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图序—3 牛肺疫支原体（Mycoplasma mycoides）已经属于所有细胞当中最简单的那一类了，但它显然拥有毫不逊色于眼球的高度复杂性。（David Goodsell绘）
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不过，对于那些心急的读者，我们倒也可以提前说出整幅图景中最关键，也最能讽刺整个“钟表匠类比”的部分：威廉·佩利认为石头代表了简单，而钟表代表了复杂，生命是比钟表更复杂的存在。
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但如今看来最可能的情形，却是生命本身就源自各种石头：
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橄榄石，地球深处最常见的石头，能与海水发生持续的水化反应，给生命起源提供源源不断的能量；
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石膏和石灰，地球表面最常见的石头，能够形成错综复杂的矿物管道，给生命起源创造化学反应的条件；
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铁硫矿，地热活动形成的铁的硫化物，能够催化复杂的氧化还原反应，促成了生命起源时的新陈代谢。
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这些石头虽然如此平庸，但是在原始海洋深处，它们构成了最不平庸的立体结构。那是一些像海绵一样错综复杂的沉积物，四通八达的毛细管道在其中纵横交错。这个宇宙中最常见的两种氧化物，水和二氧化碳，就在其中以最巧妙的方式邂逅，并在这些石头的催化之下发生了层层递进的化学反应：简单的无机物变成简单的有机物，简单的有机物又组合成复杂的有机物，一些最复杂的有机物开始催化复制自己的过程，遗传、突变、自然选择，进化就这样悄无声息地开始了。终于，这些有机物进化出了一种隔离机制，可以把自己与周围其他的化学反应统统区分开来。
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事儿就这样成了，第一批原始细胞诞生了！
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所以，有机物的构成细胞看起来如此柔弱，却是由岩石孕育出来的奇迹。直到今天，每一个活细胞的内部，都还镶嵌着数以万计的“岩石碎片”，那是一些金属氧化物的微粒，仍然延续着40亿年前的化学反应，电闪雷鸣般地传递着自由的电子，以此维持着我们全部的新陈代谢。
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威廉·佩利如果知道了此事，该做何感想呢？他以为生命如同钟表，与从来就有的岩石根本不同，然而到头来，生命内部最复杂的地方，竟然也“从来就有”一块块石头！
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我们或许可以借一句俗话——“搬起石头砸了自己的表”。
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ [:1700256266]
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延伸阅读眼睛是怎样进化出来的？
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许多人看到眼睛的解剖结构都会不由自主地问：什么样的突变能从零开始，把顽肉改造成这样精密的光学系统？
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早在19世纪初，进化生物学刚出现的时候，这就是一个关键的疑问了。那个时候，人们连神经如何感知光照都不清楚，所以达尔文在写《物种起源》时也承认自己尚未找到可靠的解释，但他提出了一些极富远见的理论预言，在之后的100多年里它们无不得到了充分的验证：
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• 生物视觉器官的进化，始于有色素的细胞。
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• 在简单的色素细胞和复杂的眼睛之间，一定存在过许多处于“中间状态”的视觉器官，它们一个比一个复杂，也一个比一个好用。
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首先，生物的代谢活动往往会制造一些有颜色的物质，这些物质可以被统称为色素。而色素之所以有颜色，就是因为它们会吸收某种频率的光，将其短暂地转变为化学能，生物如果能够及时地捕捉到这些化学能，也就感知到了光。
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一个最简单的经典案例是眼虫。这类单细胞生物属于古虫界，既不是动物也不是植物，既能光合作用也能主动觅食，它们用鞭毛运动，而鞭毛的基部有一个小细胞器，被称为“眼点”，这就是它们名字的由来。
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所谓“眼点”，实际上就是一小滴类胡萝卜素而已，眼虫细胞内的叶绿体就可以大量合成它们，用于在光合作用里吸收蓝紫光。眼点紧挨着鞭毛，鞭毛又恰好是遮光物，当眼虫朝着不同的方向，鞭毛的遮光程度就会不同，也就让眼点接收到不同强度的光照，眼虫据此就可以积极地调节鞭毛的运动方向，游向明亮的地方，促进光合作用了（参见图序—4）。
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图序—4 六只眼虫。细胞里数不清的绿色小颗粒是叶绿体，红色斑点就是眼点，注意右下角那只，它的鞭毛很清晰。（来自Lebendkulturen.de）
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同样的事情也发生在人类身上：视网膜上满满当当地覆盖着感光细胞，感光细胞顶端有像烙饼一样层层叠叠摞起来的内质网膜，内质网膜上密密麻麻地嵌满了视蛋白，这些视蛋白都含有被称为“视黄醛”的色素，这种色素实际上就是维生素A[3]的变体，它一旦接受了恰当波长的光子就会扭曲性状，从而触发各种蛋白质的一系列变化，最终形成神经冲动，传入大脑，让我们感知到光（参见图序—5）。
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至于为什么人们能看到不同颜色的光，那是因为不同的视蛋白能够让视黄醛吸收不同颜色的光，而每一个感光细胞都只集中镶嵌一种视蛋白，所以每个感光细胞都能像显示器的像素一样，给大脑传达一个点的颜色信息。而人眼的视网膜上大概有1.2亿个感光细胞，这么多的颜色信息点汇聚起来，自然就形成丰富多彩的视觉影像。（参见图序—6）
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不过，眼虫的眼点和动物的眼睛没有任何进化上的关系，要回答“眼睛是怎么进化出来的”，我们还要澄清很多事情。比如很多人认为“人进化出了人的眼睛”，然后质疑人眼周围是毫不透明的肌肉和骨骼，不可能突变出光通路需要的透明组织。但眼睛的进化历史要远远长于人类这个物种的进化历史，甚至长于所有脊椎动物的进化历史——它至少要追溯到所有两侧对称动物的共同祖先身上。这个共同祖先突变出了一个控制眼睛发育的关键基因PAX6，数亿年来，这个基因都没有明显的变化，把哺乳动物的PAX6基因切下来放在昆虫身上，昆虫照样长出正常的眼睛。