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总之，人类生活在一个相当确定的世界里，所以我们制造的计算机也都设法规定了计算中的每一个步骤，由此得到了确定的计算结果，从算盘到手摇计算机，从台式计算器到超大型电子计算机，都是这样的。
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但是微观世界就完全不是这个样子了：生命离不开水，作为绝大多数计算的实施者，蛋白质必须溶解[2]在水中才有生物活性，可蛋白质分子一旦溶解在水中就会陷入不可预测的布朗运动。想想看，人类这种精密仪器的每个零件都有精确的位置，轻轻颠一下都可能坏掉，但是生命的计算元件却谁也不挨着谁，还在永不停歇地疯狂颤动，这不是太不可思议了吗？
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不可思议的还没完，一切生命活动都是化学反应，但在微观世界里从没有任何一个化学反应是确定的，哪怕“酸碱中和”这样看起来板上钉钉的事儿在这个世界里也纯粹是个概率问题：氢离子与氢氧根离子即便遇上了，也未必就会结合成水分子，就算结合成水分子了，也随时可能重新电离成氢离子和氢氧根离子——你能想象一个开关明明已经拨上去了，但它随时都可能自己跳下来吗？
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生化反应充满了“随机性”，根本不能像宏观世界里的计算机元件那样规定好每一步的动作。可是，任何细胞活动归根结底都是生化反应，如果不能规定每一步的动作，还怎么实现上一节里那种了不起的计算呢？那就不规定动作，由着它去，自己摆下冲不破的阵法，圈定最后的结果！
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他强由他强，清风拂山岗；他横由他横，明月照大江。
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——金庸，《倚天屠龙记》
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随机运动固然不可预测，但是可以被许多机制约束在有限的范围内，那么或迟或早，这些随机的过程也会得出正确的结果。打个比方，如果你在打台球，却发现台球发了疯，好似金色飞贼上了身，在台球桌上没头没脑地随机乱窜。如果不许用手抓，你该怎么让它乖乖进洞呢？
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有两个办法：要么，在台球桌上挖条挺深的沟，直通球洞，台球一旦掉进去了就出不来，只能在沟里乱撞，那它迟早会掉进洞里——这条沟，就叫“势阱”；要么，在台球桌上砌堵墙，把台球和球洞包围在很小的范围内，那么台球撞来撞去，也会迟早掉进洞去——这堵墙，就叫“势垒”。
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显然，势阱越深，阱底越窄，台球就越容易掉进球洞；势垒越高，包围范围越小，台球也越容易掉进球洞——这个“越”字，就是进化在过去40亿年里的一大主题了。
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好了，铺垫了这么多，我们终于可以说些具体的东西了。不过，在阅读下面几节的时候，你要记得提醒自己，我们看似在讨论细胞里的生物化学反应，但我们其实是在讨论“细胞如何让随机运动的结果服从明确的规则”，是在讨论“细胞如何让每一种物质处于恰当的位置上”，是在讨论“生命是如何实现了计算”。
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3.反应的方向
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生命活动究其根本都是生化反应，所以生命要计算自己，就是要让各种生化反应都遵从明确的规则。对此，首先要解决的就是生化反应的反应方向问题。
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任何一个细胞内部都溶解着几千几万种物质，这些物质可以发生的反应无穷无尽，但只有一小部分才会在生命活动中真实发生，以至于每一个学过生物化学的人都能描绘出非常具体的代谢路径图来。不妨拿来一个现成的例子：这本书的正文里涉及了不知道多少种辅酶，但是在乙酰辅酶A路径中，把二氧化碳还原成甲基的每一步反应都要由不同的辅酶搬运氢原子；而且，虽然二氧化碳可以被还原成许多种不同的物质，这每一步反应也总是精确地还原成其中一种。在这些形形色色的生化反应中，生命活动把“规则明确的变化”展现得淋漓尽致，那么，这是怎么做到的呢？
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酶促反应，当然是酶促反应。我们在高中就学过，酶通常是一些蛋白质，可以专一地催化某种化学反应，并且展现出惊人的效率，往往会比无机催化剂高效百万倍，甚至上亿倍，然而酶促反应为什么可以这样精确呢？或者问得具体一点，大家都溶解在水里，都在做疯狂的热运动，那么，每一种具体的酶该怎样从周围几千几万种物质里找到那种恰当的物质，再让它发生那种恰当的反应呢？
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势阱，给反应物“量身定做”的势阱。
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酶与目标分子结合的部位被称为“结合位点”，通常是一些凹陷。我们在正文中说过，组成蛋白质的肽链会反复地盘曲折叠，形成相当精致的三维结构，所以结合位点的凹陷形状总是与目标分子的三维形状高度吻合，并且能与目标分子形成一些氢键、静电、疏水之类的相互作用。这是一个再显著不过的势阱了，每当目标分子在随机运动中撞到一个酶，就很有机会掉进结合位点的坑里去，恰似那个乱窜的台球掉进了沟里。不要担心目标分子和结合位点有缘无分掉不进去，细胞里的酶可以达到惊人的浓度，这就好比台球桌虽大，却也到处挖满了沟，目标分子只要遇上其中一个就会掉进去，开始下一步的适配了。
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所谓“适配”，是同时提高效率和精度的好办法：随机运动的碰撞角度很难把握，如果结合位点的形状从一开始就极端精密，那么目标分子即便撞上来也可能因为角度差了一点儿而无法结合，所以结合位点的形状必须有足够的容错能力。但是，这种容错能力又不能太强，否则酷似目标分子的其他分子也可能同样卡在结合位点上，然而其他分子未必就能接受这个酶的催化，很有可能卡在里面再也出不来，让整个酶都报废了。[3]
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因此在进化中，目标分子与结合位点的结合并不是钥匙捅进锁眼里那样刚决严格地一步到位，而是一个动态的适配过程。起先，结合位点比较宽松，分子很容易掉进去，但二者还没有完成适配，酶还无法催化反应。但掉进结合位点的分子会继续在小范围内随机运动，这种振动会让结合位点轻微变形。那么，如果是其他的分子掉进结合位点，这些运动与变形就会使它们越来越不匹配，在进一步的随机运动中彼此分离；反过来，如果是目标分子掉进了结合位点，这些运动和变形就会让它们越来越匹配，最后就触发了那种催化反应。III
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至于“那种催化反应”是如何发生的，不同的酶有着不同的具体机制，如果要仔细讨论就会占去巨大的篇幅。这里只是概括地说，完成适配的酶与目标分子会结合得更加紧密，两者之间会发生多种多样的相互作用，这些相互作用会使目标分子摆脱反应前的稳定状态，而被“活化”起来，更容易发生反应。而由于蛋白质的三维结构非常精致，目标分子被活化的位置也就可以非常确定，于是乖乖地发生那种催化反应了。
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所以酶在哪里，那种催化反应就在哪里。所以细胞很容易做到这样一件事：在甲位置，甲酶催化了甲反应，产生了甲物质，而催化甲物质发生乙反应的乙酶却在细胞内的乙位置，所以甲物质只有经过随机运动，扩散到了乙位置，才能在乙位置上发生乙反应。
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仍以正文出现过的反应为例，三羧酸循环大部分发生在线粒体的基质内，但是如图2—13，从琥珀酸到延胡索酸的反应，那个由辅酶FAD拿走电子的反应，却是在线粒体内膜上发生的，因为催化这个反应的酶，就是镶嵌在线粒体内膜上的复合物II，那对电子可以由此直接进入电子传递链。
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可见，目标分子虽然到处随机运动，但如果能把某些酶固定在恰当的位置，就能让某些生化反应只发生在细胞内的特定部位上，这样一来，我们就自然而然地遇到了生化反应的“空间方向问题”。
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图增—18 六碳糖激酶专门负责葡萄糖、果糖、甘露糖等六碳糖的底物水平磷酸化。它的结合位点能同时嵌入一个六碳糖和一个ATP，然后将ATP的磷酸基移到六碳糖上。你可以看到，目标分子与结合位点起初结合得并不严丝合缝，而在它们动态的适配过程中，整个蛋白质的形态也发生了变化，最后，它们发生了恰当的反应。（来自ThomasShafee及本书作者）
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4.空间的方向