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1700262580 但是别忘了,电子分歧是要抵押一件值钱家当的——在产甲烷古菌那里,这件值钱的家当是一个“二硫键”(-S-S-),要合成这种化学键需要不少的能量,而如今经过电子分歧,这个二硫键当场就被切成了两段。那么古菌要想恢复这件家当,就必须制造另一种放能反应,才能把这个二硫键重新拼起来。
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1700262585 图5—25 古菌产甲烷代谢示意图,“Hdr”表示产甲烷古菌的电子分歧酶。注意中下方的“二硫键循环”,这个图示省略了许多东西,这一章结束后的第一篇“延伸阅读”会讲述更多的细节。(作者绘)
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1700262587 幸好幸好,那些铁氧还蛋白已经还原了二氧化碳,在乙酰辅酶A路径的长分支制造了很多“甲基”,如今只要再给甲基一个氢原子,把它变成甲烷,就能放出来一大笔能量。只要善加利用,这笔能量不但能赎回二硫键,还能把许多氢离子泵出细胞膜外,制造充足的氢离子梯度。
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1700262589 事儿就这样成了!产甲烷古菌有了独立自主的跨膜氢离子梯度,能驱动固碳作用和能量代谢,自然选择对此青睐有加,由此成为末祖的一个分支。
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1700262591 用另一种方案补充差异,图5—26是细菌产乙酸代谢的示意图。它们的能量转换氢化酶完全调转了过去,成为电子传递链的起点,这会消耗很多的铁氧还蛋白,所以它们电子分歧制造的铁氧还蛋白全都用在了能量代谢上。
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1700262596 图5—26 细菌产乙酸代谢示意图,“Hyd”表示产乙酸细菌的电子分歧酶,注意其中有两个“能量代谢”的过程。(作者绘)
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1700262598 这样一来,产乙酸细菌的固碳作用就没有铁氧还蛋白可用了,所以在细菌的乙酰辅酶A路径开头,是辅酶NADH还原了二氧化碳。而辅酶NADH因此变成了辅酶NAD⁺,又刚好可以用作电子分歧的抵押,在那里重新变成NADH。[2]III
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1700262600 不要以为细菌赎回抵押就一点儿利息都不用给。在乙酰辅酶A路径的起点,细菌改用NADH还原二氧化碳,但NADH有些“不够劲”,要想让乙酰辅酶A路径顺利走下去,还需要补充一些能量,所以,细菌的乙酰辅酶A路径还要额外消耗一份ATP。
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1700262602 但是这样一来,细菌就把好不容易合成出来的ATP给消耗掉了,遇上了能量亏空,所以,它们会把一部分乙酰辅酶A转化成乙酰磷酸。这种物质蕴含的能量比ATP还高,所以很容易通过底物水平的磷酸化,把磷酸基交给ADP,重新产生ATP,然后变成难以利用的乙酸垃圾释放出去——就像第十章讲述的那样。
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1700262604 事儿就这样成了!产乙酸细菌有了独立自主的跨膜氢离子梯度,能驱动固碳作用和能量代谢,自然选择对其青睐有加,由此成为末祖的另一个分支。
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1700262606 但是,我们刚才是不是提过“利息”二字?利息,是热力学第二定律在一切延迟偿还中的必然体现,细菌和古菌的电子分歧也不能例外。古菌那些赎回二硫键的甲基变成了甲烷,甲烷就是利息;细菌那些补偿ATP的乙酰基变成了乙酸,乙酸就是利息。这些利息本来也是古菌和细菌通过固碳作用辛辛苦苦制造出来的有机物,但是这些有机物已经放空了能量,变得过于稳定,再也不能被细胞利用,因此成了废物,不得不被细胞抛弃。
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1700262608 可见,所谓的“产甲烷作用”或者“产乙酸作用”,“产”根本是“浪费”的同义词,而且这浪费无疑是惊人的,古菌的产烷作用每制造1份有用的有机物,就会释放40倍重量的甲烷——这个星球上绝大多数的甲烷都是这样产生的;而产乙酸作用收获的总能量,更只有产甲烷作用的80%而已。
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1700262610 所以毫不意外,这些微生物都会抓住一切机会减免利息。如果环境中有什么富含甲基的物质,比如甲醇、甲醛、甲酸甚至乙酸,产甲烷古菌都会毫不犹豫地把那个甲基切下来,其中大多数都直接送去电子分歧里赎回抵押,让电子分歧以更高的效率给铁氧还蛋白充电;还有一小部分拿去乙酰辅酶A路径里制造有机物,这又减少了固碳作用对铁氧还蛋白的需求。这不但制造了更多的有机物,就连能量转换氢化酶也可以在充裕的能量供应下暂时调转方向,像产乙酸细菌的能量转换氢化酶那样成为电子传递链的入口了。实际上,今天的这个世界已经被形形色色的生命活动堆满了有机物,在河流湖泊的淤泥里,在反刍动物的胃里,在城市的下水道里,就已经到处都是甲基。所以如果你去搜索关于它们电子传递链的文献,就会发现产甲烷古菌的能量转换氢化酶在绝大多数的时候都像产乙酸细菌那样调转了方向,只有在深海热液或者火山湖底那些只有氢气和二氧化碳的地方,它们才会像图5—25那样过得拮据。
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1700262612 不过,那些眼尖的读者或许会看出一点儿问题:既然产甲烷古菌能够利用乙酸,那它们何不直接利用产乙酸细菌释放的乙酸?
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1700262614 当然可以!这样的事情时时刻刻都在发生。在数不清的微生态里,都存在着产甲烷古菌与产乙酸细菌的互利共生关系。产乙酸细菌释放出的乙酸如果不能及时清除就会干扰代谢,而产甲烷古菌却能把这些乙酸及时收走,当作养分榨出最后一点儿价值IV——记得吗?第七章里初次邂逅古菌的时候,我们就在牛肚子里遇到过这样的例子了。
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1700262616 这样的代谢联盟有着深远的意义,同样是在第七章,我们曾经提起过内共生理论:最初的真核生物大约出现在20亿年前,是细菌定居在古菌细胞里的产物,那个细菌后来就进化成了我们的线粒体——那么,当初那个细菌是怎样的细菌,古菌是怎样的古菌呢?
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1700262618 不同的假说给出了不同的备选答案,而在威廉·马丁的假说里,那个细菌就是一个能够利用氧气分解有机物,但是仍然会产出乙酸的细菌;那个古菌则与产甲烷古菌很像,能够继续利用这些乙酸,二者在互利共生之中距离越来越小,小成了负数,内共生也就发生了。V当然,这就是另外一个漫长的传奇故事了,如果你手中的这本书意外地销量很好,这本书的作者或许会拿出另外一年的光阴去写一本《复杂生命的起源》,但是在这不可预期的未来到来之前,你可以买来一本尼克·莱恩写的《复杂生命的起源》看一看,那里面介绍了白烟囱假说和它的后续故事。
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1700262620 写到这个自然段,我们已经介绍了白烟囱假说关于生命起源的整幅图景。40亿年前,大地之父与海洋之母的结合之处,耸立着碱性热液喷口,在那错综复杂的毛细管道内,氢气与二氧化碳,还有硫、铁、氮、磷等元素,在氢离子梯度的驱动下结合成了数不清的有机物。在那脉搏般起伏的热泳效应中,它们凝聚出了自我复制的RNA团体,又被封装成了原始细胞,生命的元祖——最初的进化就这样开始了。在那之后历经三个世界的变迁,末祖渐渐获得了脱离天然氢离子梯度的能力,进入了自由的海洋,也因此分野出了细菌和古菌这两个有无限可能的谱系。它们最初只是围绕着白烟囱继续利用氢气和二氧化碳收获能量。但是从洋中脊的深渊到浅海的水面,原始海洋不同的深度中还存在着各种各样极富熵增潜力的氧化还原对,氢气与硫酸根、硫化氢与亚硫酸、二价铁与硝酸根……乃至阳光本身,细菌和古菌给自己的电子传递链不断引入新的成员,就能像第五章结尾处说的那样,适应各种各样的环境了。
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1700262622 当然,它们也在此过程中进化成了各种各样的物种,各从其类,直到今天,事儿就这样成了。
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1700262624 但是等一等,生命起源的故事还没有最后完成——说好的DNA复制系统的起源图景,我们还一点儿都没讲!
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1700262626 生命的起源:所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的? [:1700256378]
1700262627 ·双链分拆·
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1700262629 这件“说好的”事情可以追溯到第七章。尤金·库宁在细菌和古菌身上发现了一个重大的悬疑:复制DNA的酶系统在细菌域和古菌域非常不一样,明显不是来自共同的祖先。库宁因此提出了这样一个推测:复制DNA的酶系统,也是细菌和古菌在进化中分别获得的。
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