这已经是后面要讲的内容了。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 读 者：《物种起源》到底写了什么？
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达尔文：写了很多东西，包括地质学、解剖学、植物学和动物学的知识。
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读 者：我的天，这么多内容，怎么读的完？
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达尔文：虽然我写的很罗嗦，但是我写的很生动，从冰山形成、鱼的化石、鸽子驯养再到俄罗斯蟑螂，很多东西都是很好玩很好看的。
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读 者：不如先你给我简单总结一下主要内容吧？
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达尔文：主要内容就是两条，首先，物种变化的，其次，自然对变化的物种不断作出选择，适者生存。
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读 者：这么简单的事情你写了那么多！不会吧？
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达尔文：……
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06 《物种起源》——生物进化论中的里程碑
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夜幕再次降临，当一切安静下来以后，只有秋虫在唧啾鸣唱，此时，肯特郡达温材的那座乡间别墅书房里透出的灯光要比往常更显得明亮。四十九岁的达尔文不得不花更多的时间来整理他的作品，他本来想写一本巨大的著作来系统而全面地表达他的思想，但现在看来，原来的计划应该放弃了。他现在的要求很简单，就是以最快的速度，用最清晰的语言来充分论述自然选择的思想，至于其他的很多想法，完全可以在此后慢慢补充增加。
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1859年11月，《物种起源》正式出版，作为生物进化论中里程碑式的作品，它不单改变了人们对生物进化的看法、对自然科学的看法，包括对人的看法，他甚至改变了人们的人生观和宇宙观，成为指导自然科学研究的一本原则性的著作。这本书的意义远远不止于确立了生物进化论这门学科，其更重要的意义似乎存在于学科之外。所以，这本书一出版就引起了人们的高度关注和强烈的兴趣。虽然初版在当天就被抢购一光，但这远非一本普通意义上的畅销书。无论是专业或非专业的人士，都不妨以自己的目的和方式来阅读和理解这本书。在现代西方，是不是懂一点量子力学和生物进化论的知识，是衡量一个人有没有高等修养的重要指标。
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《物种起源》初版只有四百多页，达尔文曾遗憾地表示这只是他构思中要写的内容的一个梗概而已。但这并不妨碍其成为巨著，因为一部作品的意义基本不是靠页码多少来确定的。
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其实《物种起源》并不是在严格地探讨物种的起源，这本书的内容相当博杂，尽管内容不多，却依然很好地体现了达尔文细致而拖沓的文风。他试图从地质学、解剖学、植物学和动物学等各个角度来论证他的思想，把他能想到的最有力的例子不厌其烦地列举个够，从冰山形成、鱼的化石、鸽子驯养再到俄罗斯蟑螂，还把很多大家熟知的生物用生物链连接起来，比如对猫和鼠的论述，都给人以耳目一新的感觉。
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但所有这些叙述都是围绕着两个至关重要的主题来进行：一，物种是以不断地慢慢地变化的方式来适应环境的，且变化可以遗传。二，自然对物种作出选择，适者生存。
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达尔文坚定地强调了自然选择的力量，他认为“自然选择每时每刻都在检验着地球上的每一个物种，不放过任何一点最微小的变异”。它以安静的悄无声息的方式工作着，你感觉不到它的存在，你以为静谧的湖面可以给你带来内心的安宁，你以为晚霞映照下的山河大地是如此的和谐而壮丽，你以为一切是美好的，我们终可以抵达至善的天堂。但自然之手却一直在有效地漠然地工作着，不停地淘汰错误的，保留应该保留的。它太安静了，你一时感觉不到它的成果，直到时间的长河把古老的遗迹冲刷到你的面前，你才会认识到它的强大和无情。从庞大的恐龙到遍布世界的三叶虫，都在默默诉说着自己悲惨的遭遇。而从单细胞到哺乳动物的不断递进，直到自认为是万物之灵的人的出现，也一再展示了自然选择的精确和独断。我们就这样被身不由己地带到了这里，无能为力，别无选择。回头一望，早已物是人非、山海变幻。唯一不变的，就是所有物种都要不断化为灰尘，再被后来者重新收集，一次次加入到进化的长河中去，绝望透顶，无处可逃。
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无论相信上帝与否，都无法逃脱自然法则的控制，我们其实不再需要面对强大的自然时却去抒发自己对超自然力量的赞美。眼前的森林河流与草原荒漠，鹰击长空、鱼翔浅底，山明水秀、鸟语花香，多么壮丽辉煌，多么庄严肃穆，又多么清新可爱！这一切已足以激起我们的感激之心。
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我们从此不再需要一个神来解释这一切了。
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也就是说，只要运用生物进化理论，就可以解释现有的生物现象。生物界看上去尽管美妙，尽管和谐，尽管让人感动，有时令人心神摇荡，但这些都可以面无表情地用进化论来木然地加以解释。
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为了论证自己的思想，达尔文采取了题海战术，利用已有的资料，从生物地理、古生物学、解剖学和比较生理学，以及形态学和胚胎学等几个方面进行了全面论述，具有无可争议的强大的说服力。
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达尔文明确提出了生存竞争，但反对过分强调这个问题。因为他看到了生物之间也有相互依存的关系，这使物种之间关系变得相当的错综复杂，而不是只剩下简单的你死我活的斗争。它们并不想成为这个角斗场中仅剩的孤独的胜利者，因为那其实意味着下一秒的死亡即将来临。
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为了说服读者，达尔文又举了一个例子，英国熊蜂是唯一可以为红色三叶草传粉的昆虫，因为只有它才能钻进那花芯里面去。而熊蜂的数量又受到田鼠的控制，因为田鼠经常把熊蜂的蜂巢搞坏掉，让这些熊蜂无家可归。至于田鼠的数量吧，当然是取决于猫的心情和肚量了。这样一来，猫虽然对三叶草不感兴趣，但确实可以影响到三叶草的生长是否繁盛。这样就出现了互相适应现象，有时可以表现为种间利他行为。但从猫的内心来说，他吃田鼠的目的，绝不是为了熊蜂报仇来的。
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