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时隔不久，宾夕法尼亚州多佛地区学校委员会又擅自公开发表声明，决定从2004年1月开始，该地区学校九年级学生会被告知，自然选择的进化论并不是完善的理论，智慧设计论完全有资格被当成另一种科学理论用来解释生命的起源和进化。这一声明以后，引发了多佛学区的11名学生家长和美国公民自由联合的联合诉讼，把学区委员会告上了法庭。多位科学界专家前往作证，指证该声明违法。美国科学教师组织也出面指责这一举动是“美国科学教育的悲剧”。
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宾夕法尼亚州联邦地区法院2005年12月20日作出裁决，认为智慧设计论从根本上来说仍是宗教理念，仅仅是创世论的翻版，而不是一个科学理论。判决书以严厉的语调指责道：在公立学校讲授智慧设计论不但违反宪法，而且还是一种“惊人的疯狂”行为，是极端无知的表现。
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学区委员会也很委屈，他们坚称那个声明纯粹是出于教育目的，而绝非宗教目的。这种辩解是没有意义的，那帮作出这个决定的家伙们后来在改选中全部被清除出了学区委员会。
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多佛只是个小地方，这个审判也没有费多大周折，但其意义是不容忽视的。因为在2005年，美国有大约25个州立或学区委员会曾经考虑过要在学校讲授智慧设计论。以至于道金斯哀叹说，美国正处于空前的科学黑暗期。
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智慧设计论和科学创世论者的所作所为终于让科学界忍无可忍。2006年6月23日，多国科学家联合签署一份声明，对其发动了一轮最为猛烈的抨击，指责这些人正在混淆关于生命起源的知识，并试图隐瞒和否认在这一问题上取得的科学成就。
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道金斯抨击智慧设计论就好像地球是平的理论一样，是不值一驳的胡扯。但这些人瞎折腾一气，会给民众造成一种假象，似乎有两种学派：一派是智慧设计论，一派是自然选择的进化论。这种错觉是一种严重的误导。
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然后道金斯还讽刺地责问智慧设计论者：是谁设计了设计者呢？
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看了智慧设计论对美国造成的影响，英国的《自然》杂志也不能袖手旁观了。2005年4月28日，《自然》杂志专门就这一问题刊发了一篇社论。社论认为，许多科学家对智慧设计论的态度是不屑理睬。他们认为，把超自然的教义和科学混合在一起，是倒退到了自然哲学家们寻求炼金术之类的伪科学时代。然而，由于智慧设计论在美国大学校园里正日益流行，科学家们不应对此漠不关心。
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许多上过基础生物学课程的大学生是有宗教信仰的，而宗教信仰至少在表面上是和达尔文进化论不相容的。但教授们上课时却很少讲信仰与科学之间的冲突，这就使学生们把智慧设计论当作了调和宗教与科学的一条出路。社论认为，这不是一个好现象。因为智慧设计论正在用科学的方法寻找上帝存在的证据，它威胁到了科学的理性的核心。社论建议教授们应该引导学生去正确看待这个问题，不要被智慧设计论一时的表面所迷倒，而应该有自己的思考和判断，这也是教授的责任之一。
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《科学》杂志当然也积极关注科学与智慧设计论之间的论战进展，并把进化论研究取得的新成就列为2005年十大科学突破之首。这一研究成果就是证明了单一的基因突变足以造成生物大的飞跃，可以把一个物种变成好几个物种。这一研究解决了物种生成的问题，也是对神创论者的一个重要还击。
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真正的科学研究当然不会因为噪音而停止前进，现在还是让我们回过头去，看一看标志着进化论走向成熟的现代综合进化论的前因后果，那也是对神创论作战的有力武器之一。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 赫胥黎的孙子：我的祖父是达尔文的斗犬，我当然也不能闲着。生物科学发展的太快了，特别是遗传学和基因研究都取得了很多成果，不如我把这些成果综合一下吧。
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杜布赞斯基：我支持你。
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辛普森：我也支持你。
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迈尔：我们很多人都支持你，不如这样吧，我们成立一个委员会来解决所有问题，我们的宗旨是：自然选择是一切适应性进化的机制。进化论综合虽然不是一场革命，但显而易见它是达尔文进化论的最后成熟。任何新的发现都不可能对综合进化论的基本理论框架有突破性的打击。
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达尔文：真的是这样吗？我很欣慰……
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15 综合进化论，新的成果，新的内容
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很难对“科学”下一个科学的定义，科学哲学的哲人们忙来忙去，弄了很多理论，结果总发现他们连科学的划界和研究范式问题都搞不定。科学家们在用不同的方式从事着自己认为是科学的工作，演绎和归纳都被认为是有效的模式，甚至偶然的突发奇想也可能导致科学上的重大突破。爱因斯坦用相对论证明了牛顿力学的不完美，然后量子力学又发现相对论也需要提高。这里面只有一条主线是正确的：科学总在不断地自我完善和提高，在人类的不懈探索之下，会不断逼近事物的本质。进化论无疑也存在这一现象，当新达尔文主义者排除了达尔文所相信的获得性遗传等一系列错误之后，综合进化论则从更高层次上对达尔文主义进行了修订和完善。当然，这仍然不是最后一次。
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当年孟德尔的遗传理论被认可以后，所有的生物学家都在怀疑一件事情，达尔文的遗传理论破产了，那他的进化理论还能站得住脚吗？很多人转而过分依赖孟德尔的遗传理论，当时称为孟德尔主义，该理论相信遗传物质是颗粒状的，它们不会发生融合，只有遗传物质的突变才会遗传下去。所以获得性遗传是不存在的，这就从根本上击垮了拉马克主义。而更重要的一点是，孟德尔主义者相信是遗传物质的突变造成了进化。由于当时对遗传学的认识不足，导致他们对于一些染色体重排造成的表型上的严重突变非常吃惊。因此，他们认为新种的出现没有任何预备期，不作任何过渡，就这样突然出现。至于自然选择，作用并没有达尔文宣称的那么大。所以，孟德尔主义的理论又称突变论，用以修订达尔文所提出的渐变论。他们自以为掌握了生物遗传的本质，同时也洞察了生物进化的本质，所以有资格两面出击，一方面打拉马克的耳光，一方面又对达尔文进行嘲笑。
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大名鼎鼎的摩尔根是孟德尔主义的杰出代表，他用毫不起眼的果蝇在简陋的实验室里进行了大量的遗传学研究，并发现了好多突变现象，而且这些突变了的果蝇在他那偷来的牛奶瓶里长得很不错，为此摩尔根也误以为突变才是进化的真正动力，无论突变了的性状是否具有适应上的优势，都会在群体中扩散开来。自然选择的力量就这样被扔到了一边。当时摩尔根忽略了实验室里的培养条件并不能等同于自然环境，玻璃瓶里的正常生长其实只是一种假象，这些可怜的果蝇一旦回归自然，立马就会死翘翘，它们根本没有竞争的能力。
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著名遗传学家贝特森虽然是自然选择理论的忠实支持者，但却是一个坚定的孟德尔主义者。他不接受连续变异的重要性，坚持认为跳跃式的不连续的变异更为常见，也更为重要，生物的进化只能是跳跃前进的。
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在这些观念的影响下，那时很多人已经有了这样一种流行的看法，认为达尔文主义和拉马克主义一样，都已经过时了，可以被扔进历史的垃圾篓里去了。
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达尔文主义的忠实追随者皮尔逊等人则以生物统计学研究为基础，坚决反对突变论。他们仍然坚持，在生物统计的水平来看，生物变化的总体表现结果是连续性的，比如人的身高，总是呈现一个连续的变化趋势，这才是生物性状的正常现象，而那些不连续的变异，比如皱皮的豌豆相对于圆皮的豌豆而言，基本上属于无意义的变异，跳跃性的变化并不是生物性状的普通现象，达尔文逐渐的和微小的变化论点并没有错误。
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