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1957年，意大利利比德（Lepetit）药业公司米兰研究所得到了一份来自法国维埃拉松树林的土壤样品，皮耶罗·森西（Piero Sensi）和玛莉娅·特蕾莎·坦巴尔（Maria Teresa Timbal）在样品中发现了一种新的细菌，而这种新细菌可以产生一类新的抗菌活性分子。他们给这类分子起名为利福霉素，并通过不断优化得到了利福平（rifamycin B）。这种药物具有较好的脂溶性，作用于DNA依赖的RNA多聚酶，并对结核杆菌有很好的疗效，增加了人们治疗结核的药物选择。
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抗生素短杆菌肽与诺贝尔奖技术——分配色谱法
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短杆菌肽是美籍法国科学家勒内·朱尔·迪博（René Jules Dubos，1901—1982）最先发现的，它是最早的多肽抗生素。迪博生于法国，1927年获得罗格斯大学博士学位，然后加入了由洛克菲勒基金会支持的奥斯瓦尔德·西奥多·埃弗里［Oswald Theodore Avery，1877—1955，于1944年与同事发现脱氧核糖核酸（DNA）是基因和染色体的构成物质］的医学研究实验室，从事微生物学的研究。埃弗里（Avery）当时希望找到一种可以像土壤中微生物分解木头一样的物质来分解多糖，并希望这种物质会以这种机制杀死引起肺炎的微生物。
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1939年，迪博（Dubos）在洛克菲勒研究所的生物化学家罗林·霍奇基斯（Rollin Hotchkiss）的帮助下，分离了芽孢杆菌所分泌的、可以杀死或抑制革兰阳性菌的短杆菌素（tyrothricin）和短杆菌肽（gramicidin）。1942年，美国药企夏普多姆公司（Sharp & Dohme，后被美国默克公司收购，成为默沙东公司）将短杆菌肽作为抗生素推向市场。直到今天，短杆菌肽仍然用于临床，国内由一家匈牙利药企进口。
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阿彻·约翰·波特·马丁（Archer John Porter Martin，1910—2002）于1938年加入位于英国纺织城市利兹（Leeds）的毛纺织工业研究所（Wool Industries Research Institution），从事维生素等相关的化学研究。1941年，英国化学家理查德·劳伦斯·米林顿·辛格（Richard Laurence Millington Synge，1914—1994）也来到这里，两人一起合作，在研究分离氨基酸的过程中，发明了分配色谱法。他们使用硅柱作为固定相，用两种不同的流动相，分离相似的化学物[4]。这一发明为分析化学提供了强有力的实验方法，也使两人共享了1952年的诺贝尔化学奖。1943年，两人用这一方法，分离并鉴定了短杆菌肽的氨基酸序列。后来，弗里德里克·桑格（Frederick Sanger，1918—2013）又通过优化的分配色谱法，确定了胰岛素的氨基酸序列和相应基因（RNA和DNA）的序列，这些成果使他分别于1958年和1980年两次获得诺贝尔化学奖。
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1942年，迪博预言由于抗生素的应用会导致耐药菌的产生。他因对于抗生素的研究，还获得过诺贝尔奖的提名。同时迪博还是格言“放眼全球，立足当下”（Think globally，act locally）的创作者。1972年他还担任了联合国在人类环境方面的顾问，就人类与自然环境的关系提出了一系列影响深远的观点。
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从小女孩创口培养分离得到的抗生素杆菌肽
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杆菌肽（bacitracin）是由枯草杆菌和地衣芽孢杆菌产生的环肽，是一种多肽抗生素。本品于1945年被约翰·T.戈雷（John T. Goorley）报道。戈雷博士曾在宝威公司制药公司（Burroughs Wellcome Pharmaceutical Company）担任分析部门负责人，后自己创业。“二战”中他在军队中从事医学研究，获上尉军衔。在“二战”结束时，戈雷博士正研究如何重建截瘫患者的脊髓神经。他从一个胫骨骨折小女孩的创面组织中用肉汤培养基培养出一种杆菌，培养液中含有一种非常强的抗生素。
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弗兰克·L.梅勒尼（Frank L. Meleney，1889—1963，曾于“一战”时在洛克菲勒基金会支持下到中国北京做了4年外科医生）和巴尔比纳·A.约翰逊（Balbina A. Johnson）等人对这种抗生素进行了研究。认为本品中性、溶于水、对热稳定，且安全无毒，因小女孩的名字叫崔茜（Tracy），所以他们把这一抗生素命名为Bacitracin。相关文章发表于1945年的Science杂志[5]。
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本品中文译名使用学名杆菌肽。它于1948年被FDA批准。后来的应用中发现，本品对革兰阳性菌有效，但全身使用（口服和注射）会产生较大的毒性，因此主要外用于皮肤感染或滴眼。
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2010年，美国批准本品可以通过肌内注射，用于新生儿的葡萄球菌肺炎及脓胸症，但必须严密监视血药浓度。目前国内只有华北制药生产。
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美国伊利诺伊州农场和南美委内瑞拉土壤中都发现的氯霉素
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1949年，氯霉素上市，这是第一个用合成方法大规模生产的抗生素。因为它是一种广谱抗生素，并且与四环素一样，易于生产，价格便宜，所以被广泛应用，特别是在第三世界国家。
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大卫·戈特利布（David Gottlieb，1911—1982）是美国伊利诺伊州立大学的植物病理学教授，主要从事真菌生理学和植物抗生素的研究工作。他于1947年与同事，从伊利诺伊大学附近农场的一份土壤中得到一株链霉菌，通过培养成功分离出氯霉素。这一研究是在雅培、礼来以及帕克戴维斯公司资助下进行的[6]。不过，当他们正在写论文时，帕克戴维斯公司资助的另一项目率先发表了同样结果。
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耶鲁大学的保罗·伯克霍德（Paul Burckholder）在帕克戴维斯公司的资助下从土壤中培养细菌，在7000多份土壤中，他从一份南美洲委内瑞拉的土壤内培养得到委内瑞拉链霉菌（Streptomyces venezuelae）。他把菌种送到帕克戴维斯公司，而后公司的研究人员约翰·埃尔利希（John Ehrlich）和昆廷·巴茨（Quentin Bartz）在这一菌液中得到氯霉素[7]，而他们的结果发表于1947年，为当时同时发现氯霉素中三个实验室中最先发表的。
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当年，本品在玻利维亚开始治疗斑疹伤寒的临床试验，22名服用本药的患者痊愈，而50名未使用本药的患者中有14人死亡。
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氯霉素因在1950年被发现大量的副作用如贫血、白血病等而减少了应用范围。氯霉素不溶于水，它的静脉制剂是琥珀酸酯。氯霉素琥珀酸酯需要在体内通过水解转化为氯霉素才能发挥作用。水解的过程中会有约30%的剂量不能转化而在尿液中流失，所以血清内氯霉素的浓度只有口服的70%。因而相比静脉注射，口服用药是首选。
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因氯霉素副作用大，目前在发达国家，除外用或滴眼、滴鼻等途径外，本品已经被禁用。而许多发展中国家由于其成本效益高，仍然继续使用。世界卫生组织建议在低收入的国家将氯霉素油剂作为脑膜炎的一线治疗，并列入世界卫生组织的基本药物清单之内。1998年，国际药房协会（International Dispensary Association）再将曾经停产的氯霉素油剂于马耳他推出，并于2004年12月在印度发售。
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菲律宾土壤中发现的红霉素
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红霉素是一个大环内酯类抗生素，最早从放线菌属（saccharopolyspora erythraea）的分泌物中发现，是一种碱性抗生素，最早由礼来公司上市。红霉素可以透过细菌细胞膜，与细菌核糖体的50S亚基成可逆性结合，抑制细菌蛋白质合成。红霉素的抗菌谱与青霉素相似，所以对青霉素过敏的患者可以使用本抗生素，多用于呼吸道感染的治疗，它对非典型微生物如支原体和军团菌也有效。
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它的结构是一个包含14个酯的大环、10个非对称中心和2个糖，是一个非常难合成的化合物。本品由诺贝尔奖获得者罗伯特·伯恩斯·伍德沃德（Robert Burns Woodward）和同事们合成，但在伍德沃德去世后公布。
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1949年，礼来公司收到了前员工——菲律宾科学家阿韦拉多·阿吉拉尔（Abelardo Aguilar）从当地寄来的一些土壤样品。公司的研究团队在詹姆斯·麦圭尔（James McGuire）和邦奇（Bunch）带领下，从样品中的一种链霉菌属（Streptomyces erythreus）菌株的分泌物中发现并分离了红霉素（erythromycin）。礼来公司就此申报了专利，并于1953年取得授权，专利号为2 653 899。1952年，本品正式上市，商品名为Ilosone，取名于土壤样品所在地——菲律宾的Iloilo。
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1958年7月，美罗药业在中国率先独立研制成功红霉素。
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