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至于这是怎样的两条RNA，如图4—48，有两种直观的可能。一种可能是，这两条RNA是同一条RNA重复加倍的产物，原本拥有相同的反密码子，但后面那条的反密码子后来丢失了。另一种可能是，它们本来是两条无关的RNA，只是偶然粘在了一起，只有前面那一条有反密码子。
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这两种可能都有各自的支持者，但对于我们的整个故事，前一种更加可信一些。这是因为，在上一章里，我们刚刚强调过密码子的第一位与氨基酸的原料有着显著的对应关系。我们姑且不论那种对应关系究竟是怎样建立起来的，但那一定是某种化学关系，是分子之间的直接接触。那么，如果转运RNA的前后两半原本长得一模一样，氨基酸与后一半的反密码子直接接触，就等于同转运RNA的反密码子直接接触，这就在信使RNA与密码子之间建立了直接的对应关系；如果转运RNA的前后两半有着完全不同的来源，那就不会有这种“等效接触”，也就很难解释氨基酸与密码子第一位的对应关系了。而且就目前来看，我们也的确在转运RNA的前后两半序列中发现了诸多可疑的相似之处IV，那或许就是40亿年的突变都无法掩盖的起源信息。
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然而，一旦接受了这个设定，接受了转运RNA是同一条序列重复加倍的产物，我们就会不可避免地得到这样一个结论：转运RNA原本只有现在的半个。然后我们会面对一个新的问题：半个转运RNA，还能发挥正常的功能吗？
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不仅能，而且特别能。
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首先，如果只看图4—49的左半边，你或许会以为把转运RNA剪成前后两段就像把一条鸡大腿竖着劈成了两半，好像要去片鸡柳似的，但事实并非如此，它是一根“琵琶腿”，也就是图4—49右半边绿色和紫色的那一部分，这在分子生物学上被称为“迷你螺旋”（minihelix）。
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图4—47 转运RNA内含子分布的几种情况。浅色的部分就是内含子，红色标记了反密码子。当然，第一种是最常见的。（作者绘）
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图4—48 两种解释的比较。二级结构的变化只是示意，不代表理论必然性。（作者绘）
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乍看起来，这和前面的讨论自相矛盾，因为对于转运RNA来说，这个迷你螺旋既不是前半个也不是后半个，而是“上半段”，但是对于千变万化的RNA来说，事情没有这么简单。
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如果不是要严格表达转运RNA上的碱基序列，在分子生物学的其他场合里，转运RNA的二级结构还可以画成图4—49的左边那样。这种画法能让它的二级结构与三级结构一目了然地对应起来，然后你会发现，连接迷你螺旋和反密码子的，就只是一个狭窄的“关节”——橙色、红色和紫色构成的那一点点。
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图4—49 转运RNA二三级结构的另一种画法，绿色的环与红色的环也有一些碱基互补配对，但这里省略了。（来自Yikrazuul | Wikicommons及本书作者）
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继续观察这个迷你螺旋，你会发现它是由后半个的后半段（CCA尾、受体臂的3’端、整个T臂）和前半个的前半段（受体臂的5’端）共同折叠出来的。那么仔细想想看：如果转运RNA的前半个与后半个是同一个序列的重复加倍，那么前半个的前半段就一定与后半个的前半段非常相近，所以前半个的前半段和后半个的后半段能形成的结构，单独的前半个或者单独的后半个也能形成，所以最初的半个转运RNA，也理应是这个迷你螺旋的样子。[1]
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当然，这个推测的依据不可能只有这么一段绕口令。2007年，比较了不同生命体内多达500种转运RNA之后，科学家们发现这个迷你螺旋在进化中更加保守，更加古老，显然涉及了更加根本的生化反应，而迷你螺旋之外的部分，却在进化中积累了许多突变，更有可能是后来形成的。V
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至于那个“更加根本的生化反应”，首屈一指的，当然就是与氨基酸特异性地连接的反应，也就是由aaRS催化的那个反应。然而，早在20世纪末，人们就发现aaRS识别转运RNA的时候并不看重反密码子，而更看重迷你螺旋，甚至把迷你螺旋之外的部分全都彻底去掉，aaRS也能给大部分的琵琶腿蘸上正确的氨基酸。这是因为不同的转运RNA并不只有反密码子不同，而是整个RNA序列都有所不同，所以迷你螺旋上带有关键的转运RNA识别信息也就不足为奇了。VI
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aaRS仅凭一个迷你螺旋就识别出转运RNA的种类，这似乎有些神奇，但转念一想，这又不是什么过分的事情。迷你螺旋是螺旋，DNA的双螺旋也是螺旋，如果后者能够稳定存储各种遗传信息，迷你螺旋当中保存着转运RNA的身份信息，也没什么好惊讶的。而且，尤其值得注意的是，迷你螺旋中常常存在不符合碱基互补配对原则的碱基对，比如就在图4—9中，仔细看，从5’端开始的第四个碱基G，竟然是与U配对的。这很可能是蛋白质出现之前的特征，因为那个时代的碱基配对还没有专门的酶来校订，粗糙得多，难免出现一些异常的碱基对。然而就像密码子因为担负了重要的职责而有“冻结的偶然”，琵琶腿上的异常碱基对也会因为关系到aaRS的识别工作而在进化中“冷冻保鲜”直到今日，如果敲除那些异常的碱基对，那些转运RNA反而失去了自己的身份特征，不能被aaRS识别了。VII
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更与这个猜想完美吻合的是，aaRS也分两步来识别转运RNA，“3’端域”负责识别迷你螺旋，“反密码子域”负责识别反密码子。而比较了不同生命的aaRS之后，人们发现3’端域竟然也比反密码子域更加古老VIII。这强烈暗示了这样一幅进化图景：RNA世界里起初只有迷你螺旋，只有3’端域，后来，迷你螺旋发生了重复加倍，在正下方折叠出了另一个凸出的反密码子臂，aaRS因势制宜也进化出了反密码子域。但反密码子臂和反密码子域的作用并没有前一对那样关键，在进化中也就没有那样冷冻，于是展现出了更多的变数，显得年轻了许多。
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那么，让我们再次总结一下对第一个问题的回答：迷你螺旋的3’端原先有一个反密码子，氨基酸就结合在那里，但是后来，琵琶腿加倍成了整鸡腿，一边是大腿根上有了新的反密码子，一边是3’端的反密码子变成了CCA尾，转运RNA与氨基酸的关系就变成了今天这个样子。
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可是，3’端的反密码子又为什么要变成CCA尾呢？
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因为CCA尾另有妙用。
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ [:1700256349]
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·基因组标签·
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20世纪90年代，针对转运RNA的起源，尤其是CCA尾的起源，耶鲁大学的分子生物学和生物化学家阿兰·韦纳，和他的妻子，同样是耶鲁大学知名的分子生物学家，南希·梅泽尔斯，合力提出了一个相当大胆但又颇具潜力的“基因组标签假说”（Genomic Tag Hypothesis）。IX在关于CCA起源的众多假说中，这个假说难能可贵地拥有较大的影响，在过去的20年中，几乎每一篇认真讨论转运RNA起源的论文都会提起这个假说。