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美丽可爱的鸟儿在华丽的外衣下也怀藏着一颗自私的心。它们之间的冲突无处不在，看似和谐的表面，实则是自私行为妥协的结果。山雀是夫唱妇随的一个典型代表，它们共同喂养子女，一家子看起来充满了动人的亲情。但仔细考察之下，则会看出潜在的问题：雄山雀在喂食中是很偏心的，它们对子女并不是一视同仁，而是看哪个孩子强壮就喂谁。一旦等到这些强壮的孩子身体长齐以后，雄山雀就不负责任地扔下所有未成年的孩子，断然离家出走，自己五湖四海地闯江湖玩去了。它在这个家里的任务也就此结束，雌鸟对此也只能洒两滴清泪、相忘于江湖而已。剩下来没长好的可怜的小鸟也就只能靠妈妈一人喂养了。
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但雌鸟是不甘心总做一个怨妇的，它必须设法尽量留住身边这个花心大少。因为总是一个人喂养剩下来的小鸟，危险实在是太大，倒不是怕西门庆前来骚扰，而是对蛇和夜枭之类的杀手放心不下。为此，雌鸟采取的策略是，它们总是等着把所有的蛋产完以后再一道孵化。这样，所有的鸟儿基本上可以同时出生，它的那个坏蛋老公就不好轻易离去了。因为雄鸟必须确认自己的部分孩子可以独立，所以只能留下来多住一段时间，与雌鸟共同哺育子女。
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雌鸟的这种心机，绝不比人类的半老徐娘们涂脂抹粉以苦苦留住良人的心机逊色半点。
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这种聪明的心机并不是动物的专利，那个众所周知的根瘤菌给人的印象似乎是永远老老实实地待在植物的根尖组织中和植物相依为命。可是，只要根瘤菌怠工，固氮能力有所下降，植物就会停止对其供氧，严重影响根瘤菌的生活质量。
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前面提到的蜜蜂社会，实际上也处处存在摩擦。工蜂也会偷偷试着自己产卵，虽然它们的卵都没有受精而且只能长成瘦小的雄蜂，但那毕竟是自己的孩子啊，所以他们会借工作的机会假公济私，在蜂巢中用自己的孩子替换蜂后的孩子并加以精心照看。蜂后对此也没有不闻不问，它常常巡视蜂巢，一旦发现此种情况，会立即把工蜂的卵吃掉。蜂后的精力毕竟是有限的，它无法洞察一切破坏行为。但蜂后自有对策，它尽量与不同的雄蜂交配，产下不同基因型的后代，让它们彼此监视对方，它们会无情地吃掉彼此的卵，这样蜂后不费吹灰之力就有力地控制了全局。经过这样折腾，工蜂产下的卵的成活率只有区区不到百分之一。
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但是，在故意制造事端的同时，蜂后也面临着和工蜂之间的摩擦会升级和失控的危险。为此，它会采取一切手段，以激素抑制工蜂的卵巢发育，或者把工蜂搞成残疾，甚至让它染病致死。其独裁的手段花样之多手法之狠毒，并不比人类的大独裁者们有丝毫逊色。
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蚂蚁社会里钩心斗角的竞争则更是复杂。如果要加以详细叙述，几乎可以写成一部昆虫版的《水浒传》。不过在表面上看起来，蚂蚁与蜜蜂的社会仍然是和谐的楷模，它们分工明确，等级森严，大家都在尽心尽力地忙碌着，共同营造着自己理想的天堂。
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其实，这种一边合作一边竞争是自然界的普遍法则。达尔文的不足之处在于过度强调竞争，所以他对合作现象非常担心。不过那不是达尔文的错误，在当时的科学条件下，遗传的机制和复杂性都没有被很好地认识，自然难以从科学的角度去加以解释。
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我们在为生物界普遍存在的利他行为欢欣鼓舞的同时，也不必为无处不在的自私目的而绝望。威尔逊认为，自人类文明发生以来，虽然人类社会的文化进化速度和作用远远超过基因进化的速度和作用。但基因进化对人类行为的进化有着重要影响，基因的差异导致社会行为的差异。基因进化与文化进化之间存在着协同关系，这就是所谓的“基因与文化协同进化”理论，正是这种协同关系决定着人类利他行为的进化与传承。基因虽然在试图控制人类的文化，但道金斯相信，人类是唯一可以依靠自身的力量摆脱基因的控制的物种，我们之所以成为“人”，可能正是因为我们在不断拥有这种能力。
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如果说达尔文对利他现象采取了回避态度的话，那他对物种大爆发和大灭绝现象，则简直是有点手足无措了。而寒武纪物种大爆发也一直作为神创论者手中永恒的利器，对进化论发起连番攻击。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 如果说生物进化是一个缓慢的过程，可是化石记录却表明存在物种大爆发和大灭绝现象，这个如何理解？
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达尔文：不会吧，是化石资料不全而造成的假象吧。生物进化的过程肯定是一个缓慢的渐进过程，如果真有物种大爆发现象，我就承认我的理论错了。
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赫胥黎：不要把话说得这么绝对吧，化石表明确实存在物种大爆发现象，这个可能需要新的解释。
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古尔德：我用间断平衡理论来解释，物种大爆发现象很好理解，而且和达尔文的理论不冲突。
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斯坦利：其实应该用收割理论来解释。
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众多科学家：算了吧，我们每个人都有一套理论来解释这个事情。
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达尔文：……
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11 大爆发与大灭绝，谁在翻云覆雨？
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达尔文在《物种起源》的第十章《论地质记录的不完全》中，曾小心翼翼而又非常明确地指出：“如果同属或同科的无数物种真的会一起产生出来，那么这种事实对于以自然选择为依据的进化学说，的确是致命的。”
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万分不幸的是，这种致命的故事真的发生了。而且在达尔文活着的时候就已经把他搅得头昏脑胀。因为在当时，寒武纪物种大爆发已经是一个让很多人津津乐道的话题了，特别是神创论者，更是把这个事情拿来作为上帝创造万物的有力证据。对此，进化论者必须作出解释。否则，如达尔文所说的那样，进化论将会死于寒武纪事件。而糟糕的是，在没有充分化石证据的前提下，达尔文却冒失地保证道：“如果我的学说是真实的，那远在寒武纪最下层沉积以前，必然要经过一个长久的时期，这时期与从寒武纪到今日的整个时期相比，大概一样地长久，或者还要更长久得多，而且在这样广大的时期内，世界上必然已经充满了生物。”
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达尔文虔诚地相信地质渐变论，然后在此之上，相信生物进化渐变论，并将生物分类学先驱林奈（Carl Linnaeus）的名言“自然不产生飞跃”当成座右铭，把大的物种突变看成是不可能的事情：一只蛇的蛋里面绝不会突然孵出一只老鼠来，老鼠也不可能生出一头大象来。不要说个体，就是像眼睛这样复杂的器官，也不应该是突然变出来的。在达尔文看来，对大突变的坚持，几乎就是变着法地支持神创论。为此，他在给赖尔的信中再次重申：“如果我的自然选择论必须借重这种突然进化的过程才能说得通，我将弃之如粪土。”
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前面提到过切过很多老鼠尾巴的魏斯曼，是达尔文的忠实追随者。他也坚持渐变论，他的逻辑非常明了：如果物种可以突然间变来变去的，那么物种就无法存在了，我们搞不清它到底是什么。
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赫胥黎对达尔文如此决绝的态度非常担心，他不能理解达尔文为什么非要过分关注进化的速率，即使生物进化得很快，自然选择仍然是正确的。但现在达尔文却硬是要下一个赌注，而且把赌注压在这么一个完全不必要的甚至可能是错误的假设之上，这有点让人不可思议。所以，赫胥黎建议达尔文不要把话说得这么绝，一点都不给自己留后路。他写信给达尔文善意地提醒说：“你这样毫无保留地接受自然界绝无大突变的观点，使你陷入不必要的困难之中。”赫胥黎清楚地看到了生物各大类之间缺少应有的中间型，他对这个问题也很头疼，但一时又找不到合适的理论来加以解释。可如果像达尔文那样，把所有责任都推给化石资料不全，不免又太过牵强。为此，赫胥黎不断劝告达尔文，为了更好地解释化石资料，应承认大踏步的跃进式的进化。
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