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所以迄今为止，人类至少比较了三个域的930个物种，连同线粒体和叶绿体的这对螺旋，结果发现它们的肽基转移酶中心都惊人地一致，一致得可以重叠起来。循着我们在这一幕里的“经验”，我们已经清晰地感觉到，这又是末祖的遗传。于是，约纳特在2009年的诺贝尔奖颁奖现场的演讲稿中提出：核糖体最初的形态就是这两个对称的螺旋，除此之外层层叠叠的RNA与蛋白质，全都是在进化中逐渐附加上去的。
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ [:1700256356]
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·更多的螺旋·
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如果这里不断提起的“螺旋”二字让你回想起上一章的某些内容，想到了转运RNA的迷你螺旋，那你的确想到关键地方去了：如图4—72，肽基转移酶中心的两个螺旋，竟然与转运RNA如此相像。II
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图4—72 蓝色和绿色的是肽基转移酶中心的两个螺旋，橙色的是转运RNA，它们的三维结构可以很近似地重叠起来。（作者绘）
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最早注意到这种相似性的，是另一个优秀的以色列女性化学家伊拉纳·阿格蒙（Ilana Agmon）。她与阿达·约纳特一同在魏茨曼科学研究所[1]工作，是阿达·约纳特的研究小组里的重要成员，许多关于核糖体结构的突破性成果都凝聚着她的夙寐辛劳。在过去的10余年里，阿格蒙不但发现了图4—72里那种微妙的相似性，还在核糖体里注意到了另外一些蹊跷之处。
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想想看，我们已经有了转运RNA，也有了肽基转移酶中心，但要真的实现翻译过程，这还远远不够。因为如果只有它们，肽基转移酶中心就只能随机结合转运RNA，聚合出随机序列的肽链——当然，随机的肽链也未必完全无用，我们会在下一幕里看到一些关于它们的消息，但毕竟，我们期待的是真正的蛋白质翻译系统，所以还必须有别的东西能让信使RNA也参与进来，给转运RNA赋予次序，还要有什么东西能把这一切固定在恰到好处的空间位置上，这样才能成为一个实在的蛋白质翻译系统。
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在今天的核糖体里，许多RNA或蛋白质部件都参与了这两项任务。不过追究起来，负责结合信使RNA的关键结构是小亚基的“3’端附近结构”，把这一切固定起来的关键结构是大亚基里的“桥元件”。[2]在今天的细胞里，它们的位置关系就像如图4—73展示的那样。
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而阿格蒙注意到的蹊跷之处就在这里了，这两个结构竟然也是鸡大腿形、酷似转运RNA的螺旋结构！
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图4—73 蛋白质翻译系统的核心组件由一系列的L形螺旋构成。如图左，上方蓝色和绿色部分是肽基转移酶中心的两个螺旋；红色部分是核糖体大亚基的桥元件；紫色部分是核糖体小亚基的3’端附近结构，也就是图2—51中被比作“凳子”的小结构；黄色部分是P位点转运RNA，当然，A位点的转运RNA也是其中的主要成员，这张图出于方便没有画出来；青色的是一小段信使RNA。图右是这些组件在之前图示中的对应位置，大致地说，从左侧看图右，得到的就是图左。（作者绘）
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于是，在这些相似性的基础上，阿格蒙把约纳特的假说向前推进了一步，提出了一个精彩的蛋白质翻译系统起源图景——“L形螺旋组件装配假说”III。
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首先，在最初的RNA世界里，RNA都比较短，只有区区二三十个碱基，很容易凑巧成为“发卡”。
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在这里，所谓“发卡”是RNA最重要的基本二级结构。如图4—74，它是某些特定序列的单链RNA从中间弯折180°，与自己互补配对产生的二级结构。由于RNA的磷酸核糖骨架不能过度弯折，所以发夹拐弯处总有至少3个碱基不能配对，形成一个环，恰似老式的钢丝发卡，所以有了这个名字。另外，又由于这种结构配对的地方是个“茎”，不配对的地方是个“环”，所以又叫“茎环”。总之不管叫什么，那个配对的部分还会进一步的扭曲起来，形成螺旋状的三级结构，比如上一章里的迷你螺旋就是其中的代表。[3]
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出于各种机制，这些单体的螺旋又进一步组装成了大约70个碱基的L形的螺旋。有的状似鸡大腿，就是后来的转运RNA；有的可以拼成一个漏斗，就是肽基转移酶中心的那对螺旋；还有一些可以结合信使RNA，奠定了小亚基3’端附近结构的原型；又有一些可以把它们全都固定在一起，成为大亚基桥元件的雏形。
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图4—74 一个典型的RNA“发夹”或“茎环”。（作者绘）
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然后，通过某种随机过程，这几种关键的L形螺旋集结了起来，组装成了图4—73里那套精巧的原始蛋白质翻译系统：一端是留给信使RNA的滑槽，信使RNA可以搭上去轻松滑动；一端是肽基转移酶中心的漏斗，两个转运RNA的CCA尾可以伸进去让氨基酸聚合成肽链；中间是一座结实的桥，让两端保持了恰好的间距，转运RNA的反密码子刚好能与信使RNA的密码子配对，把信使RNA上的碱基序列与自己携带的氨基酸对应起来。
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事儿就这样成了，核糖体的基本结构成形了，RNA上的碱基序列被翻译成了蛋白质里的氨基酸序列！
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但是，正如我们在这一幕里不断发起的那个追问，进化也并非万能的，它不受任何意志的干扰，绝没有任何远见，只能是随机过程恰好形成了什么结构，表现出了某种优势，再由自然选择放大扩增。那么，在最开始的时候，究竟是什么样的随机过程，竟能把这些L形螺旋装配得恰到好处呢？
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ [:1700256357]
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·自发地组装·
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对此，阿格蒙的解释看起来有些惊人：最初，这些L形螺旋是出于热力学的稳定性而“自发组装”起来的。
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这多少会让人有些不解。从第三章开始我们就在讨论，在热力学第二定律的支配下，无序的结构不可能自发变得有序。那么，本来散乱的L形RNA，又何以自发组装成精巧的蛋白质翻译系统呢？