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也就是说，所有外部的因素都面临着这样那样的问题，看来生物内部的因素应该占有更重要的地位。
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1973年，霍普金斯大学的生态学家斯坦利（Stever Stanley）提出了“收割理论”。在斯坦利看来，一种草食或肉食的动物，就相当于一位勤奋的收割者，它们的出现和介入，给新生物的产生腾出了空间。就好比在大片的麦田中，只有麦子长得最好，其他杂草都受到了抑制；但当麦子被收割掉以后，其他各种杂草就可以乘机占领所有空间。寒武纪前铺天盖地的单细胞就好比是麦子，而第一个出现的吞食生物就是优秀的收割者。它们猛然发现这么多食物，无忧无虑地海吃胡塞，吃得太多了，迅速为其他物种腾出了生态位，于是产生了新生物。
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这个理论简单而漂亮，更重要的是，它不需要依赖生物以外的其他因素作出补充解释。后来，这个理论还受到了生态学野外研究的证实，在一个池塘中放进凶狠的捕食鱼，随着屠杀的进行，池塘中物种多样性却不断增加，大量的浮游生物渔翁得利，终于可以更好地苟且偷生了。相反，在一个成分复杂的藻类群落中去掉作为捕食者的海胆后，强势藻类就会作威作福，其他藻类受到了抑制，生物多样性因此而下降。
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也就是说，在科学考量的框架内，完全可以接受并解释那个所谓的寒武纪物种大爆发现象。从化石层面看，生物进化是可以走走停停的，这就是间断平衡理论的要点。
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间断平衡理论是由埃尔德里奇（Niles Eldredge）和古尔德在1972年提出来的。他们认为，物种形成的速度比我们想象得要快，起码比达尔文想象得要快，那并不是一个渐变积累的过程，而是一个集中爆发的过程。新的物种一旦形成，就会长期处于稳定状态，安心地过日子，不再向前进化，这个相对安静的过程会持续几百万年甚至上千万年，这就是“平衡”，然后会瞅机会再来一次突变，或许会出现另一个新的物种。物种进化的过程就是“平衡”不停地被“间断”的过程。
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看来生物进化也懂得“养兵千日，用兵一时”的道理。
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除了写专业论文进行论证和阐述外，古尔德还通过专栏文章用通俗的语言向普通读者介绍自己的理论。
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古尔德指出，“间断平衡”理论有两个重要的支撑点：首先，化石表明，物种呈现明显的稳定性，在地质记录中出现时和消失时的外形几乎相同，没有出现达尔文想到的持续变化。其次，也是极其重要的一点，新物种的出现是突然事件，而且一旦出现，就已经相当完备，根本都不需要进一步修改的样子。而这一事实又与达尔文的逐渐变化理论有所抵触。达尔文要求的连续的化石链条并没有如期出现，过渡生物迟迟不愿露面。为此，古尔德表示，要正确解释现有的化石现象，就必须抛弃“渐变论”。但他也反复告诉大家，这样做绝不表明他打算彻底干掉达尔文。
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“间断平衡”一经提出就受到了主流进化论学者的广泛认同。但达尔文的铁杆粉丝们对此很不高兴，虽然古尔德等人一再声称，“间断平衡”其实是对达尔文物种渐变理论的完善和发展，经典的进化论者仍然提出了很多质疑，渐变论者手中的救命稻草依旧是“化石发现不全”。
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反对者问道：如果物种在进化过程中真的存在所谓“平衡”期，也就是长期不变的“稳态”，那这个事情如何解释？毕竟，所有的观察都表明，每代之间都存在变异，没有哪个儿子和老爸是完全一样的。由于环境的天然不稳定性，想要让物种保持几百年的稳态实在是让人难以想象。但“间断平衡”理论对此并不担心，因为事实就是，化石确实表现出了稳态，甚至是现存的物种也都证明了稳态是铁的事实。我们的国宝大熊猫，就是物种稳态的一个有力见证。
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群体遗传学家给出了一个解释。他们认为，稳态之所以存在，是因为稳态受到了稳定化选择。局部自然环境一直喜欢这种形态，所以这种形态就一直生存了下来。就算自然不喜欢某种形态，但生物已经具备了一定的能力，它们会寻找自己合适的环境以躲避自然选择，比如果蝇不耐高温，当某地温度升高时，它们肯定不会坐以待毙，而完全可以飞着去找一个更凉爽的地方作为避难所。就这样，原来的稳态得到了保存。局部环境变化带来的危险就这样被聪明的生物所规避。
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但这种宏观方面的解释仍不足以满足所有人的好奇心，他们更关心的是，一个具体的生物，是如何从一个样子变成了其他样子的？难道它们真的不是以达尔文的渐变论为原则进行变化的吗？大的突变可以在分子水平发生吗？何以发生？
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分子生物学的发展似乎给间断平衡带来了不利的消息。从分子水平来看，化石上的稳态似乎只是一种假象，比如无肺螈的某些种与另一些种在表面上看起来差距不大，颜色、骨架和身体大小都差不多，如果不是专家，可能都分辨不出它们谁是谁。可是用关键蛋白质的序列分析进行比较时，却发现它们至少在六千万年前就已经分道扬镳了，根本不是一家人，完全是属于不同的种，甚至都不是同一个属，但在化石上看起来却好像是处于稳态中的同一个种。化石看起来都差不多。
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不过失望总是与惊喜同行，对生物发育过程中基因调控的研究取得了极大的成功，被广泛接受的HOX基因调控理论认为，所有的动物虽然看上去五花八门，但它们在分子水平上的调控却是基本一致的，而且手段非常简单。
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HOX基因又叫同源异型基因，专门调控生物外观形体，掌控能力非常强大，一旦HOX基因发生突变，哪怕是轻如蝴蝶挥动翅膀般的动作，也会带来意想不到的后果，身体外形会随之发生巨大改变，有时变得简直惨不忍睹。脚，完全可以因此而长到头上去！
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也就是说，如果不是HOX基因发生突变，而只是一些无关紧要的分子有了轻微变化，它们外在的形体是不会有什么惊人的飞跃的。三叶虫可以长时间地继续做它的三叶虫，或许身体的某个局部有些微调，但那仍然是三叶虫。不过一旦HOX基因出现突变，结果是不可预料的，我们完全可能认不出原来的三叶虫，因为它已经变成了其他生物。
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运用这个理论不但可以解释寒武纪物种大爆发，甚至可以在实验室里模拟物种突变现象。一些果蝇和斑马鱼等常规实验动物的身体已被科学家们折腾得乱七八糟了，甚至连鸡的翅膀最后可以发育成鸡腿，而鸡腿却变成了鸡翅膀，这只可怜的鸡肯定不会如我们人类一样尊敬那些科学家。
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当然，所有这些理论并不一定是对物种大爆发现象的真理性解释。随着科学的发展，肯定还会有新的理论出现，但所有这些理论都有一个共同的信念，那就是在自然的框架内解释物种大爆发现象。
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特别需要提醒的是，面对如此多的关于突变的理论，其实渐变论者仍然在坚持正统的达尔文的观点。此前比目鱼那两只处于同侧的眼睛曾被拿来当做是突变论的一个极好的例证，也就是说，比目鱼的两只眼睛是一次性完成从两侧到一侧移动的。而最近的化石表明，在两侧和一侧之间，确实存在着过渡的类型。比目鱼并不是一天形成的。
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有生就有死，如果说进化论者已经在某种程度上基本搞定了物种大爆发的话，那他们自然也要对物种大灭绝问题负责。所有的凶杀案背后都必有凶手，找出大灭绝的原凶自然是猎手们的基本任务。
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达尔文对于物种灭绝的态度仍然是极具逻辑性的。既然物种是慢慢发生的，那自然也应该慢慢灭绝，这是长期生存竞争的必然结果。因为不相信自然界存在大规模的杀伤性武器，所以，在达尔文的世界里，也就不存在很多物种突然之间发生大灭绝的概念。为此，他明确地表达了自己的想法：“一个种灭亡的速度一定比它出现的速度慢。”但其实他在当时就已注意到，海生的菊石类生物就似乎是在短时间内神秘消失的。
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根据进化理论，灭绝是必然的结果，自然选择就是靠这种方式在运行，大量不适者就是这样被干掉的。自然界存在一个正常的物种灭绝率，大致是一百万年灭掉八个科，遇到大灭绝时动作就大一点，一百万年间可能会干掉二十个科。《科学》杂志1986年载文指出，生物大灭绝的周期一般在二千六百万年左右，并且动物的灭绝与体重有很大的关联，体形越大的物种，灭绝得越快。食肉动物平均一个属的生存期是八百万年。小小的蚂蚁和蟑螂可以生存到如今，而横行地球的恐龙与猛犸象则早已化为尘烟了。
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换句话说，如果它们都不灭绝，我们人类又到哪里蹲着去呢？
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难以解释的不是灭绝，而是大灭绝。很多物种同时消失，这是达尔文不愿意看到的现象。他不愿意看到并不表明大灭绝就不存在，现在得到确认的至少有五次物种大灭绝。受到关注最多的当属二叠纪和白垩纪大灭绝，它们分别排名第三次和第五。一般估计，经过这几次折腾以后，生存过的物种有99％以上都已经彻底消失了。
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二亿二千万年前，二叠纪末期，发生了六亿年来最严重的一次物种大灭绝。大约有一半的海洋生物在几百万年内接连死去，90％以上的物种成队消失。纵横四海的三叶虫就是此次大灭绝的牺牲者之一。此后，大约在六千五百万年前，又发生了一次以恐龙灭绝为标志性事件的著名大灭绝，称为白垩纪灭绝。死去的不仅仅是恐龙，大量的海洋浮游生物再次殉葬。此次事件约有四分之一的动物纲被彻底从地球上抹掉了，物种的灭绝率也达到了85％。哺乳动物就是从那以后渐渐在地球上站稳脚跟的。
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