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不过达尔文充分肯定了美国所取得的成绩，他认为美国的进步与美国精神是分不开的，而这一切都是自然选择的结果。既然连国家都逃不脱自然选择之手，更别提个人了。
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这样绕了一圈，达尔文就把人类的社会现象纳入到他的自然选择体系中来了。
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马克思恩格斯他们肯定对这种说法不开心，他们需要把生物的人和社会的人分开来研究。如果硬要把社会的人也纳入到生物的瓶子里去观察的话，似乎无法洞见人的社会本性。
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但达尔文不管这些，他继续用生物学眼光来看待社会问题。他提出了一个严重的问题：如果是在不开化的原始部落，自然选择会非常有效地工作，不断淘汰体质不好病歪歪的个体，而把那些肌肉结实的家伙保存了下来。但进入文明社会以后，这些病人们却可以得到很好的医疗，那些白痴和残疾人等不健康的群体都没能顺利死去，穷人也因为得到了政府的援助而活得更长。达尔文因此而担心，长此以往，人类文明就会被这些本该被淘汰而没有被淘汰的病人们拖垮掉了。
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好在达尔文是一个绅士，他没有就这个话题进一步拓展，所以，冷漠无情的社会达尔文主义与他基本没有太大的关系。他只是寄希望于让这些病人们难以找到老婆或者丈夫，以此来缓解这一困局所带来的恶果。
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不过在他那里，似乎还有一个更大的困局，那就是兵役与战争。
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因为国家招兵往往都要结实的小伙子，然后在战场上大批被打死，留在后方的都是一些没人要的瘪三，可是他们却可以趁机弄到本来没有机会弄到手的老婆，而他们的儿女，将很难承担起建设国家的重任。
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达尔文还谈到了财产继承而带来的麻烦，有些坏孩子好吃懒做人品极差，有的甚至天生有病，这些人本应该在竞争中被那些健康的穷孩子们淘汰掉的；但是，因为这些坏孩子们有一个富爸爸，留给了他们一大笔财产，这样一搞反而倒过来了。这些坏孩子们不但没有被淘汰，反而吃香的喝辣的，讨老婆娶小妾，大的小的弄了一堆。那些本来应该在竞争中占有优势的穷孩子们反倒打光棍打了很长时间。于是，自然选择的原则也被破坏掉了，长此以往，人类总体的前景是不妙的。
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达尔文也没有因此而绝望：靠体力吃饭的年代已经过去了，社会的进步更多的是要依靠知识和技艺，自然选择在这个层次上仍然可以发挥余热。至于那些靠继承来的大笔财产而终日挥霍无度的无耻之徒，达尔文认为他们必将千金散尽，如果不能洗心革面，总有仰天长叹痛哭流涕之日。
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因为资料稀少，而且担心这些话题更容易挑起麻烦，所以达尔文把很多话都说得模棱两可，几乎看不出他到底站在哪一个立场上；而且他视野很宽阔，几乎把能想起来的话题都扯了一遍。这样一来反而带来了更大的麻烦，后来的研究者和一些思想家都在从他这里扯虎皮做大旗，包括种族歧视和性别歧视主义都在和达尔文理论套近乎，战争贩子更是把达尔文倚为好友，他们都认为自己的那一套理论完全符合达尔文主义的科学理论。另一方面，另一些思想家当然不愿坐以待毙，在他们眼里，达尔文又变成了一个彻头彻尾的种族平等主义者、男女平等主义者及和平主义者，他们为拥有达尔文这样一位伟大的同盟者而骄傲。这两方都拼命指责对方误读了达尔文。
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迈尔对此表达了自己的忧虑。他认为，自1860年以来，没有哪两个作者对“达尔文主义”这个词的理解是完全相同的，每位讨论者都只是接触了达尔文主义的一个方面，然后就自以为掌握了它的真谛。然后每个人只取对自己观点相符的一部分作出反应，拿来作为支撑自己理论的后盾。迈尔告诉人们，达尔文主义其实不是一个整体的理论，而是各种零散的理论组成的一个体系，这个体系中的一部分甚至会和另一部分相抵触，与此对应的是，这个体系中就算有些部分是错误的，也不会影响到整个体系的科学性。
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但有一点是肯定的，达尔文坚信无论从生物角度还是从社会角度看，人类都没有逃脱自然选择的黑手。人类这种自我感觉良好的动物尽管有感情、讲道德、重伦理、会诗歌、醉心于爱情和亲情，甚至富有牺牲精神，可惜无论如何，仍然只是笼罩在自然选择魔爪之下的可怜虫，听任自然选择的摆布，毫无还手之力，是纯粹的凡夫俗子，并没有得到上帝的半只青眼。
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逼着他写出了《物种起源》的另一位进化论先驱华莱士则不这么看。而要命的是，华莱士的观点代表了一大批学者的观点。
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不知是出于什么样的想法，本来达尔文是想把人类起源与进化的题目让给华莱士写的，并答应免费提供相关资料，但没想到的是，一向坚决拥护正统的生物进化理论，并自称比达尔文还要坚持达尔文主义的华莱士，在人的进化问题上却走向了另一条路，他不愿意把人纳入到自然选择的体系中来，他在人类的智力和灵魂等问题面前退却了，转而寻求上帝的帮助，变成了一个“唯灵论”者。
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唯灵论者主张灵魂和精神是世界的本原，他们宣称灵魂是唯一的，世界万物都是有灵魂的，连地球都有灵魂。所有万物的灵魂构成了一个“世界灵魂”，这就是上帝。所有一切小灵魂被这个大灵魂罩着。
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唯灵论并不新鲜，在各国都有粉丝，但在理论上进行系统化表述，则是发生在达尔文以前不久的事情。他们相信各人之间可以存在心灵感应，灵媒这一骗钱职业因此而有了高尚的光环。那个创作了神奇无比的福尔摩斯的写手柯南道尔（Arthur Doyle）就是一个有名的唯灵论者，可见这一理论影响之强大。
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华莱士本来并不相信唯灵论，也认为那是一种幻觉或骗局。但1865年7月，他不幸参加了一个朋友招集的降神会，亲眼见到了“神灵”的工作。不久，他又在自己家中对一位著名的通灵人进行试验，据说是看到了身肉体离地悬空现象。这件事把他彻底击倒了，只好向唯灵论投降了，并通过推理而把这一理论运用到了进化论中来。
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华莱士相信，人类具有独立于身体的灵魂能力，如若不然，很多现象就无法解释。比如他认为人类光滑白嫩的皮肤就是一个不可思议的奇怪现象，而且看不出有什么特别的好处，在自然选择中应该不占有优势，说不定还是一种劣势。
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更严重的是，华莱士认为人类过剩的智力在竞争中也没有多大用处，比如音乐和数学。特别是在原始社会，他看不出具有这种才能的人有什么道理会活得更好，当其他猛男都出去抢食物茹毛饮血的时候，一个在那里自我陶醉的音乐天才或者数学神童不被饿死就已是天大的万幸了，除非真的有上帝罩着他。
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华莱士并没有种族歧视的意思，他与达尔文不同，达尔文认为黑人很笨，而华莱士则坚信黑人一点都不笨，其智力潜能与白种人不相上下。也就是说，黑人经过教育，也完全可以取得与白人相同的成就，只不过黑人们还不会使用他们大脑中早已具备了的高端智能罢了。
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现在第一个问题就出来了，黑人既然有同样的智能，可是他们却没有从中得到什么好处，仍然生活在水深火热之中，这是为什么呢？此时华莱士的分析仍然具有科学性，他认为，这是因为过剩的智能在自然选择中不起作用。
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那么接下来是第二个问题，既然过剩的智能没多大作用，那么白种人也应该和黑种人一样过着愚昧而落后的生活才对。可白种人却把潜在的智能给利用了起来，又是科学又是哲学又是文学又是数学的，天上地下研究了个遍，这又是怎么一回事呢？
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问题提到这个份上了，回答起来也就简单了：上帝的引导呗。
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也就是说，华莱士尽管坚信通过进化和自然选择，人类可以获得现在的形体结构，但难以获得现在的智力成就，无法只凭自然的力量而建起一座华美的精神家园。必然有一种超自然的力量赋予了人类思考和灵魂，并且，只有人类具备这种独特的能力。
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必须指出，华莱士绝非笨蛋，他和那些思想懒惰的家伙们不一样，他思考得很勤奋也很辛苦，他也很激进，尊重女权，对社会主义理论非常支持，因为想的事情太多，以至于被看成是一个怪人。在自然选择的威力方面，他曾与达尔文有过激烈的争吵，华莱士主张自然选择威力强大所向无敌，所有生物的一切特性、哪怕是汗毛的粗细和蜗牛的壳内螺纹这样的小事，无不在自然选择的严厉监控之下并予以取舍夺杀。华莱士强调，如果生物表现出不适应性，那肯定是我们认识上的不足造成的错觉；生物体也不存在无用的器官，我们之所以认为那些器官无用，是因为我们很无知！
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