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那么,铁硫簇在这个过程中发挥了什么功能呢?
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这就有些微妙了。
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那个甲基被钴离子抢到之后,又会被另一个镍原子抢走,拿去与一氧化碳合成乙酰基。这样,钴离子又会重新不满,再次去甲基四氢叶酸上抢甲基,如此往复不断,就像接力搬砖一样,乙酰基就被源源不断地制造出来了。
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但这个钴离子并不是很有耐力,搬上一会儿砖就累得不动了。这是因为只有+1价的钴离子有搬砖的能力,而这样的钴离子具有很强的还原性,随时可能偷偷扔掉一个电子,变成不肯搬砖的+2价钴离子。平均下来,钴离子每搬100个甲基就会罢工一次,这实在是相当任性了。
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那么,怎么办呢?
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给它充电!
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如图3—15,钴咕啉铁硫蛋白中的四铁四硫簇就在离钴离子不远的地方[9],其中随时预备着能量恰到好处的富余电子,钴离子一旦扔了电子,还原态的铁硫簇就立刻再塞给它一个,使它永远维持+1价,永远有使不完的力气。所以,在这个钴咕啉铁硫蛋白里面,铁硫簇的功能恰似一块“蓄电池”。
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刚才说,钴离子抢到的甲基立刻会被另一个镍原子抢走,这个镍原子就在乙酰辅酶A合成酶上,而这个酶就负责催化图3—6中长分支和短分支汇聚的那个箭头,也就是倒数的第二个箭头。不过,这种酶总是与催化短分支的“一氧化碳脱氢酶”共同组成一个大型的复合酶,叫作“一氧化碳脱氢酶/乙酰辅酶A合成酶”。
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图3—17是这个复合酶的极简图示,它有着中心对称的结构,包括两对亚基,共包含7个铁硫簇。
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图3—15 钴咕啉铁硫蛋白的结构和催化过程图示。左半部的右上角是图3—6中最后携带着甲基的辅酶,在古菌那里是甲基四氢甲烷蝶呤,在细菌那里是甲基四氢叶酸。经过钴咕啉铁硫蛋白的催化,甲基转移给了钴离子。(作者绘)
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图3—16 钴咕啉的结构。图左是最常见的钴咕啉,维生素B12的分子式,图右是这类物质的三维结构。为了表现清晰,三维结构省略掉了所有的侧链。(作者绘)
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图3—17 一氧化碳脱氢酶/乙酰辅酶A合成酶的结构和催化过程图示。淡蓝色的是两个β亚基,即一氧化碳脱氢酶,粉色的是两个α亚基,即乙酰辅酶A合成酶。这整个酶是对称的,但虚线两侧分别展示了不同阶段的反应:左侧是二氧化碳被还原成一氧化碳,一氧化碳又通过管道扩散,与甲基结合,成为乙酰基的过程;右侧是乙酰基与辅酶A结合成乙酰辅酶A,最终离开的过程。虚线两侧的通道是沟通的,另外,这两个阶段的反应都需要氢离子,也都有水生成,但为了展示方便省略掉了。(作者绘)
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其中,两个蓝色的亚基组成了“一氧化碳脱氢酶”,负责催化乙酰辅酶A路径的短分支,共包含5个铁硫簇。两个红色的α亚基才是“乙酰辅酶A合成酶”,各包含1个铁硫簇,负责把一氧化碳和甲基组装成乙酰基,那个从钴离子上抢走了甲基的镍原子就在α亚基的铁硫簇里。
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要解释这个酶的工作原理,应该先从蓝色亚基,也就是一氧化碳脱氢酶开始。它的工作当然就是把二氧化碳还原成一氧化碳,这是5个铁硫簇相互配合的结果。其中直接负责还原二氧化碳的,是那对标着字母C和C’的铁硫簇。这个铁硫簇就是图3—8里第二行正中央的铁硫簇,它在一般的四铁四硫簇上额外塞进了一个镍原子和一个硫原子。在图3—9里,我们看到过掺杂了镍原子的硫复铁矿可以把二氧化碳还原成一氧化碳,这个铁镍硫簇催化的就是同样的反应。到目前为止,学界对其中的微观机制还没有形成统一的意见,但总的来说都与那个镍原子有很大的关系。镍原子很容易结合羰基,而一氧化碳基本上就是一个游离的羰基,图3—18是其中一种可能的催化机制。XVIII
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当然,还原二氧化碳是需要电子的,这些电子同样来自铁氧还蛋白。这个铁氧还蛋白会结合在图3—17正中间那个铁硫簇D上,把电子交给它,然后上下两个铁硫簇C和C’有哪个还原了二氧化碳,这对电子就通过对应的铁硫簇B跃迁过去。所以在这整个过程中,所有铁硫簇构成了一个挺复杂的电动机构:铁氧还蛋白相当于电源,铁硫簇D相当于插销,铁硫簇B相当于导线,铁硫簇C相当于剪断碳氧键的电动机。
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但这事儿还没完。像甲酰甲烷呋喃脱氢酶一样,这个酶的内部有一条狭长的通道,一氧化碳形成之后就会脱离,沿着通道一路扩散,进入红色亚基(图3—17),最终抵达乙酰辅酶A合成酶上的铁硫簇A或A’。这个铁硫簇同样含有镍原子,但结构还要复杂一些,如图3—8左下角所示,它在四铁四硫簇之外多了两个镍原子,一氧化碳扩散过去就会结合在其中一个镍原子上,而前文说过,从甲基钴咕啉那里抢走甲基的镍原子,也是其中的一个。你看图3—17的左端,带着甲基的钴咕啉铁硫蛋白就结合在这个铁硫簇附近。
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不过,这两个镍原子哪个结合一氧化碳,哪个结合甲基,目前还不明了。图3—19是一种可能的机制:那个顺着通道扩散过来的一氧化碳分子首先结合到其中一个镍原子上,另一个镍原子就从甲基钴咕啉那里抢来一个甲基;这个一氧化碳与甲基如此接近,立刻就会发生反应,组合成一个乙酰基,而早已结合在附近的“酰基专用保鲜车”,辅酶A,早已按捺不住,立刻把这个酰基接走了。XIX
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事儿就这样成了,乙酰辅酶A路径的长短两个分支也在这个铁硫簇A上汇合起来,整个乙酰辅酶A路径抵达了终点,二氧化碳被氢气还原成了乙酰基。
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图3—18 羧基嗜热菌(Carboxydothermus)的一氧化碳脱氢酶的铁硫簇C的一种可能的催化机制。从A开始,首先,它会结合一个从通道里扩散进来的二氧化碳,然后结合两个一同扩散进来的氢离子,将它催化成一氧化碳,最后接受两个来自铁氧还蛋白的电子,恢复原状。整个反应就是乙酰辅酶A路径的短分支。(作者绘)
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