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因为目录可以包含子目录，所以文件系统可以深入至任意层。这种嵌套目录和文件的组织方式被称为“分层”文件系统。同样，虽然事后看来优势明显，但在Multics和Unix之前，分层文件系统并没有被广泛使用。例如，有些文件系统限制了嵌套的深度，CTSS就限制只能有两层。
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UNIX传奇：历史与回忆 4.2 系统调用
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操作系统为运行于其上的程序提供一系列服务，包括启动和停止程序、读取或写入文件中的信息、访问设备和网络连接、报告日期和时间之类信息等。这些服务在操作系统内部实现，正在运行的程序可以通过一种叫作系统调用的机制来获取服务。
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归根结底，系统调用就是操作系统，因为它们定义了系统提供的服务。一套系统调用可能有多个独立的实现，Unix系统和类Unix系统的不同版本就是如此。其他完全不同的操作系统，如Windows，可以提供软件，将Unix系统调用转换为自己的系统调用。而且即使是类Unix系统，也必然会有某一操作系统特有的系统调用。
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第1版Unix只有30多个系统调用，其中大约一半与文件系统有关。由于文件只包含未经释义的字节，所以基本的文件系统接口非常简单，只有5个系统调用，用于打开或创建文件，读写其字节，以及关闭文件。通过使用以下这样的语句，从C语言程序中调用函数访问这些服务。
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fd = creat(filename, perms)
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fd = open(filename, mode)
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nread = read(fd, buf, n)
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nwrite = write(fd, buf, n)
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status = close(fd)
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creat系统调用创建新文件，并设置它的访问权限。通常情况下，访问权限允许或禁止用户、用户所在组和其他所有人读、写及执行文件的能力。这9个权限位[1]用相对较少的机制给出了相当大的控制权。open系统调用打开现有文件，mode指明是读文件还是写文件，filename是层级文件系统中的任意路径。
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调用open和creat产生的fd值称为文件描述符（file descriptor），是一个非负小整数，在后续的文件读写中使用。read和write系统调用尝试从文件读出或向文件写入n个字节；系统调用返回实际传输的字节数。对于所有这些系统调用，如果返回负值（通常是-1），则表示发生了某种错误。
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顺便说一下，creat系统调用之所以这么拼写[2]，只能归咎于肯 · 汤普森的个人品位，没有其他什么好借口。罗布·派克曾经问肯，如果重写Unix，他会做哪些修改。他的答案是什么？“我会在creat后头加上字母e。”
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Unix的另一创新是把磁盘、终端等外围设备都看作文件系统中的文件，磁盘是功能列表中提到的“可拆卸卷”。访问设备的系统调用和访问文件的系统调用是一样的，所以同样的代码既可以操作文件也可以操作设备。当然实际上并没那么简单，因为真实的设备有奇怪的属性要处理，所以还有其他系统调用来处理这些特殊性，尤其是终端的特殊性。这部分系统并不漂亮。
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还有一些系统调用负责设定文件内的位置、确定文件状态等。50年来，这些系统调用都得到了完善，偶尔也有改进，但基本模式很简单，易于使用。
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今天的读者可能很难体会到这一切是做了多大简化之后的结果。早期操作系统中，真实设备的所有复杂情况都会反馈给用户。用户必须知道磁盘名称，了解磁盘的物理结构，如有多少柱面和磁道，以及数据是如何安放在上面。史蒂夫·约翰逊下面这段话让我记起，那时霍尼韦尔主计算机上的分时子系统是多么的笨拙：
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“要在霍尼韦尔TSS系统上创建文件，必须先进入一个子系统。你得回答8个问题：文件的初始尺寸、最大尺寸、名称、设备、谁能读它、谁能写它等。问题逐个提出，你逐个回答。答完所有问题后，操作系统得到这些信息。如果输入错误，文件创建就会失败。这意味着你得再次进入子系统，再次回答所有的问题。难怪文件终于创建时，系统会反馈说‘SUCCESSFUL!’”
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Unix效仿Multics，隐藏了所有这些冗言赘语：文件只是字节。用户决定这些字节代表什么，而操作系统则只负责存储和取出，不向用户暴露设备属性。
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UNIX传奇：历史与回忆 4.3 shell[3]
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shell是运行其他程序的程序。它让用户运行命令，是用户和操作系统之间的主要接口。登录到Unix系统时，我的键盘连接到一个正在运行的shell实例。我可以输入命令，通常一次输入一个命令。shell依次运行每个命令，完成一个命令后，它就会为下一个命令做好准备。会话可能像下文这样，其中$是shell输出的提示，让我知道它在等我做点什么。我输入的内容以斜体字表示[4]。
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$ date（告诉我当前日期和时间）
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Fri Oct 18 13:09:00 EDT 2019
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$ ls（列出目录内容）
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book.pdf book.txt
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$ wc book.txt （计算book.txt的行数、单词数和字符数）
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