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科学家们花了很长时间才理解，我们是怎么从一个有限的基因组上，创造出可以和任何东西紧密结合的抗体的。某些从火星上来的东西会进入你的体内，但你自身能够创造出抗体应对。但是，你的DNA里不可能有足够多的信息，去创造出一个强大的结合点，可以结合所有可能的实体。弗兰克·麦克法兰·伯内特（Frank Macfarlane Burnet）给出解释就是我刚刚在上文中所说的。一般而言，这种说法行得通。
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但一个问题在于，免疫系统可能无法意识到出现了某个外来物，直到这个外来物急剧地繁殖自身才会发现。一个细菌每30分钟就会自我繁殖，所以当你被细菌感染时，细菌数量会快速增加。如果在细菌所处的地方，没有相应的细胞去应对，那就需要相当长一段时间，你的免疫系统才会做出反应。
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这是一个漫长的官僚主义过程，进行应对的相应细胞可以被描述为免疫细胞里的一个等级，它需要作出大量决策。需要决策的问题就是，是否需要作出免疫反应去对付那个急剧繁殖的外来物。如果需要，那要做出何种反应？你的免疫系统所采取的每一个行动，都会引发一些连带危害。首先这就是一件得不考虑的事情。这是一个严肃的决策。对于任何特别新的外来物，通常都需要几周时间，你的身体才会做出一个切实强有力的免疫反应。
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这个免疫反应会一直持续下去，直到很多抗体的受体都清空了为止。当系统觉察到出现多余的抗体了，它就意识到外来物已经走了。这就像是从前线打完仗的部队一样。大多数那些适合抗击外来物的细胞都是慢慢消失的，但也有少数会留下来，就像是保卫战果一样。它们被称作记忆细胞，所以，如果你一旦再次遭遇外来物，就会有至少1 000个细胞去对抗，而不是只留一个。通过这种方式，你能够让免疫反应更加迅速。
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我开始思考我们可以怎么去帮助免疫系统更好地做出反应。我突然意识到，有一些免疫反应在我们刚出生没多久的时候就有了，我们有力地将其保留了下来，它们随时准备行动。它们确定的目标在我们的身体环境中相当平常。其中一样就是所谓的“α-Gal表面抗原”，它其实相当简单，就是一个含有3个单糖单元的三糖化合物，能在实验室里被化学合成。我们的免疫系统有1%的部分正是服务于它。
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如果你能够用药物从化学上改变那些抗体，这样的话它们就能与其他东西结合，那会怎样呢？比如，和那些会感染你的病毒结合，而现在你想要对它产生免疫，那就不需要你的免疫系统去搞清楚你的身体发生了什么，医院的实验室就能弄清楚。如果有某个患者携带金黄色葡萄球菌，化学家可以安装一个连接器，这个连接器其实就是分子，它可以和葡萄球菌的某些部分在一个端点结合起来，又会在另一端去刺激α-Gal表面抗原。α-Gal抗体就会与α-Gal抗原结合起来，继而与葡萄球菌结合。这是一个很聪明的技巧，至今依然在发挥作用。这可以应用到任何表面有特殊物质的有机体上，所有有机体也都是这么做的。
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我们现在可以轻松地观察10或20种可以避开抗生素的有机体，去确定它们的表面蛋白质是什么。你总能发现一小点突出的碎片。就好像，当你观察一个人时，你会说：“这个人的耳朵很有趣，而且每当我看到他，他的耳朵一直是这样，如果我拿什么东西夹住他的耳朵，就相当于是拿能与一个α-Gal抗原黏合的东西去夹住，那我就夹住他整个人了。”这就是免疫反应的运作方式。它不会作用于整个有机体，而是找到一些突出来的特征。
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所以我就关注会出问题的有机体上面总会有的东西。葡萄球菌有一个整洁的小点，它有一个受体，当它在人体里时，这个受体专门用来寻找铁元素。其目的之一就是专门从我们的血红蛋白中挑选出血红素，然后放入葡萄球菌细胞里。它一直都在这么做。其原因在于，葡萄球菌必须和蛋白质互动，而这个蛋白质又是由葡萄球菌创造出来的，它要出来获得血红素并带回去，与之对接。葡萄球菌的这一特征总是在其表面呈现出来，也总是保留在其结构里。如果它和结构混淆了，比如说，发生了快速变异，那么，它就无法适于停靠蛋白质(1)，这个蛋白质就无法获得铁元素，也就无法在你体内生长，你也就不会遭遇葡萄球菌所带来的问题。
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由于全世界有上千人在研究广义上的葡萄球菌，关于葡萄球菌的结构化信息也在增多，我会说：“这里有一个肽，一个包含10个氨基酸的肽，看起来就像是一种松散的环。”令人感到奇妙的是，所有信息都在那里，你不必跑到实验室里研究。有些人可能认为这很烦人，但我发现这其实很有趣。我在寻找那些有害的有机体的致命弱点。
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一旦我找到一个可能的目标，同事们就开始去寻找相关的适体分子去与之结合。我们的系统里利用了各种核酸适配体，这是一类比较新兴的DNA或RNA，与这类DNA或RNA结合的分子，最初是以一种系统的方式发现的，这种方式就是指数富集的配基系统进化技术（SELEX），克雷格·图尔克（Craig Tuerk）大约在20年前就开创了这一技术，现在通过利用SELEX与其他方法，我们已经有了广泛的应用。
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核酸适配体会专门与目标物结合，而且结合得相当紧密，这也就意味着，它会只与目标物结合，而且是强烈地与之结合。这其实很复杂，但是化学家们经过漫长的探索，终于找到了应对方法。他们利用一种机器创造了单链DNA，而不是螺旋状的双链。我们需要一列已知的20个碱基在左端，还需要一列已知的20个碱基在右端。然后在中部我们需要30个碱基，它们都是从4个碱基中随机挑选出来的。这就意味着我们可以在一个试管里获得1018个不同的分子。
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其中有一些会和我们的目标物结合。它们会被一个小圆柱留存住，这个圆柱包含了很多被固定住的目标物的复制品。把不能结合的目标物去除，再利用聚合酶链反应，我们就能创造出数十亿个结合物的复制品。我们可以这样做，是因为我们知道它们在端点处有什么样的序列，这样我们就可以创造出短引子去匹配它们。现在我们完整地对一小部分序列完成了测序，有了这些测序结果，我们就能够对其进行大量的人工合成。尚待完成的，就是在适体上固定一个合成的α-Gal抗原，从而可以获得新的药物。以上就是理论上的操作原理。
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当我第一次开始去进行这项研究时，是在10年前，我们创造的分子在血清里一点都不稳定，而且有大量的酶会摧毁外来的DNA。在这种状况下很可能会发生这种后果：一旦我们把这种新药物放入动物体内，肾脏立刻就会对其产生排斥反应。
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得益于吉瓦·维韦卡南达（Jeeva Vivekananda）提出的一个建议，我们已经发现几个创新方法去固定住血液循环中的适体，不过目前这些方法还需要进一步的观察。不管怎样，我们也是用那些方法来解释其血清稳定性的运行原理的，事实上，在我们首次对活体老鼠做这个实验时，我们的目的正是使用药物来与致命因子炭疽毒素结合，那些老鼠被注射了致命剂量的炭疽，而我们又通过实验拯救了那些老鼠的性命。这是一次令人印象深刻的实验。我们重复实验了很多次都成功了，所以这个方法一定行得通。
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现在，我们开始去研究更有可能出现在医院里的有机体，比如葡萄球菌和流感菌。我们把目光放在艰难梭菌、绿脓杆菌和鲍氏不动杆菌上面，还有很多对抗生素产生耐药性的其他细菌上。我们也研究流感，它具有一种被称为M2e的小特征。在我看来，它相当有前景，因为我们已经完全确定了它创造药物的过程。
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很多不同的实验室已经在通力协作实现这一前景了。这不像聚合酶链反应那样简单。当我开创聚合酶链反应时，我可以完全靠一己之力完成。但是对于炭疽，你必须有一个实验室，否则你就会以自杀收尾。你还需要一个传染病实验室，你还需要和其他人合作，你们需要知道在医学方面怎样去繁殖小动物。这是一个复杂的过程。
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我个人所做的事情就是研究，借力于互联网，我可以独自在家做研究，这让我感到极为惬意。我不需要去实验室，我甚至不需要面对面与人交谈。不过我也穿行于很多实验室。曾经在圣安东尼奥市的布鲁克斯空军基地，我们完成了炭疽研究，现在我们正在研究几菌株烦人又危险的大肠杆菌。
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在研究过程中，很多杀死了不同有机体的药物同时也哺育了很多耐药菌株。它们自由地传递着小小的所谓的“质粒”（质粒包含有制造耐药性蛋白质的指令）。它就像是一个站在角落里发传单的人，而且不会只向同类发传单。这就是为什么耐药性传播得特别快的原因。
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当亚历山大·弗莱明（Alexander Fleming）最初发现青霉素的时候，他的老板阿尔姆罗斯·赖特（Almoth Wright）说，细菌会对此产生抵抗力。虽然这个过程确实如赖特所说的那样，但是比他料想的需要更长时间。那些药物都是有针对性的，它们不会让细菌对自己产生耐药性，因为它们不会去影响其他任何有机体。它们不会去招惹你的大肠杆菌，或者你嘴里、身体里的任何其他有机体。一旦它们从你的身体里出来，它们就不再起任何作用，这一点很重要。如果你注射了青霉素，你的身体也会排泄出一半青霉素。它们不会把所有目标物都杀死，但它确实会让那些目标物对青霉素产生耐药性。大多数对抗生素的耐药性，也许不是从我们身体里产生的，而是从其他地方产生的。
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我跟很多制药公司都说过这个概念，他们知道这是一个很不错的想法。我期望他们也会为这个想法埋单，但他们并没有。因为这不大可能让他们在第一年就赚上30亿美元，而这个数字正是他们的商业模式所要求的。他们喜欢的是能让人们每天都吃的流行药物。如果你需要2亿美元才能研制成功一款药，然后你又要10年左右的专卖权去进行营销的话，那么在这段时间内，对这一药物的耐药性或许就开始显现了，但是你始终对它拥有专卖权。
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这就是一个经济模型。但这并非一个优秀的长期战略，因为一旦身体对你的一种药物产生了耐药性，就会对同类所有药物都产生了耐药性，而我们制作出来的药物也就那么几种。所以我们正在耗尽抗生素。但是大家会也在积极解决这个问题。这是一件好事。我们将生产出抗生素型的药物。从它们不会杀死细菌的意义来说，它们不是真正的抗生素，它们只是渴求你的免疫系统去消灭自己，它们会说：“吃了我！”
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2010年3月17日
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(1)停靠蛋白质是信号识别颗粒位于粗面内质网上的特异性结合受体。它是一种核糖核酸蛋白复合体，它的作用是识别信号序列，并将核糖体引导到内质网上。——译者注
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