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但神创论者的水平也在提高，并演化出了好几个派别，其中有一派名叫“科学创世论”派，这是由一批基督徒科学家组成的派别，以莫里斯（Henry Morris）等人为首的一批科学家提出了“科学创世论”。他们以字面意思理解《圣经》，然后努力在科学上找证据加以支持。比如他们相信地球只有一万多年；化石是在大洪水时期形成的；人和恐龙曾共同行走在地球上等等，这些几乎显得愚昧可笑，根本不可能得到主流科学界的认可。但他们一本正经的研究却蒙骗了众多普通读者，得到了大量支持，这也是不争的事实。
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1981年3月13日，经过科学创世论者的努力，阿肯色参议院通过了“平衡对待创世科学与进化论”的议案，此即“平衡法案”；3月17日众议院也批准通过此法案，两天后经州长签署生效，并被命名为“590法案”。
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美国公民自由联合会对此立即作出反应，他们着手准备向联邦地区法院提起诉讼，这同样也需要一位起诉人，通过美国公民自由联合会的精心安排，最后以小石城的一位牧师麦克里恩（Bill Mclean）的名义起诉，因此本案又称“麦克里恩案”。
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原告方拥有十名专家证人，其中包括生物学家、神学家、地质学家和历史学家，著名的古尔德便名列其中。他们从各自的专业领域为麦克里恩的论点提供有力的专业支持。为了提高影响力，还拉上了当地五个教派负责人充当联合原告。
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几乎与此同时，路易斯安娜州也通过了一个与“平衡法案”类似的法案，但美国公民自由联合会没有精力在两条战线上同时开战，所以选择先对阿肯色州动手。
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起诉的理由中提到，“590法案”违犯联邦宪法，违背了美国政教分离的原则，并且缺乏世俗的立法目的，明显地在支持和偏袒某一宗教派别。“创世科学”自认为科学，而实际不是。科学是一个非常具有专业性的领域，不是谁想来说几句话都可以的。科学家们受过专业的训练并且取得了专业的成就，他们当然才最具有在本专业领域内发言的资格。关于生命起源的问题也一样，最有发言权的不是政治家，也不是宗教界人士，当然更不是民众，而是科学家。
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科学创世论也积极组织人力协助阿肯色州大律师对原告的指控一一进行了反驳。他们指出，“590法案”并没有支持或偏袒任何一个宗教派别。因为“创世科学”与“进化科学”的性质相同，都是关于生命起源科学模型，完全可以采用世俗的和非宗教的方式进行教学。这当然也不违背政教分离原则了。
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可以看出，在“斯科普斯”案中，双方辩论的是进化论到底算不算科学。而在“麦克里恩案”中，转而争辩创世论是不是科学。如果不是科学，本着政教分离的原则，它不可以进入课本在学校讲授；如果是科学，当然就有资格和进化论一样，在学校里进行讲解。这正是双方律师辩论的焦点所在。至于进化论和创世论的具体内容，不是他们关心的对象。
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1981年12月7日，联邦地区法院对这一案件进行了为期十天的审理。基于科学创世论采取的策略，争论的焦点也就在于判断“创世科学”到底是不是科学，或者根本就是一种宗教信仰。
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1982年1月5日，美国联邦地区法院法官作出判决，宣布阿肯色州的“平衡法案”是支持宗教的非法尝试，显然在用超自然的存在创造人类的观点来支持宗教观点，并且科学创世论已被进化论者证明为神话，允许在课堂上讲解相关内容就等于是在课堂中讲授神话，这是对教育的不负责任，应当取消。
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科学界因此而非常兴奋。《科学》杂志不惜全文发表判决书，大力宣扬他们的此场胜利。科学界还料想，这一结果将给取消路易斯安娜州那个法案提供司法范例，取消另一个“平衡法案”当非难事。
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但谁也没有想到，对路易斯安娜州的诉讼进程竟然一波三折，经历了比阿肯色州诉讼还要艰难的过程。
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本来，科学创世论在路易斯安娜州的第一次诉讼中已经失败，判决结果也与阿肯色州相似。但科学创世论者不甘心就此罢手，他们说服路易斯安娜州的大律师上诉到第五巡回法庭，要求撤销原判。巡回法庭三人调查组经过审查后得出了维持原判的决定。路易斯安娜州大律师仍然不服，进一步请求由巡回法庭的全部十五名成员重新听证此案。结果是，巡回法庭以八票对七票驳回了请求。
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虽然科学创世论者再次败诉，但他们从这个八对七的微弱劣势中看到了希望。因此，他们决定把此案上诉到联邦最高法院。
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1986年5月5日，美国联邦最高法院宣布将受理这个案子，这才让科学界和反对创世论的人们认识到了问题的严重性。如果科学创世论在联邦最高法院中胜诉，后果将不堪设想，因为最终的判决结果是不允许更改的。
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美国科学促进会为此开展了一场声势浩大的声援活动，由全国的七十二位诺贝尔奖获得者和十七个州的科学院及其他七个科学团体向美国联邦最高法院递交了联合请愿书。请愿书指出，所谓“创世科学”的实质，只不过是戴着科学面具的宗教。最终，双方律师在法庭上继续就“科学创世论”是不是科学展开了辩论。美国公民自由联合的律师抛开其他细节性的纠缠，以不容怀疑的论据向联邦最高法院的法官证明了“创世科学”的宗教本质，这就足够了。因为这样，如果在学校中讲授“创世科学”，那就违反了美国宪法第一修正案中禁止支持任何一种宗教派别的禁令。1987年6月19日，联邦最高法院以七票对二票的比例判处路易斯安娜州“平衡法案”为非法。进化论这才取得了惊险的胜利。
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不过这场战争并没有就此彻底结束。1991年，一本非专业人士写的全面批评进化论的《审判达尔文》出版，标志着“智慧设计论”也加入了反进化论的行列。而科学创世论者也始终没有放弃与进化论对抗的努力。也就是说，进化论已经是面对着多线作战的局面了。
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智慧设计论是一种比科学创世论更具有迷惑性的新形式的神创论。与科学创世论者的不同点在于，智慧设计论并不强求别人承认智慧设计论是科学，而是转而掉转枪口；攻击进化论只是一种意识形态和自然主义的哲学，而不是一种科学。因为进化论不是建立坚实的经验事实基础上的，而是建立哲学假设之上。与其他宗教一样，进化论也形成了一个宗教，相信进化论的科学家则是科学传教士。
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智慧设计论需要和科学创世论划清界限，因为科学创世论已经被联邦法院判定不是科学了，跟他们扯没什么好处。但他们当然也不必和科学创世论把关系搞僵，毕竟大家实质上都是统一在造物主的势力范围内的。智慧设计论提出了这样一种理念：只要相信超自然的造物主引发了创造的过程，并且按一定的计划和目的不断控制这个过程，那么大家就都是创世论者。
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智慧设计论与进化论斗争的策略与科学创世论相同，也是争取在学校受到平等对待。他们从法律角度还提出了一种新的借口，指责法院如果禁止学校给智慧设计论和进化论相同的教学地位，那就是“观点歧视”，是不符合法律精神的。
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智慧设计论有许多较有影响的学者参加，其中需要一提的是贝希（Michael Behe），他与其他非专业人士不同，这个人是美国一家大学的生物化学教授，并拥有生物化学博士学位，他的代表作《达尔文的黑匣子：生化理论对进化论的挑战》经过一版再版，在普通大众中造成了很大的混乱。
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贝希利用普通读者对生物化学和分子及细胞生物学的生疏，从生物化学角度揭示了分子水平上的精确的剪裁过程和细胞世界的复杂结构，那确实是一种奇迹，但是经典生物学可以解释奇迹。不过贝希不管这些，他硬是把那些精确和复杂的结构说成是进化论不可解释的存在，并给这些结构制造了一个术语，即“不可降低的复杂性”，比如植物的光系统，或血液凝集系统，或者细菌的鞭毛等，都具有这样的特点。这些系统中的每一个成分都是有用的，而且互相配合得很好，相互作用，组成了一个有机的整体，其间任何一个部分的缺失，都会使系统失效。为此，贝希举了一个著名的例子，把一些细胞结构比喻为捕鼠的鼠夹，鼠夹的每一个部分都不可能起到捕鼠的作用，只有把它们有机地结合起来才会行使特定的功能。是谁设计了鼠夹的各个部分并把它们一次性地组装起来的呢？只能假定有一个智慧的设计者才能解释这一切。这个智慧的设计者当然只能是上帝了。
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其实智慧设计论者并没有提出什么新的见解，不过是以往神创论所用技巧的翻新回炉布局。不过这些人都拥有博士头衔或教授职位，在撰写论著时也尽量使用科学术语，在引文规范和论证方式上也与主流学术的写作方式保持一致。这给普通读者造成了很多假象，严重影响了对知识本质的判断。
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这伙人最近很活跃，到处举办大型研讨会，努力通过各种手段扩大对社会公众的影响力，结果在社会上掀起了一阵阵反对进化论的浪潮。他们为了提升公众的信任度，甚至搞了一个《对达尔文学说的科学异议》公开声明，其中写道：对于随机转变和自然选择论解释生命复杂性的能力，我们表示怀疑。经过活动，大约有三百五十名科学家在这份声明上签了字。其实美国科学促进会的科学家人数达到十几万人，这几百个人并不能表明什么东西。但美国国家科学教育中心也跟着搞了一份针锋相对的声明，强调对于进化的发生以及自然选择是主要的进化过程，科学界没有严重的怀疑。在这份声明上签字的科学家有五百名左右，因为他们只接受名为史蒂夫的学者签名，以此表达对去世的坚定的进化论大师史蒂夫·古尔德的尊敬之情。
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不过智慧设计论还是在美国掀起了不小的风浪，以至于几乎在各州都有了反对进化论教学的提案，并且这种风头有愈演愈烈的迹象。以下是两个代表性的案例。
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