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这场骚乱没有马上平息，至少到现在还没有平静下来，而且仍有后续文章在发表。看来，如果达尔文主义者不能指出这个实验过程中存在什么设计上的失误的话，这确实是一个需要重视的问题。
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当然也有质疑的声音。怀疑者认为，要想真正断定这是定向突变，就需要进一步证明，突变了的细菌除了发生能利用乳糖的基因突变外，其他的无关的基因都没有发生突变，才能证明这是仅仅针对乳糖的适应性的突变。否则难下定论。而要做到这一点，就必须随时检测大量细菌的全部基因序列，当然这是不可能的任务。
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其他例外出现在天然的基因工程上。现代分子生物学的发展，已经使人类具备了在基因水平对细胞进行操作的能力，从而使细胞获得新的性状。这就是所谓的基因工程。人为的基因工程可以让细胞定向获得某种性能，比如提高一些有用蛋白的产量等等。然而，这种定向的突变因为是人为干涉造成的，当然不能算数。
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可是，近来发现，某些细菌竟然也有自己的基因工程，它们会对自己的基因作出一些操作，从而达到适应环境的目的，这就很有意思了。
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1994年，分子生物学家们培养出了一种新型细菌。这种细菌完全丢失了利用乳糖的基因，靠自身的力量是没法再利用乳糖了。但是，它们还有其他措施来解决这个问题，这就是质粒。
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这种细菌自身的基因虽然彻底失去了利用乳糖的基因，但在它的质粒上，却有一段利用乳糖的基因。不过不巧的是，质粒上的这段基因中间多了一个碱基，使基因实质上处于无效状态。理论上来说，这个细菌仍然没有利用乳糖的能力。
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但是，当把这种细菌接种在只含乳糖的培养基上培养时，情况发生了令人意想不到的变化。
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按常规来说，细菌还有另一种能力，就是把一些碱基给删除掉，这样处理后的基因也就是发生了突变的基因，往往会产生负面作用，影响细菌的生理功能，甚至造成死亡。所以，凡是出现了删除的地方，细菌往往又会用专门的蛋白质工具设法把它们补齐，受到伤害的细菌才有可能继续坚强地生活下去。这种删除工作基本上是随机进行的，而且修复也是随机的，并没有很强的特异性。
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也就是说，前面提到的那段多了一个碱基的乳糖酶基因有可能被随机删除的方法去掉多余的碱基然后恢复乳糖利用能力，但通过前面的分析可以看出，发生这种结果的可能性是很低的。首先，它必须正好删除那个多余的碱基；其次，细菌的修复系统不要再把被删除掉的碱基补齐。这两者都没有可控性，所以，出现预期的结果是很难的。
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但是，难并不意味着做不到。细菌就真的做到了。它们利用自己天然的基因工程技术，启动复杂的基因重组程序，其中涉及一系列的重组蛋白，最终成功的是把那个多余的碱基删除，然后在那个位点降低修复工作的效率，或者不修复，这样就得到了能利用乳糖的正常基因。整个细菌因此在那种贫困的培养基上生活了下来。
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所谓天助自助者，似乎在细菌身上也得到了体现。
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这说明了什么呢？这说明，细菌并不是只会随机突变，在某种程度上它主动控制了基因的突变，使细菌朝着对环境更适应的方向前进。
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而且，这些基因突变就这样成了细菌的“获得性”，如此一来，获得性也真的是可以遗传的。
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关于获得性遗传，在细菌与病毒层次上与复杂的机体有着特殊的含义。细菌的几乎每一个变化都是基因水平的变化，所涉及的性状改变当然都是获得性改变，而这些改变无一例外的，都可以遗传下去。细菌可以获得质粒上的遗传信息，并且也可以遗传下去。从这种意义上说，获得性遗传对于细菌和病毒而言是正确的。或者说，对于所有的细胞而言，都是正确的。
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然而，这又不符合严格意义上的拉马克主义标准，反而正是达尔文主义所强调的那种变化：在基因水平出现随机突变，然后面临着自然的选择。因为拉马克主义所要求出现的变化必须是针对环境而作出的变化，也就是前面一再强调的所谓定向突变。在这一点上，两者有着决然的不同。
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当然，关于这些研究成果的意义仍然存在着不小的争议，达尔文主义者仍然坚持着正统的理念，全方位的检测这些成果的科学性，要想就此得出定论，可能为时尚早。主流的科学界，目前仍拒绝拉马克主义。
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拉马克主义为什么不死？不单因为这一理论容易理解，而且因为这一理论隐含着某种“积极”的暗示。这种暗示甚至可以应用于人类社会，以不断引导人类社会向着正确的方向前进。这种理想是好的，但好的理想并不能带来好的科学。拉马克主义的科学基础是错误的，它把生物进化和适应解释为一个简单的过程，就是生物感受环境的变化，然后根据变化来调节自己的身体。如果天太冷，那么动物就会长出厚厚的皮毛来。
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达尔文主义则把这种事情分为两步，首先是物种变异，然后是自然选择，变异是随机的、无方向的，生物并不能预知环境将会起什么样的变化。所以，它们也不可能预先做出某种反应，它们只是盲目地变化然后提心吊胆地等待着，剩下的事情与它们无关，自然选择之手丝毫不考虑它们哀怨的眼神，合适的就留下来，不合适的只有被无情地淘汰。
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达尔文的过程虽然比拉马克的复杂并且也付出了沉重的代价。但这个过程，迄今为止，仍然是正确的。
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至于拉马克主义者，只能怀抱着美好的理想，继续不断地寻找与等待，等待着支持他们理论的证据出现。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 巴特勒：我们不希望在国立中学教授进化论，因为这不是一个科学知识，而只是一种科学假说。如果不服气的，罚款！
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斯科普斯：好吧，我讲了进化论了，来判我有罪吧。
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布莱恩：还真有愣头青，那我来作公诉人。
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