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这一演说引起了很大轰动，加上波普尔的巨大名声和权威性，一时间使自然选择理论八面来风。对此，同时参加会议、被誉为达尔文之后最伟大的进化论大师的迈尔（Ernst Mayr）立即作出了反应，他指出：“适者生存”这个词是一个容易引起误解的词，达尔文本人最初使用的是“自然选择”，只是为了更清楚地表达和换用了适者生存，这才出现了同义反复的嫌疑。但是迈尔指出，这并不是达尔文的本意。《物种起源》中的原始提法是：那些比其他生物有某些优势的生物，虽然是略微的优势，但都会有最佳的生存机会，并能繁殖后代。这一表达无论是在内容上还是形式上都不存在同义反复的问题，是一个典型的论断，而且是可以检验的论断。波普尔的批评是不正确的，因为他没有了解达尔文主义的真正内涵。
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许多其他进化论者也对波普尔提出了批评，这迫使波普尔对自己的判断作出了反思。后来，在1977年，在《自然选择及其科学地位》一文中，波普尔修改了自己的看法，他指出：自然选择理论与检验的问题容易让人看作是同义反复，我过去也受到了这种观点的影响。后来我认为自然选择理论是一个最成功的形而上学的研究纲领，它引导人们去研究更多的问题，并提出可以接受的答案。
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波普尔谦虚地表示，对于自然选择理论的可检验性和逻辑地位问题，我已经改变了自己的想法，我希望我对自然选择理论的前后两次评价能够对理解自然选择做出微薄的贡献。自然选择理论远非同义反复，它不仅是可以检验的，而且严格地说，它本身就不是普遍的起初，与许多生物学理论一样，它似乎有也例外，这种例外的发生并不令人惊奇，因此不是所有的进化现象都只可用自然选择来解释。
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可惜的是，波普尔的第一次评价的声音传得太远，而第二次评价则被反进化论者有意忽略。现在仍有反对者把同义反复拿出来当作反对达尔文理论的一把利剑一再使用，殊不知这一指责早已过时。
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达尔文小心翼翼地回避着因《物种起源》而惹出的麻烦，他对于来自各路的攻击采取了乌龟大法，躲在自己的别墅里一律不予理睬。他把自己投入到了新的写作当中，继续深入地研究了人类学和许多动物学问题，相继出版了《动物和植物在家养下的变异》和《人类起源和性选择》等书，进一步从各种角度论证他的进化学说。
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但这种小心并不表明他对自己的理论缺乏信心，相反，他一直到死都坚持自己的理论。1881年7月3日，垂垂老矣的达尔文给美国哈佛大学植物学家格雷（Asa Gray）的信中继续温和地反驳了格雷的目的论。达尔文说：“最后，我认为，自然选择已经为文明进步所带来的和将要带来的，比您所倾向于承认的要更多，我将捍卫这一立场。”八天后，他给一位读者写了另一封信，指出“宇宙不是早就设计好的”。那些传说达尔文在去世前亲自否定了进化论的有鼻子有眼的故事，都只不过是神创论者为自己打气的无聊的把戏而已。
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只不过，绅士般的达尔文的语气一直是温和的，他没有和论敌展开直接的交锋。但是这并不妨碍他在自己的书中对一些人展开有限的讽刺，因为有人不自量力地试图掠夺他的思想，声称自己才是进化理念的创始者。为此，达尔文毫不客气地嘲笑道：“要给这些人的观点总结出一个明确的思想实在是太难了。”
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达尔文采取的弱势避让态度并不妨碍另一些科学工作者对生物进化理论的强力支持，一批有识之士挺身而出，为宣传和捍卫进化论做出了大量工作，其中尤以赫胥黎（Thomas Huxley）的工作最为出色。赫胥黎早在1850年就已结识了达尔文，并成了达尔文的好朋友，那时他也以军医的身份作了一次海上航行，与达尔文非常地有共同语言。而且赫胥黎也很勤奋，已经是英国皇家学会会员，当读完《物种起源》后，赫胥黎不禁拍案长叹：“我简直太笨了！居然没有想到这一点。”赫胥黎知道这一理论必将引起教会和世俗的强烈攻击，为此他写信给达尔文说：“至于你的理论，我准备接受火刑也要支持你。”他还给胡克写信，告诉胡克，尽管让教会的矛头全都指向他好了，“我决心穿好我的铠甲”，准备为捍卫这一理论作长期的战斗。
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自命为达尔文斗犬的赫胥黎，终于扯开了进化论与神创论大战最为激烈的第一幕。围绕进化论正误所展开的充满了情感不失机智但同时又是火爆刻薄的口水大战从此如黄河之泛滥，一发而不可收拾。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 打倒达尔文
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开尔文：做为英国物理学开山鼻祖，我可以很负责地告诉你，根据地球散热速度来推算，地球年龄只有两千万年，最多不超过一亿年。如此短的时间，不足以支持生物如蜗牛般慢腾腾地进化！
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达尔文：我……我物理没学好，也许……
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主 教：现在我不是主教，我做为科学协会副会长，接下来将列举《物种起源》十处段落，以证明进化论是伪论。第一……
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达尔文：……（回去就把这十段给改了！）
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罗 伊：我是“贝格尔”号船长，我悔恨当年不该带达尔文随船考察，我对不起上帝！我爱上帝，《圣经》是我们的唯一！
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达尔文：我退票……
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07 牛津论战，进化论与神创论的首次激烈碰撞
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《物种起源》虽然俘获了一批生物学家的芳心，比如著名植物学家胡克很快就向达尔文投降；而曾与达尔文数度通信交流的哈佛大学教授格雷也立即对达尔文投怀送抱，并用一种极其巧妙的方式在美国引进了生物进化思想；德国、法国也都相继作出了积极的反应，似乎是一片欣欣向荣的景象。但总的情况却不容乐观，大部分生物学家仍持观望和保留的态度，一些其他领域的科学家，虽然享有盛名，却因为对生物学的了解不是很深刻，所以对达尔文的理论几乎是批声一片，其中就有达尔文的老师塞奇威克和导师享斯罗，甚至是好朋友赖尔也反对他的观点。
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比较有影响的反对来自电磁理论的奠基人麦克斯韦（James Maxwell）和英国物理学的开山鼻祖开尔文（Lord Kelvin），他们都是胡子很长头脑很聪明的重量级人物，因为在物理科学领域的巨大成就而受尽尊宠，在当时享有无可撼动的权威地位。其中开尔文用地球散热的速度推算出地球年龄只有两千多万年左右，最多不超过一亿年，如此短的时间不足以支持生物如蜗牛般慢腾腾的进化。基于开尔文巨大的名声，达尔文无言以对。他自己由于物理知识的缺乏，对地球年龄的估算基本上都是猜测，看不出有任何科学依据。面对开尔文的这一计算结果，达尔文却异常坚定地声称：“我确信将有一天将会证明地球的年龄比开尔文的古老得多。”同时又暗中咒骂开尔文是一个“讨厌的幽灵”。但正是这个幽灵，最终和达尔文一道被安放在威斯敏斯特教堂牛顿墓的旁边。
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现在已经知道伟大的开尔文计算结果是错误的，他忽略了地球内部放射性元素的作用，所以低估了地球冷却的时间，同时也大大低估了地球的年龄。
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更严酷的批评来自哲学界和宗教界，他们指进化论是“粗野的哲学”和“肮脏的福音”，并把进过教会学校的达尔文比喻为一个“魔鬼牧师”，甚至当成是“欧洲最危险的人”。重压之下，以至于剑桥大学图书馆禁止借阅此书。
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一时间风萧萧兮易水寒。
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也有相当一批教会人员站出来支持达尔文，不过他们采取的是和稀泥的调和手法。这种理论在美国特别流行，他们认为进化论与上帝并不冲突，正是上帝创造了能够自我发展的原始生命形式，甚至进化的策略也是上帝制定好了的，这样一来，进化论就成了第二因，与上帝互不侵犯。而且，这样一搞，上帝反而轻松了许多，他不必一个一个费心费神地去制造万种生灵了，他只需要制定一个生物发生和进化的原则就行了。可能有的时候还插手修改一下进化过程中出现的小错误，比如搞死一大批恐龙之类的小事情。
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