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[6]我们在第六章的第二篇“延伸阅读”里提到过这种机制。
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[7]这里说“绝少”，是因为某些RNA确实会被修饰出一个T碱基来。比如转运RNA，仔细观察图4—9，你会发现那上面就有一个特立独行的T，我们会在之后的章节里遇到它们。
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[8]时至今日，仍然有一些专门感染细菌的病毒在使用含碱基U的DNA，比如谷草杆菌噬菌体φ29，它们会专门合成一种蛋白质，破坏枯草杆菌那种针对C-U突变的修复系统，然后用U碱基的DNA编码自己的基因组。
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[9]这个酪氨酸并不是独立的氨基酸，而是核糖核苷酸还原酶的多肽链上的一个酪氨酸残基，下面的几个氨基酸也都是这样的氨基酸残基，这里只是为表述清晰而去掉了“残基”二字。
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ 第十六章遗传密码的秘密
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遗传密码是哪里来的？
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在整个中心法则当中，遗传密码，也就是核酸上的64种碱基序列与20种标准氨基酸的对应规则，无疑是最复杂的那一部分。那么，遗传密码源自何处，就成了一个重要且困扰人的问题。
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但随着分子生物学研究的不断推进，我们渐渐地在遗传密码中发现了一些值得重视的规律，不同的研究者从不同的角度解读这些规律，得出了不同的遗传密码起源假说。特别应该重视的是，一些新兴的假说更加重视碱基序列与氨基酸在化学层面的直接联系，提出各种氨基酸很可能就是这些碱基催化羧酸的产物，这给解释转运RNA的起源提供了新的思路。
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在第六章里，我们很认真地讨论了“生命的信息”与“遗传信息”。如今一切生命的一切性状都由蛋白质的形态和功能决定，蛋白质的形态和功能由氨基酸的序列决定，至于蛋白质拥有怎样的氨基酸序列，则又由核酸中的碱基序列决定，世代相传。
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碱基序列与氨基酸的对应方式，就被我们称为“遗传密码”。在很大程度上，遗传信息与遗传密码的关系就像语言和书写系统的关系——遗传信息已经在地球上绵延了40亿年，遗传密码也已经被生命沿用了40亿年。
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而这也正是所有生命起源假说都不得不面对的最艰巨的难题：40亿年前，碱基序列是如何与氨基酸建立起严格的对应关系，形成遗传密码的？RNA根据遗传密码催化合成蛋白质的复杂系统，又是如何建立起来的？
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·冻结的偶然？·
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遗传密码是碱基序列与氨基酸的对应方式。具体来说，就是碱基每3个一组，构成一个“密码子”，对应1种氨基酸。碱基一共有4种，可以形成64个密码子，而细胞直接用于合成蛋白质的标准氨基酸却只有20种，所以遗传密码必然有所冗余，大部分的氨基酸都对应了多个密码子——这些内容已在第六章里详细讲述过。
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图2—44就是标准密码子的图示，所有已知的细胞和病毒，都是根据它建立碱基序列和氨基酸的对应关系的。这显然是一份来自末祖的遗产，也是我们追溯遗传密码起源的最重要的第一手资料。
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面对这样一份标准遗传密码，我们萌生的第一个疑问当然就是“密码子与氨基酸为什么会有这样的对应关系”，比如说，“GGU”为什么对应甘氨酸，“CUU”为什么对应亮氨酸，“GAG”为什么对应谷氨酸？
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对此，第一个重要的意见来自弗朗西斯·克里克，他是遗传学奠基时代的灯塔人物。1953年，他与富兰克林等人共同发现了DNA的双螺旋和碱基互补配对原则。1957年，他提出了中心法则的标准流程[1]。1961年，他又确定了密码子是3个碱基一组，连续且不重叠。在此基础上，1966年，人类破解了全部遗传密码，才得到了上面那份标准遗传密码。
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1968年，面对这份标准遗传密码，弗朗西斯·克里克提出，它的起源只是个偶然。碱基序列与氨基酸反正得有个对应关系，不是这样也得是那样，在生命诞生的极早期，不同的元祖完全可以有各不相同的遗传密码。但只有极少数幸运的元祖留下了存活至今的后代，如今所有的生命越发可能只来自同一个最幸运的末祖，当然就都偶然继承了其中的某一套遗传密码。而遗传密码又是遗传的根本，任何微小的变动都可能把所有遗传信息变成乱码。所以，这个偶然就被后世的每一个细胞严格固定下来，墨守成规，历经40亿年的进化也绝难改变。反过来，如果当年是别的元祖发展成了延续至今的生命，标准密码子就会是另一副模样了。
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原本只是一个偶然，但偶然在至关重要的地方，一旦发生就无法改变——这被克里克形象地称为“冻结偶然假说”I。
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当然，在生命这样的涨落系统上，我们几乎说不出任何绝对的东西，遗传密码也不例外。标准遗传密码固然涉及遗传的根本，但是某些不那么关键的冗余密码子，却可能在进化中出现一些细小的变化，成为“非标准遗传密码”。比如“UGA”在标准密码表里是“终止”，表示翻译结束，但在高等哺乳动物体内却编码了色氨酸；“AGG”本来编码了精氨酸，但在绝大多数真核生物的线粒体内却表示“终止”；而“CUG”本来是亮氨酸的编码，却在某些真菌体内编码了丝氨酸。
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凡此种种，囿于篇幅和主题，我们就不做过多的介绍了。但仍然要强调的是，非标准遗传密码虽然是些例外，但也只是标准遗传密码的极其细微的局部修改，而不是另外一套独立的遗传密码。所以，一切外星病毒感染地球生命的科幻故事，全都是无稽之谈。哪怕抛开生命的各种可能性全都不谈，后退无穷步非要假设外星病毒的遗传物质也是DNA和RNA，也用这4种碱基3个一组编码20种氨基酸，那也意味着超过1084种编码方案，这个数字恐怕比可观测宇宙中的原子总数还大，外星病毒与我们采用同一套遗传密码的概率实在太低了。它们要用我们的细胞制造有生化功能的蛋白质，就好像一个从来没有接触过中文的英国人要把“东边日出西边雨，道是无情却有晴”翻译成地道的英语，还要保留所有的平仄、韵脚和修辞，这是根本不可能的事情。
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在今天看来，冻结偶然假说在很大程度上是正确的，体现了一切进化现象的原则性问题。毕竟，进化建立在随机突变上，偶然本来就是进化的左腿。但是，进化又不是个纯粹的偶然，自然选择无处不在，所以密码子的起源又恐怕不是这么简单。如果把所有密码子与它们对应的氨基酸用不同的方式排列起来，我们又会发现，这三位密码子中的每一位都有独立规律。
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首先，早在20世纪70年代和80年代，生物化学家们就发现，密码子的第一位碱基与氨基酸的合成原料[2]有着显著的对应关系II：
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◆ 第一位碱基是A的7种氨基酸中，有5种的合成原料是α-酮戊二酸；
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