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有意思的是，柠檬酸与苹果酸常令人联想到柠檬与苹果的香气，这是美丽的误会。如果你品尝柠檬酸与苹果酸，会发觉闻不到水果的香气，因为两者无挥发性，但味觉却能感受到不同的酸质。这两种有机酸是因为在柠檬与苹果里的含量很高，因而得名，绝非带有柠檬或苹果的香气而命名。
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然而，柠檬酸与苹果酸属于脂肪族羧酸，很容易和醇类结合，产生迷人花果香气的酯类香料，食品工业常以脂肪族羧酸与醇类，合成带有花果香气的脂肪族羧酸酯。埃塞俄比亚耶加雪菲或巴拿马翡翠庄园的艺伎熟豆，常散发迷人的柑橘与花香，这很可能是在烘焙过程中，生豆里的脂肪族羧酸与醇类结合成花果韵的脂肪族羧酸酯，而产生的迷人香气！
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生豆里的苹果酸浓度低于柠檬酸，经过烘焙后浓度降到只占豆重0.1%～0.4%。一般将苹果酸归类为香酸，苹果含量最丰因而得名。科学家发现，高湿度环境会增加咖啡豆的苹果酸浓度，而危地马拉雨林区柯班的咖啡，喝来有丰富的水果酸滋味就是苹果酸杰作。每1000毫升咖啡，溶入的柠檬酸约400毫克，苹果酸约100毫克。食品业以苹果酸作为酸香添加剂，使用频率仅次于磷酸。
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蔗糖热解衍生有机酸：乙酸（或称醋酸）与乳酸
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前面曾提及，咖啡豆的糖分在烘焙时参与焦糖化与梅纳反应，以增加咖啡的甘苦味与香醇。科学家同时发现，糖分对提升咖啡的酸香味亦有贡献。属于脂肪族羧酸的醋酸（有挥发性）、乳酸（无挥发性）、甘醇酸和甲酸（有挥发性），皆是蔗糖在烘焙中创造出的香酸。
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咖啡豆里的糖分遇热就很不稳定，低分子量的糖类在烘焙过程中分解生成30多种有机酸，以及数百种挥发性化合物。此一化学反应在实验室里获得印证：科学家在生豆添加额外的蔗糖、葡萄糖和果糖，对照于未添加的一组进行烘焙测试，结果发现有添加糖的一组，烘焙后咖啡豆测得的脂肪族羧酸（包括甲酸、醋酸、甘醇酸和乳酸浓度）明显高于对照组，经特殊技术鉴定，这些脂肪族羧酸主要是来自蔗糖降解生成的，而非葡萄糖和果糖。换句话说，生豆的蔗糖浓度与烘焙后的酸香成分成正比，可视为咖啡酸味强弱的前期指标。
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生豆里几乎不含醋酸[3]、乳酸、甲酸和甘醇酸，此四者是烘焙后的新产物，但浓度先增后减，即浅焙至中度烘焙时脂肪酸浓度达到最高值，进入中深焙后急速衰减。以醋酸为例，生豆含量仅占豆重的0.01%，但烘焙至一爆初，浓度升高到0.25%，即烘焙前的25倍。一爆结束前出炉的咖啡，喝来醋感十足，应与醋酸浓度最大值有关。耐住性子往下烘，醋酸（属于挥发性脂肪族羧酸）会很快衰减或散在空气中。
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笔者检视了各产地咖啡豆的蔗糖含量后，也印验了蔗糖含量越高，咖啡越酸的科学报告。肯尼亚豆堪称全球酸味最活泼、明亮的咖啡，其蔗糖含量高占生豆重量的8.45%；巴西豆酸味低，蔗糖含量只占生豆重量的6.3%；至于低海拔的罗巴斯塔豆，蔗糖含量更低，占豆重均在4%以下，足以说明为何罗巴斯塔的酸香味远不如阿拉比卡豆。以下为各产地咖啡豆蔗糖含量占生豆重量的百分比：
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*百分比代表蔗糖含量占豆重比（数据参考Silwar＆Lullman 1988）
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咖啡酸香成分与蜂蜜雷同
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耐人寻味的是，咖啡的柠檬酸、甲酸、乳酸、苹果酸和琥珀酸也是构成蜂蜜的重要成分。一般人以为蜂蜜很甜，不可能含酸性芳香物，其实不然。蜂蜜除了含有大量葡萄糖和果糖外，也和咖啡熟豆一样含有柠檬酸、苹果酸、乳酸等十多种有机酸成分，才能塑造出蜂蜜的迷人风味。蜂蜜富含酸性物，平均的酸碱pH值在3.9～4之间，比咖啡还要酸，完全出乎想象之外！今后对咖啡的酸香成分应有全新的体认。
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咖啡生豆的pH值约在5.7～6.2之间，但经过烘焙后，会衍生出上百种酸香成分，酸香味更浓。阿拉比卡的蔗糖浓度高于粗壮豆，因此烘焙后pH值降至4.8～5.3，但以pH 5.0～5.3的咖啡最为适口。粗壮豆烘焙后的pH值介于5.3～5.5之间，酸香味远逊于阿拉比卡。科学家认为，这与粗壮豆的蔗糖含量仅及阿拉比卡的一半，烘焙衍生的酸香物不足所致。
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●其他芳香成分
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葫芦巴碱降解物：
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烟草酸、吡啶与吡咯
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生豆所含的葫芦巴碱属于植物碱，是咖啡苦味的来源之一，同时也是咖啡诸多芳香化合物的前驱成分。阿拉比卡所含的葫芦巴碱约占豆重的1%～1.8%，高于粗壮豆的0.6%～1.2%，咖啡化学家认为这是阿拉比卡风味优于罗巴斯塔的部分原因。烘焙过程中葫芦巴碱降解成许多芳香化合物，包括烟草酸（或称烟碱酸）、吡啶和吡咯（带有焦糖香与蘑菇味）。这足以说明为何近年来咖啡栽培界努力提高罗巴斯塔的葫芦巴碱含量，以期能改善粗壮豆的风味。
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葫芦巴碱带有苦涩味，烘焙时降解越多，越可增加咖啡好滋味。50%～80%的葫芦巴碱在烘焙过程中分解，大部分生成杂环化合物吡啶和吡咯，进而塑造咖啡的烘焙味道。
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第三个重要化合物——烟草酸，也就是俗称的维生素B3，生豆含量极微，每10克仅含0.2毫克以下，需靠烘焙来生成。160℃以上，葫芦巴碱进行脱甲基反应，才开始降解为烟草酸，烘焙度越深，咖啡豆的烟草酸浓度越高。因此有些研究人员以咖啡烟草酸浓度作为衡量烘焙度深浅的依据。烟草酸浓度与咖啡烘焙度成正比，但豆温高达232℃时，80%的烟草酸会瓦解。研究发现，深焙豆每10克含有4～5毫克烟草酸（这是生豆含量的25倍），中度烘焙咖啡豆含量较少，每10克仅含0.8～1.5毫克烟草酸。有趣的是，咖啡成了维生素B3的重要来源，医师的建议量为每日18毫克（以7克深焙豆萃取一小杯浓缩咖啡，约含3毫克烟草酸）。
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近年科学家也发现，烟草酸具有抵消咖啡因影响睡眠的功能。研究报告指出，每150毫升咖啡的烟草酸含量，约在1.5～4毫克，若能将烟草酸添加到每150毫升含10～30毫克，就有抑制咖啡因妨碍睡眠的妙用。此一新发现也为低因咖啡找到新方向。值得注意的是，烟草酸过量对痛风病患不利。
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另外，各种烘焙度洐生的烟草酸都会提升咖啡优雅的风味。烟草酸属于水溶性，可增强咖啡的明亮度与动感[4]。带有苦涩味的葫芦巴碱降解越多，生成的烟草酸、吡咯与吡啶也越多，因此葫芦巴碱降解的多寡被视为烘焙是否得宜的重要指标。烘焙实验发现，烟草酸的形成与温度的关联性甚于烘焙时间的延长，也就是说，低温慢炒较不易使葫芦巴碱降解成烟草酸，这是烘焙师必须正视的新发现。
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磷酸：有争议的无机酸
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无挥发性的磷酸不含碳分子，属于无机酸，由于酸性远比前面所谈的有机酸还要强，为何出现在咖啡熟豆颇有争议。咖啡树本身不会制造无机的磷酸，一般相信，是吸收了土壤有机的植酸。经过烘焙后，植酸降解成磷酸，再溶入杯中。研究测得磷酸浓度随着烘焙度加深而增加，每1000毫升咖啡溶有75（浅焙豆）～120（深焙豆）毫克磷酸，浓度低于有机的苹果酸、乳酸、柠檬酸、奎宁酸和绿原酸。但磷酸的酸性强，在咖啡的酸香度上扮演何种角色，科学家至今仍无定论。
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在咖啡业界，有一派人认为磷酸是肯尼亚咖啡酸香迷人的主角，美国精品咖啡协会的化学家利瓦伊拉是此论的捍卫者，常以稀释的磷酸添加在一般淡味咖啡里，咖啡马上变得生龙活虎，酸甜度与明亮感大增，添加其他有机酸却无此神效。他以此实验印证磷酸的威猛与奇效。但另有一派人却提出相反的看法，认为磷酸的酸味已被咖啡里的矿物质钾和镁中和了，因此深焙豆不会出现磷酸的酸味。两派的争论至今仍相持不下。磷酸是目前食品加工业最常使用的调味酸化剂。
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咖啡因