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第七步，逆转录酶又将以剩余的PP序列为引物，根据杂交的互补链，把模板链的3’端补全成DNA。这个过程既有DNA复制，也有RNA的逆转录，而且补全后的模板链也变成了杂交链。
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图4—65 HIV逆转录的第七步。（作者绘）
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第八步，逆转录酶再次发挥水解活性，把模板链的PP序列和互补链的转运RNA序列全部切掉，模板链和互补链因此再次漂移滑动，模板链3’端的引物结合位点和互补链3’端的引物结合位点因此匹配结合。
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图4—66 HIV逆转录的第八步。（作者绘）
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第九步，逆转录酶继续补全模板链和互补链的3’端，终于，单链RNA彻底逆转录成了双链DNA。
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图4—67 HIV逆转录的第九步。（作者绘）
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可见，在HIV逆转录的整个过程中，人体的转运RNA担任了最初的引物，起到了关键的启动作用。同时，HIV的逆转录酶也表现出了逆转录酶、RNA酶和DNA聚合酶的三重功能。
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不过，读者可能会发现，如图4—67，最后的双链DNA要比图4—59里病毒的单链RNA在两头多出来一点。这多出来的部分并不是什么误差，而是一组非常关键的序列：HIV除了制造逆转录酶，还会制造一种“DNA整合酶”。这种整合酶就能专门识别这两头多出来的序列，结合上去，然后把这个双链DNA走私到细胞核里面去，接着把染色体的DNA切断，再把这段双链DNA续进去，重新接好。从此以后，这段病毒DNA就成了T细胞基因组的一部分，永远也不可能被清除掉了。T细胞将把执行这个病毒的指令当作自己的天职，不知疲倦地转录出更多的病毒RNA，这些病毒RNA又会疯狂盗取细胞的物质和能量，制造几百万、上千万的病毒颗粒，释放到细胞之外，去感染更多的T细胞。原本感染了HIV的T细胞，也终将耗竭而死。
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当然，只要HIV的携带者积极配合治疗，按时按量服用抗病毒药物，逆转录酶的工作就会被全面抑制，使HIV在携带者体内减少到可以忽略不计的程度，不影响正常的生活，甚至不具有传染性。
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[1]如果你想问为什么不是下面那半个的哑铃形的样子，那么除了下文的讨论，更显然的是，下面那个哑铃没有开头和结尾。
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[2]本书的作者在上海结识了一个出色的漫画家，笔名“我是白”。当作者写完了这一节，回头再看这一段，发现这段描写竟然与我是白的一则漫画故事符通合契，那则漫画，几乎就是这段文字的配图。如果你想看到这则漫画故事，可以在微博上关注“@我是白-”，在他的微博上搜“拼图”，或者买一本他的漫画集《游戏》（中信出版社，2019）。
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[3]核酸聚合酶根据产物类型分为RNA聚合酶和DNA聚合酶，根据模板类型分为RNA依赖性聚合酶和DNA依赖性聚合酶，如此组合起来，就是4种：RNA依赖性RNA聚合酶就是RNA复制酶，DNA依赖性RNA聚合酶就是负责翻译的RNA聚合酶，RNA依赖性DNA聚合酶就是逆转录酶，DNA依赖性DNA聚合酶就是复制DNA用的DNA聚合酶。
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[4]是的，逆转录酶虽然要把RNA逆转录成DNA，但是通常都要用RNA做引物，启动聚合，聚合完成了，再设法把开头的这段RNA剪掉，换成DNA。本章的第二篇“延伸阅读”也介绍了一些RNA复制酶，比如甲肝病毒和普通感冒病毒的RNA复制酶，自己就带了一个羟基，可以让第一个RNA单体挂上去，等聚合启动了，再把那个羟基解下来。
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[5]“CCA添加酶”是简称，这种酶的系统命名很复杂，是“CTP,CTP,ATP:tRNA cytidylyl,cytidylyl,adenylyltransf erase”，中文直译是“CTP、CTP、ATP——转运RNA胞苷酰胞苷酰腺苷酰转移酶”，但通常称作“CCA tRNA nucleotidyltransferase”，直译为“CCA转运RNA转移酶”。
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[6]在某些细菌细胞内，添加CCA尾的工作由两种酶负责，一种添加CC，另一种添加A，但这两种酶几乎一模一样，而且与其他细菌的CCA酶也几乎一模一样，显然是后来分化的产物，并不影响我们的讨论。但是，真核域的CCA添加酶与细菌的一样，却与古菌的不一样，这明显违背了第七章里三个域的进化关系。这类现象实际上并不罕见，与基因的横向转移有关，但讨论起来问题实在有些复杂，在本书里，我们只好忽略它。
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[7]这两段引文取自《金刚经》的两种汉译本，前者取自后秦鸠摩罗什译《金刚般若波罗蜜经》，后者取自唐朝玄奘译《大般若波罗蜜经·第九会能断金刚分》。
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[8]内含子有很多类型，现在认为剪接体是第二型内含子进化来的。
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[9]发生这种适应的时候，参与编码的氨基酸可能还非常少，少到不超过4种。因为我们说过，aaRS有两类，而这两类的关键区别，就是把氨基酸加在了末尾那个“A”的不同的羟基上。对照图4—6，I型aaRS把氨基酸加在那个“特别活跃”的2号羟基上，II型aaRS却把氨基酸加在用来连接磷酸的那个3号羟基上。如果这两类aaRS有相同的起源，那么这种分歧就可能发生在最初适应CCA尾的时候。有趣的是，根据本书刚刚写成时的一些研究，I型aaRS的始祖最可能对应着缬氨酸，II型aaRS的始祖最可能对应着甘氨酸，而前者又可能源自后者，同时，甘氨酸的II型aaRS还很早分化出了天冬氨酸和丙氨酸的aaRS，而这四种aaRS，恰好就是上一章里格外强调的G开头的4种氨基酸。
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[10]那些一时想不起“多肽”与“蛋白质”的关系的读者请看下去，在讨论生命起源的时候，可以认为多肽是比较小的蛋白质，蛋白质是比较大的多肽。但是在不同的语境里，它们也可能有区别。比如在通常的生物化学里，多肽只强调氨基酸序列而不强调生物活性，蛋白质则必须具有明确的生物活性，而且含有多个亚基的蛋白质将包含多个多肽。
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[11]我们确实发现某些蛋白质可以把自己当作模板，引导氨基酸聚合成与自己一样的蛋白质，达到“自我复制”的效果，这也是支持蛋白质世界假说的一大论据。
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[12]这本书的作者在客厅地上摆了一套3 000块的拼图，一直没有时间拼完它，搞得连地都没法扫。