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纵观整个论战过程，可以发现一个有趣的表象。人们一贯认为这是一场科学与宗教的斗争，似乎这个理解是所偏差的。因为威尔福伯斯虽然是主教身份，但他打出的牌却是科学方法论，他利用的是他另一个身份，也就是英国科学促进会的副会长的身份对达尔文的理论提出挑战的。而赫胥黎也针对性地进行了回击。赫胥黎战胜威尔福伯斯，某种意义上说，貌似是一种科学范式战胜另一种科学范式的口水故事。科学哲学家拉塞尔（Colin Russell）曾就此总结说：“19世纪末在英国发展起来的科学与宗教的敌对关系，与其说是由科学事实对神学和有组织的宗教的威胁引起的，不如说是由新一代知识分子如何认识文化的领导地位问题引起的。”他们认为这是一场争夺科学利益和权力的战争。
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但在场的胡克的评价却是：“著名的1860年牛津会议，在赫胥黎的生涯中占有相当重要的地位。那不只是一个解剖学家反驳另一个解剖学家，也不是关于事实证据和抽象论断的论战，而是个人之间的才智之战，是科学与教会之间的公开冲突。”
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实质也正是如此，“牛津大战”确实是如假包换的科学战胜宗教的里程碑。因为威尔福伯斯主教身披的外衣虽然不同，但他想要打倒达尔文理论的本质目的却正是为了维护上帝的权威和教义的正统。他虽然没有把上帝请出来直接参战，只能说明他的手法是高明的，也是在那种场合下比较合适的方案，因为那毕竟是一场科学大会。
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经过这场论战，教会在科学界的影响急剧下降。1865年前三十年间，先后有四十一位教士担任英国科学促进会各五个专业委员会主席；而在1865年后三十多年间，只有区区三人占有了这些位子。
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这种影响还在继续，到了1996年，罗马教皇保罗二世（John Paul Ⅱ）致信教廷科学院全体会议，明确表示：“信仰并不反对生物进化论”，“新知识使人们承认，进化论不仅仅是一种假设”。对达尔文来说，这是一个迟到的声明，一百多年后，战争终于在对手那里分出了胜负。
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所以，达尔文研究专家摩尔（James Moore）以夸张的笔调称，这是继滑铁卢战役之后十九世纪最著名的战争。
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这场论战虽然以进化论大获全胜而告终，而且也在普通读者中造成了这样一种印象：科学是正确的，宗教是保守的，进化论是可以相信的。人们欢呼科学的胜利，希望科学能满足他们更多的好奇心。但此次论战隐约间提出的一个问题却摆在了所有人面前：既然生物是进化而来的，那么人是怎么来的？难道真的也是进化出来的？或者还是上帝情有独钟的手工制造产物？
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我们万能的人类，在生物界应该坐第几把交椅呢？
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这一次，轮到进化论内部吵成一团了。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 赫胥黎：根据解剖学研究，人类与大猩猩和黑猩猩等灵长类动物存在密切关系。换句话说，人类是从动物进化而来。
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女教徒：我的天啦，这是真的吗？
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赫胥黎：根据我们的研究，这确是真的。
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女教徒：让我们向上帝祈祷这不是真的。
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赫胥黎：很不幸，夫人，我不能骗您，也不能骗自己。
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女教徒：上帝！如果真是这样，我们希望没有更多的人知道这件事情！
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赫胥黎：……
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08 关于人的迷局，凡夫俗子或是天之骄子
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《物种起源》既没有研究物种的起源，更没有研究人的起源，他甚至都没有在书中明确提到人类可能起源于动物。当华莱士写信问他是否打算在书中讨论这一问题时，达尔文回信承认：“应该避开这整个主题，因为这一主题被太多的偏见所包围。”但达尔文仍然对这个问题有强烈的向往，并在《物种起源》中明确指出“人类的起源及其历史将被照亮”。人类起源及发展问题最终将得到完美的解释。
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谁来解释呢？当然不能靠神学家，他们那一套说法太容易，以至于没有挑战性，我们仍需要科学的解释。
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为此，达尔文一直在努力。
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早在达尔文之前，布丰就已提出过“人猿同祖”的概念。而达尔文在《物种起源》中也暗示了人类起源于动物的可能性。后来的学者们纷纷对此进行了诠释，赫胥黎于1863年出版《人在自然中位置的依据》，从解剖结构上论证了人类与大猩猩和黑猩猩等灵长类动物存在密切关系，一棒子把人类打入了动物王国。这一研究在全英国引起了轰动。当时一位虔诚的女教徒曾不知所措地说：“我的上帝！让我们祈祷这不是真的。如果真是这样，我们希望没有更多的人知道这件事情！”
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对此，达尔文曾不无愤怒地指出：“无知常常比知识更容易使人产生自信。正是那些什么也不知道的人，而不是那些懂得很多的人，才绝对地断言这个或者那个问题不可能由科学来解决。”
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吃一堑长一智的达尔文知道写书要快的道理了，从1860年到1872年十二年间把《物种起源》不厌其烦地修订了七次，并不断接见各地涌来的粉丝。此外还出版了十部专著，这些作品都以《物种起源》为中心对生物进化理论展开地毯式论证，其中比较有分量的是1871年出版的《人类起源和性选择》一书。关于性选择，将在后面专门讨论。
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