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图2—43 DNA与RNA的分子模型。(作者绘)
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就从本章开头那个得了诺贝尔奖的大发现开始吧。
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如图2—43,DNA有着一目了然的双螺旋结构,那互相缠绕的两条长链是磷酸与脱氧核糖聚合[7]成的骨架。而在这个骨架上,又整整齐齐成对排列着4种碱基,分别是胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)。它们的功能就像字母,沿着双螺旋的骨架一路排列下去,编码所有的遗传信息——不要担心4个字母不够用,计算机只有1和0两个符号,照样编码了辉煌的信息时代。
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实际上,我们早已清楚地破译了这些遗传信息的编码方式:在DNA上,每3个碱基构成一个密码子,每个密码子代表一种氨基酸,许许多多密码子依次排列下去,就编码了蛋白质的整个氨基酸序列。令人惊讶的是,时至今日,地球上的一切生命,用的都是同一套标准遗传密码。也就是说,随便拿来一串碱基序列,它在人体内编码了什么样的氨基酸序列,对于蜘蛛,对于萝卜,对于海带,对于蘑菇,对于大肠杆菌,甚至对于流感病毒,也编码了同样的氨基酸序列——显然,这套遗传密码是从末祖那里继承下来的。[8]
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但值得注意的是,4种碱基,每3个构成一个密码子,满打满算能够编码64种氨基酸,但实际上,标准遗传密码只编码了20种氨基酸[9],所以大量的密码都是重复的——在第四幕,我们会对此事展开很充分的讨论,探索其中隐藏了什么样的古老秘密。
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至于RNA,基本结构与DNA双螺旋中的一条链一样,也用同样的碱基序列编码了各种遗传信息,它们的不同之处只有两点:RNA的骨架由磷酸与核糖聚合而成,4种碱基中的胸腺嘧啶(T)换成了尿嘧啶(U)。但U与T的结构差异也只是U比T少了一个甲基而已,这两个碱基在遗传密码中的含义是完全一样的。由于RNA才是蛋白质的直接模板,所以我们记录遗传密码时用的是RNA的U,而不是DNA的T。
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当然,蛋白质里的遗传信息就是从头到尾的氨基酸排列次序,这没什么可说的,我们只需稍微记住这样一点区别:氨基酸缩合出来的链条,首先会被叫作“肽”,两个氨基酸缩合的叫“二肽”,三个氨基酸缩合起来的叫“三肽”,少数氨基酸缩合起来的叫“寡肽”,很多氨基酸缩合起来的就叫“多肽”。而所谓“蛋白质”,是指一条或几条多肽折叠组合,获得了生物活性的产物。对此,本章第二篇“延伸阅读”能帮你更深入地理解其中的关系。
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静态的问题解决了,接下来是动态的:细胞是如何让遗传信息沿着中心法则的那些箭头,在这三种物质里流动的呢?是酶,细胞靠的是酶。
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图2—44 这就是标准遗传密码,中间是第1位,向外读第2、3位,对应着它们编码了哪一种氨基酸。另外,5’表示密码的开头,3’表示密码的结尾。(作者绘)
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图2—42的每一个箭头都有专门的酶来催化,但这些酶个顶个地复杂。如果要挨个儿介绍它们,这本书就会变成一部分子生物学简明教程了。所以,我们将略过这些具体的酶,等到在本书随后的章节中遇到的时候再随缘介绍,在本章剩下的部分里,我们只简述一些大概的原理。
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首先,再次观察图2—43中DNA的双螺旋,我们会发现它不光有两条旋转的骨架,在这骨架之间,还有许多平行的短棍,好似梯子的踏脚——因为这四个碱基中的A和T、G和C刚好能以平行的氢键配对结合起来,而双螺旋两条链上位置相对的两个碱基,一定刚好是这样的一对碱基。如图2—45所示,这被称为“碱基互补配对”。
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图2—45 DNA的碱基互补配对。RNA的碱基互补配对与此一样,只是T换成了U,而且A与U同样可以配对。(作者绘)
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图2—46 双链DNA的复制示意图,为了表现清晰没有把“螺旋”画出来,用平行代替了。(作者绘)
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所以,只要知道一条链上的碱基,就同时知道了另一条链上对应的碱基——这不但给DNA的碱基序列赋予了更高的稳定性[10],可以在世代延续中稳定传递遗传信息,还给遗传信息的复制带来了巨大的便利。
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如图2—46,在DNA复制的时候,一系列的酶会将双链拆解成两条单链,同时根据碱基互补配对原则,用只有一个碱基的DNA单体与这条单链结合,再连缀成新的链条——事儿就这么成了,一条双链DNA就变成了两条一模一样的双链DNA。不过,好奇的读者可能会注意到,两条子链的生长方向刚好相反,这的确是个大问题,这在第四幕里有重大的意义,但同样要到第五幕才能具体讨论它的细节。
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图2—47 转录过程的示意图。注意,通常来说,在每段双链DNA中,只有一条链上的碱基序列有意义。(作者绘)
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同理,在转录的过程中,DNA的双链也会被酶解开,但这次拿来互补配对的就不是DNA的单体,而是RNA的单体[11]了,由此形成的当然也不再是DNA双链,而是一条转录了遗传信息的RNA单链。
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上面这两种动作通常发生在细胞核里,但在某些特殊情况下,比如细胞被病毒感染了,也会大量发生在细胞质里——病毒还能强迫细胞用RNA复制RNA,原理和转录是一样的,只是把模板链换成了RNA而已;另外一些病毒要从RNA逆转录出DNA,虽然原理也一样,但细节变得有些复杂——这些特殊情况都在图2—42中用蓝色箭头表示了,我们暂且不考虑它们。
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