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总之，以现有的研究表明，似乎中性选择确实是与自然选择并存的。
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1969年，木村刚提出中性选择学说的第二年，立即有两位美国学者对此作出了积极反应，他们发表了一篇“非达尔文进化”的文章。但木村对此表示了不同意见，木村强调，他提出中性选择学说，但并不表明将因此否定自然选择。只是强调分子水平上多数突变是中性的，而并没有说全部突变都是中性的。生物的表型，诸如形态、行为和生态习性等，仍然是在自然选择之下进化的。所以，中性选择学说只是在分子生物学较为发达的新的时期，对达尔文理论的补充和发展。
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看来，木村本人并无意推翻达尔文的自然选择进化论。
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但事实上的效果却是很严重的，连木村自己对自己说过的话都有点不信了，曾经又说过这样的话：如果分子水平的中性突变是正确的，那么表型水平肯定也有中性的变化。说达尔文自然选择学说是百分之百的正确，也许不切实际吧。木村还举例说：有的人鼻子高，有的鼻子低，这些性状对于生存来说，究竟有多大影响呢，不都是活得好好的吗？类似的例子还有人的指纹，所有人的指纹都不相同，但这种差异无疑也没有任何选择意义，当然也是中性的。木村认为这样的差异，对生存是既不好也不坏的。它们不会带来什么生存优势，也不致影响生活质量。
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如此说来，他不但否定了自然选择在分子水平上的威力，对表型水平的作用也是有所怀疑的。用这种眼光来考察表型，可以找出无数种中性性状，所以中性选择甚至大于自然选择。
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但用中性选择学说又很难解释表型进化，人与黑猩猩分开只有三百万年左右，可是谁都能看得出来，人和黑猩猩之间看起来有多大的差别。不过，这两者之间的蛋白质约有99.5％是完全相同的，正是那不足1％的蛋白质差异造成了人与黑猩猩的不同。如果分子水平的突变是可有可无的话，那么，这些差别又从何而来？
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这事一时之间很难有权威的定论。
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目前为止，对中性选择学说有三种类型的评价。其一认为，这确实是对达尔文的进化论提出了挑战，指出了在分子水平上达尔文自然选择理论难以解释的现象，并否定了自然选择对进化的重要作用。中性突变才是进化的主要动力，而自然选择只是起到一种被动的和消极的筛选作用而已。
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另一种观点认为，中性选择学说有一定的依据，但并不构成对达尔文的否定，相反，只是对达尔文主义的进一步丰富和补充。
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第三种观点则对中性选择学说抱彻底的怀疑态度，因为在基因水平上的所谓中性突变是否为真正的中性，在实验中很难加以确定。极有可能，那些我们看起来是中性的突变，实际上是有其确定的生物学效应的，只不过在现有的实验技术条件下，无法对其加以定量检测罢了。
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这其实是华莱士早年表达过的观点：如果我们难以理解某些生物性状的适应性意义，是因为我们的知识还无法认识到这一点。
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看来，中性选择与自然选择的关系问题，很长时间内仍将是各说各理的事情。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 反对者：你是一个种族主义者，性别歧视主义者，你是一个可耻的家伙！威尔逊：我冤枉……
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古尔德：没什么好冤枉的，你就是一个反人民的科学家。
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列万廷：其实威尔逊不懂遗传学，我才是真正的遗传学家，他错了。
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萨哈林：威尔逊说的都是一些神秘兮兮的废话，却拿出来当成科学。
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费伊：社会生物学只是一个空洞的口号，没有任何科学的内容。
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威尔逊：难道我真的错了？不会吧，我没错，我对人性的理解是正确的。
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达尔文：大概吧……
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18 社会生物学，新的综合，新的争吵
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威尔逊是古尔德在哈佛大学的同事，也是一绝代牛人，少年时盲了一只眼睛，耳朵听力也有问题，但这并不妨碍他在学术和科普写作方面成绩斐然。为了避开自己的身体缺陷对研究的影响，威尔逊决定重点研究自小就喜欢玩的蚂蚁。蚂蚁不像鸟类那样会飞得又高又远，只用一只眼睛就可以看清楚；而且蚂蚁不会叫，不需要用耳朵去听，只需要耐心地观察与分析。更重要的是，蚂蚁是一种社会性昆虫，某些行为与人类的社会性行为非常相似，这是蚂蚁值得研究的意义所在。
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对蚂蚁数十年如一日的研究，使威尔逊取得了辉煌的成就，成为了一位世界级的科学大师。他大力宣扬“生物多样性”的概念，是“社会生物学”的奠基人，还是美国总统的长期顾问，1996年被《时代》杂志评为25位最具影响力的美国人之一。评论称他“不只是一位世界级的科学大师，还是一位伟大的作家”。读他的《生命的未来》和《生命的多样性》等著作时，你会搞不清是在读一本文学作品还是科学作品，那是科学与文学结合的完美典范。而他的《论人的天性》和《蚂蚁》曾两度获得普利策奖，这不是科学奖项，而是报道性文学的最高奖。
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身体上的困难并不是威尔逊需要克服的最大障碍，他到哈佛大学工作时恰巧是DNA双螺旋的发现者之一沃森（James Watson）在哈佛最辉煌的时期。当时分子生物学独霸天下，甚至有人扬言说：只有一种生物学，那就是分子生物学。新锐的生物学研究者们对威尔逊这类博物学家们非常不尊重，他们以不屑的口气宣称：让集邮者回到博物馆去吧！在年轻人眼里，博物学家的工作只不过是类似集邮者在收集无数的动植物标本而已。为了争夺研究资源和资金，各领域的专家掀起了一场“分子大战”，这是新与旧的较量，分子学家们抢尽了风头，分子生物学的影响也越来越大，整体生物学研究渐渐成了让人遗忘的科学。
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