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华莱士在生物体色方面有独到的研究和贡献，正是他解释了大多数动物和植物的色彩问题。他把所有体色归纳为两类：一类起到保护作用，一类起到吸引作用，比如毛毛虫的鲜艳体色起到了警告捕食者的作用；长颈鹿身上的迷彩是另一个很好的实例；斑马精美的花纹也是为了更好地隐入黄昏斑驳的光线中去。这就是保护色。而鲜艳的花朵更容易吸引蜜蜂和蝴蝶之类的采花大盗，便于顺利开展传粉工作。这是吸引作用的重要表现。
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与达尔文眼盯着雄性的华丽色彩不同，华莱士另走他路，他盯上了雌性灰朴朴的装扮。根据保护色理论，雌性的暗淡色彩很好解释，因为它们往往需要呆坐着抱窝孵蛋，所以色彩不能亮丽，否则就是坐着等死。那么雄性的华丽行头也不是问题了。因为在华莱士看来，自然界天然就有五彩缤纷的倾向。在撤去自然选择力量的人工条件下，人们培育出了色彩斑斓的金鱼就是一个很好的证据。也就是说，长出一身艳丽的羽毛来并不难，难的是不让它们长出来。
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对于那些两性长得都漂亮的鸟儿，华莱士认为是因为是它们的窝做得比较隐秘，比如做在树洞里，所以雌性略漂亮点也不至于会死。而另一种现象也在支持华莱士的观点，就是那些雌鸟长得比雄鸟还要漂亮的种类，恰是因为雄鸟承担起了抱窝孵蛋的艰巨任务。
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然后华莱士又补充了体色的识别作用，比如特定的体色可以为动物提供识别标记。这样大家才能很容易地互相认出对方是不是自己人。否则一有不慎，交配时搞错了种，那丑可就大了。明明是一条狗，却天天去追求一只猫，这算是怎么一回事呢？无法互相识别的物种当然会被自然所淘汰。
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也就是说，华莱士认为雌性的朴素体色是为了自我保护，而雄性的亮丽体色则纯是自然本色表现，最多是生理活动时合成出来的色素副产品，有时具有一点物种识别作用，不需要过多解释。
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如果说华莱士已经搞定了雄性的亮丽体色问题，但他还得解决雄性动物的显摆举动，又是唱又是跳又是展现自己的华丽羽毛，具有明显的炫耀的性质，那又是怎么回事呢？
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华莱士不承认雄性的这些行为是在供雌性选择，因为有一些羽毛颜色很难看的鸟儿也照样有炫耀行为。他认为，这些无聊动作只有一种用处，就是消耗发情期积累的过多能量。青春期的少年喜欢惹是生非是基于同样的原理。还有一种现象特别支持华莱士的这一说法。如果一种鸟会唱歌，那么它的跳舞水平就很一般，反之亦然，因为只要有一种方法来消耗能量就已足够了——唱歌也是很累人的。特别是叫天子，边飞边唱。
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至于雌性，就算它们在欣赏雄性的炫耀行为，但那也只是纯粹的欣赏而已，就好比是在看一场免费表演。它们并不因此而作出某种选择。跳舞好看或者打扮华丽并不能当饭吃。华莱士并以人为例，女人可能会喜欢某个男人的小胡子，但不会只因为这撮小胡子而以身相许。就算女人会因为小伙子个子高长得帅而芳心大开，那是因为在个子高长得帅的表象下隐藏着营养充足和精力充沛的实际好处；但在达尔文那里就不这么看，他坚持女人就是为了欣赏美！
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但问题又来了，如果雄性不是为了炫耀的话，为什么它非要跑到雌性的面前去又跳又唱呢？华莱士的追随者们给出的解释是，因为处于发情时的雄性看到雌性时，受性激素的影响，此时心情最为摇荡。
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进一步地说，华莱士还提出了“累赘理论”对鸟类的长羽毛作出解释，而这一理论是如此地有吸引力，后来被进一步阐述，并用于成功解释许多现象，特别是对利他行为的解释极具说服力。
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累赘理论认为，雄性身上拖这么多啰里啰唆的东西，其实是一种暗示。它在向别人证明：就算我拖了这么累赘的大尾巴，我仍然能到处飞到处跑，而且不被天敌吃掉，这说明我本事大能力高，我强！
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总而言之，华莱士认为，雌性对雄性的选择，就好比是对一个筑巢地点的选择，或者是吃哪条毛毛虫的选择一样，并无特别之处。把所谓性选择单列出来与自然选择并行，纯粹是多此一举。
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也就是说，关于雌性选择的标准，华莱士看重实用性，达尔文则看重美感；华莱士坚持性选择顺应自然选择，达尔文则认为性选择与自然选择平行，同等重要。
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两人谁也不能说服得了谁时，只能求助于实验观察来做裁决，不过这种实验的要求很高。因为人为的设计往往会破坏自然条件，说不定也会影响到鸟的心情，实验结果就殊不可靠。达尔文想要动物园管理员拔掉几只孔雀的尾巴都是不容易的事情。他后来又设计了几个实验，都没有得到很好的结果。华莱士也同样以失败而告终。而在自然条件下观察到的结果往往又是差落不一，有的甚至互相矛盾，很难用一种单一的理论来解释所有的交配现象。
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剩下的路只有一条，继续争论。
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时光飞逝，在不断的争吵中，很多进化论的大师级人物都卷了进来。一百多年过去，仍然没有定论，但趋势是明显的，达尔文的性选择理论受到主要成员是男性的生物学家们的不同程度的抵制，他们很不愿意接受雌性选择这一概念。他们坚持：在各种形式的竞赛中获胜的雄性自然获得与雌性交配的权力。雌性在这个过程中并不作出选择。达尔文的支持者们在这场争吵中是处于下风的，但华莱士的追随者们也没有笑到最后。
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期间有一个反对性选择理论的重量级人物、现代遗传学的创始人摩尔根（Thomas Morgan）。这位大师用果蝇研究遗传学取得了前所未有的成功，得过诺贝尔奖，但他对遗传的依赖性有点过分，曾经一度不承认任何选择，无论是自然选择还是性选择。从他在果蝇中得出的结果来看，生物就只是突变、遗传，然后个体刷新，所以他认为遗传学应该取代自然选择在物种进化中的核心地位。不过他在1925年出版《进化论与遗传学》时，对进化论已经有了新的认识。
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摩尔根之所以坚决反对性选择，是基于部分生物学的性逆转现象。既然生物的性别都能转来转去的，那说谁选择谁，又能有多大意义呢？并且，他觉得达尔文根本不能解释清楚，为什么雌性会有审美能力。在这位实验大师眼里，“好品味”这种说法远没有“好理性”的说法站得住脚。
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再往后，当代进化论大师迈尔也对性选择理论持否定态度。
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似乎确实有大男子主义在作怪，一直到了1988年，才有一位男性生物学家穆勒（Anders Muller）用欧洲仓燕做了一个实验来详细研究性选择，并把结果发表在《自然》杂志上。这个实验被认为是性选择理论重振雄风的转折点。
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欧洲仓燕冬天在非洲度过，春天飞回欧洲，一群大约有八十只左右。到达目的地以后，雄鸟们就立马下手抢地盘然后勾引雌鸟。一旦人员凑齐，小夫妇就可以建房生孩子了。
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强调一下，这种鸟看起来是实行“一夫一妻”制的。雌鸟抱窝，但双方共同哺育子女。
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穆勒为了观察雌鸟到底有没有对雄鸟进行选择，他做了这么一件事情。
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一眼看上去，雄鸟的尾巴比雌鸟的长。穆勒认为，如果存在性选择的话，尾巴应该是标准之一。所以，他抓住四十四只雄鸟，并把部分可怜的家伙的尾羽剪短，剪下来的羽毛粘在另一些幸运鸟尾巴上。经过处理后，这些鸟的尾巴有长有短，有的对称，有的则被剪得乱七八糟，然后放手让它们去追女朋友。
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结果是有趣的，那些尾巴又长又对称的帅哥们果然受到了雌鸟的青睐。它们迅速找到了老婆并很快结婚下蛋然后还有时间再来第二窝。
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