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但有的位置非常重要，不能随便变化，否则后果很严重。上面提到的镰刀形红细胞贫血病就是因为β亚基的第六位氨基酸上的谷氨酸被缬氨酸所取代造成的，纯合子的红细胞会因这一个氨基酸的变化而变得像把镰刀，结果运输氧气的能力大受影响，患者不到成年就会死亡，这种突变不受自然选择的喜爱。
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但也有例外情况，当体内的血红蛋白基因只突变了一条，而对应的另一条基因是正常的，这就叫杂合子。这样形成的红细胞反而具有一个意想不到的好处，可以抵抗疟原虫的侵袭，从而对疟疾有很强的免疫力。这在疟疾横行的非洲丛林反而显得尤其有用，正常的人都被疟疾迫害致死，而血红蛋白发生突变了的个体反而得以活命。这又是自然选择的结果，而不是中性选择了。
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也就是说，在分子水平上，明显地存在着自然选择与中性选择并存的情况，而且是中性突变占有绝对的多数，自然选择对此不起作用。但这也不是绝对的，而是一种相当复杂的情况。有时无害的中性突变在特定的情况下，也会遭到自然选择的打击。比如，有一种同功酶，也就是执行相同功能的酶，发生了一个突变，一种酶在33℃时失活，另一种酶则在44℃时失活。当环境温度在33℃以下时，两种酶都可以很好地完成各自的工作，这是典型的中性突变，每一种酶都没有选择优势。所以自然选择是不起作用的。但是，当环境温度发生改变时，达到了33℃以上但仍在44℃以下，适应低温的同功酶将失去作用，自然选择发挥了作用，这时就不再是中性选择了。
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很多动物都能自行合成维生素C，而人体不能，这是一次突变造成的。这一突变并没有给人类带来什么危害，因为在日常生活中，人们要食用大量蔬菜和水果，已经得到了足够的维生素C，所以，这一突变是中性突变。但是，在特殊情况下，比如航海远行或者受到严重监禁时，无法补充足量的维生素C，就要得坏血症。那是一种很严重的疾病，处理不好，是有送命的危险的。所以维生素C又有一个名字叫抗坏血酸。
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总之，以现有的研究表明，似乎中性选择确实是与自然选择并存的。
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1969年，木村刚提出中性选择学说的第二年，立即有两位美国学者对此作出了积极反应，他们发表了一篇“非达尔文进化”的文章。但木村对此表示了不同意见，木村强调，他提出中性选择学说，但并不表明将因此否定自然选择。只是强调分子水平上多数突变是中性的，而并没有说全部突变都是中性的。生物的表型，诸如形态、行为和生态习性等，仍然是在自然选择之下进化的。所以，中性选择学说只是在分子生物学较为发达的新的时期，对达尔文理论的补充和发展。
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看来，木村本人并无意推翻达尔文的自然选择进化论。
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但事实上的效果却是很严重的，连木村自己对自己说过的话都有点不信了，曾经又说过这样的话：如果分子水平的中性突变是正确的，那么表型水平肯定也有中性的变化。说达尔文自然选择学说是百分之百的正确，也许不切实际吧。木村还举例说：有的人鼻子高，有的鼻子低，这些性状对于生存来说，究竟有多大影响呢，不都是活得好好的吗？类似的例子还有人的指纹，所有人的指纹都不相同，但这种差异无疑也没有任何选择意义，当然也是中性的。木村认为这样的差异，对生存是既不好也不坏的。它们不会带来什么生存优势，也不致影响生活质量。
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如此说来，他不但否定了自然选择在分子水平上的威力，对表型水平的作用也是有所怀疑的。用这种眼光来考察表型，可以找出无数种中性性状，所以中性选择甚至大于自然选择。
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但用中性选择学说又很难解释表型进化，人与黑猩猩分开只有三百万年左右，可是谁都能看得出来，人和黑猩猩之间看起来有多大的差别。不过，这两者之间的蛋白质约有99.5％是完全相同的，正是那不足1％的蛋白质差异造成了人与黑猩猩的不同。如果分子水平的突变是可有可无的话，那么，这些差别又从何而来？
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这事一时之间很难有权威的定论。
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目前为止，对中性选择学说有三种类型的评价。其一认为，这确实是对达尔文的进化论提出了挑战，指出了在分子水平上达尔文自然选择理论难以解释的现象，并否定了自然选择对进化的重要作用。中性突变才是进化的主要动力，而自然选择只是起到一种被动的和消极的筛选作用而已。
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另一种观点认为，中性选择学说有一定的依据，但并不构成对达尔文的否定，相反，只是对达尔文主义的进一步丰富和补充。
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第三种观点则对中性选择学说抱彻底的怀疑态度，因为在基因水平上的所谓中性突变是否为真正的中性，在实验中很难加以确定。极有可能，那些我们看起来是中性的突变，实际上是有其确定的生物学效应的，只不过在现有的实验技术条件下，无法对其加以定量检测罢了。
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这其实是华莱士早年表达过的观点：如果我们难以理解某些生物性状的适应性意义，是因为我们的知识还无法认识到这一点。
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看来，中性选择与自然选择的关系问题，很长时间内仍将是各说各理的事情。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 反对者：你是一个种族主义者，性别歧视主义者，你是一个可耻的家伙！威尔逊：我冤枉……
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古尔德：没什么好冤枉的，你就是一个反人民的科学家。
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列万廷：其实威尔逊不懂遗传学，我才是真正的遗传学家，他错了。
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萨哈林：威尔逊说的都是一些神秘兮兮的废话，却拿出来当成科学。
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费伊：社会生物学只是一个空洞的口号，没有任何科学的内容。
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威尔逊：难道我真的错了？不会吧，我没错，我对人性的理解是正确的。
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达尔文：大概吧……
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